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DFAST#

2021.10.02

DFASTは原核生物ゲノムの自動アノテーションツールです。DDBJへのゲノム塩基配列登録用のファイルを生成することもできます。ファイルをアップロードするだけで利用可能なウェブ版 https://dfast.ddbj.nig.ac.jp とコマンド操作で実行するスタンドアローン版があります。

スタンドアローン版をスパコンで実行する場合、https://github.com/nigyta/dfast_core/ からソースコードを取得してインストールする方法 (Python 3.6以降 + Biopythonが必要) とスパコンで提供されているsingularityコンテナを利用する方法 (参考: https://qiita.com/nigyta/items/e1de21f6ece65d69ec1d) があります。

Rhelixa RNAseqパイプライン#

2020.09.08

国立遺伝学研究所と包括連携協定を結ぶ株式会社Rhelixa(代表取締役:仲木 竜)より、RNA-seq解析パイプラインが提供され、スーパーコンピュータシステムに実装されました。

本パイプラインは、RNA-seqアプリケーションにより得られた単一サンプルのシーケンスリードデータを参照ゲノムにマッピングし、遺伝子領域ごとに集計し、全遺伝子の発現量を計算するものです。

Rhelixa RNAseqパイプラインはSingularityコンテナイメージとしての形で遺伝研スパコン上にインストールされています。 Singularityコンテナイメージの遺伝研スパコン外での利用はできません。 利用方法は下記リンクをご参照ください。

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