NBDC-DDBJインピュテーションサーバ (beta) インストールマニュアル
構成・使用方法
jq のインストール
jq というコマンドが必要なので、ないときはインストールします。
以下のコマンドで jq があるかどうかの確認をします。存在するときは jq のパスが返ってきます。存在しないときは、存在しないというメッセージとともに、エラーが返ってきます。
which jq
存在しない場合は、以下のコマンドで、 jq を取得し、実行権限を与えます。
以下の例は、環境変数 PATHに、 ~/bin が存在している場合の例です。ない場合は mkdir ~/bin を実行し、環境変数PATHに ~/bin を追加します。
curl -L -o ~/bin/jq https://github.com/stedolan/jq/releases/download/jq-1.6/jq-linux64
chmod 755 ~/bin/jq
再び、 which jq を実行し、 jq が利用可能なことを確認します。
セットアップ、サービス実行方法
本システムをセットアップし、サービスの実行を行うスクリプトがあります。
スクリプトの実行
guacamoleの仮想マシンにログインします。
以下のコマンドを使って、必要なものをインストールし、サービスの実行を行います。
cp /home/ddbjshare-pg/imputation-desktop/scripts/install.sh install.sh
./install.sh
デフォルトでは、$HOME/sapporo-install 以下に必要なものがインストールされます。
インストール先を変更したい場合は、スクリプトの中の INSTALLDIR を変更してください。
このスクリプトでは以下のものが、指定されたディレクトリにインストールされます。
- Python 3.9.7
- Node.js v14.17.6
- ImputationServer web ui
- Sapporo web 1.0.10
- Sapporo Service 1.0.16
これでインストール完了です。
注記：途中で入力をもとめられてたら、nを入力してください。
スクリプト実行中以下のような画面になって入力受付待ちになることがありましたら、「n」を入力して、続行してください。（nを押した後 Enterキーを押します）
?? NuxtJS collects completely anonymous data about usage. 16:55:30
This will help us improve Nuxt developer experience over time.
Read more on https://git.io/nuxt-telemetry
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起動と停止
インストールスクリプトを実行すると自動的に、以下の３つのサービスが起動します
- ImputationServer web ui
- Sapporo web
- Sapporo service
すべてのサービスの起動と停止
インストールしたディレクトリに、以下の２つのスクリプトがあります。
全てのサービス一括起動スクリプト
startall.sh
全てのサービス一括停止スクリプト
stopall.sh
これらをご使用ください。
ImputationServer web ui のみの起動と停止
ImputationServer web ui のみの起動方法
cd imputation-server-ui
./start-imputation-server-ui.sh
ImputationServer web ui のみの停止方法
cd imputation-server-ui
./stop-imputation-server-ui.sh
Sapporo web のみの起動と停止
Sapporo web のみの起動方法
cd sapporo-web
./start-sapporo-web.sh
Sapporo web のみの停止方法
cd sapporo-web
./stop-sapporo-web.sh
Sapporo service のみの起動と停止
Sapporo service のみの起動方法
cd sapporo-service
./start-sapporo-service.sh
Sapporo service のみの停止方法
cd sapporo-service
./stop-sapporo-service.sh