NBDC-DDBJインピュテーションサーバ (beta) インストールマニュアル
構成・使用方法
jq のインストール
jq
というコマンドが必要なので、ないときはインストールします。
以下のコマンドで jq
があるかどうかの確認をします。存在するときは jq
のパスが返ってきます。存在しないときは、存在しないというメッセージとともに、エラーが返ってきます。
which jq
存在しない場合は、以下のコマンドで、 jq
を取得し、実行権限を与えます。
以下の例は、環境変数 PATHに、 ~/bin
が存在している場合の例です。ない場合は mkdir ~/bin
を実行し、環境変数PATHに ~/bin
を追加します。
curl -L -o ~/bin/jq https://github.com/stedolan/jq/releases/download/jq-1.6/jq-linux64
chmod 755 ~/bin/jq
再び、 which jq
を実行し、 jq
が利用可能なことを確認します。
セットアップ、サービス実行方法
本システムをセットアップし、サービスの実行を行うスクリプトがあります。
スクリプトの実行
guacamoleの仮想マシンにログインします。
以下のコマンドを使って、必要なものをインストールし、サービスの実行を行います。
cp /usr/local/shared_data/imputation-server/imputation-desktop/scripts/install.sh install.sh
./install.sh
デフォルトでは、$HOME/sapporo-install
以下に必要なものがインストールされます。
インストール先を変更したい場合は、スクリプトの中の INSTALLDIR
を変更してください。
このスクリプトでは以下のものが、指定されたディレクトリにインストールされます。
- Python 3.9.7
- Node.js v14.17.6
- ImputationServer web ui
- Sapporo web 1.0.10
- Sapporo Service 1.0.16
これでインストール完了です。