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      "title": "遺伝研スパコンでのalphafold 2の実行",
      "content_text": "概略 遺伝研スパコンではalphafold 2.3.2をインストールしたapptainer singularity imageとalphafold 2.3で使用するデータベースを /lustre10/...",
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      "title": "遺伝研スパコンでのalphafold 3の実行",
      "content_text": "概略 AlphaFold3 はDeepMind社が開発したタンパク質立体構造予測プログラムです。 遺伝研スパコンでは alphafold 3.0.2 をインストールした apptainer image...",
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      "title": "遺伝研スパコンの活用に役立つアメリエフ株式会社「BI実践ラボ」のご紹介",
      "content_text": "年々、研究者自らが、自身の解析課題に関わる配列データを、その中身を理解しながら自らの手で解析したいというニーズは高まっています。一方で、解析希望者それぞれの目的やデータに応じた解析手法の選定、解析環境...",
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      "title": "FireDucks Enterprise",
      "content_text": "概要 FireDucksはNECが開発しているpandas互換の高速データフレームライブラリです。遺伝研スーパーコンピュータシステムでは、バイオインフォマティクス向けの機能強化などがされたFireDu...",
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      "title": "インストール方法（利用許諾書に同意が必要）",
      "content_text": "注意: インストールしますと利用許諾書に同意したものとみなされます．ご確認の上インストールを行ってください。 遺伝研スーパーコンピュータシステムでは、以下の共有フォルダにFireDucksをインストー...",
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      "title": "FireDucksに関するTIPS",
      "content_text": "本ドキュメントでは、FireDucksを利用して性能を出すためのTipsを紹介します。 Fallbackの回避 現時点でFireDucksがサポートしていないpandas APIは、FireDucks...",
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      "title": "利用方法",
      "content_text": "ここではプログラム中でのFireDucksの利用方法を説明します。明示的なimportとimport hookの二通りの利用方法があります。 明示的なimport プログラム中のimport文を書き換...",
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      "title": "Rhelixa RNAseqパイプライン",
      "content_text": "国立遺伝学研究所と包括連携協定を結ぶ株式会社Rhelixa（代表取締役：仲木 竜）より、RNA-seq※1解析パイプラインが提供され、スーパーコンピュータシステムに実装されました。 ※1 RNA-se...",
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      "title": "Rhelixa RNAseq解析パイプライン使用マニュアル",
      "content_text": "株式会社Rhelixa 2020.8.13　初版 1. 構成・使用方法 1. 1 実行について コマンドライン上で本解析パイプラインを実行するにあたり、以下の４つの引数を指定します。 - 引数１：出力...",
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      "title": "TogoImputation (beta)",
      "content_text": "インピュテーションサーバ（Imputation Server） は、SNPアレイデータのインピュテーション解析を支援するサービスです。ミシガン大学のインピュテーションサーバ や TOPMed プロジェ...",
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      "title": "TogoImputation (beta) チュートリアル3、hail を用いた PRS 計算",
      "content_text": "本チュートリアル3ではインピューテーションサーバのインピューテーション結果を hail で解析するための環境構築方法を説明します。 Guacamole環境への接続 この作業は、遺伝研個人ゲノム解析区画...",
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      "title": "TogoImputation (beta) チュートリアル4、HIBAG を用いた HLA Genotype Imputation",
      "content_text": "Guacamole 環境への接続 この作業は、遺伝研個人ゲノム解析区画 Guacamole 環境から行いますので、VPN 接続を行い Guacamole に接続してください。 次に Guacamole...",
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      "title": "TogoImputation (beta) インストールマニュアル",
      "content_text": "事前準備 Guacamole環境への接続 TogoImputationをインストールする前に、下記2点を行なってください。 - 遺伝研スパコンの個人ゲノム解析区画へVPN接続をしてください - Gua...",
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      "title": "TogoImputation (beta) チュートリアル1、公開レファレンスパネルを使う場合",
      "content_text": "システム利用方法 本システムでは、以下の流れでワークフローを実行します。 1. テストデータの準備 2. Imputation Workflow用の設定ファイルの生成 3. Imputation Wo...",
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      "title": "TogoImputation (beta) チュートリアル2、制限公開レファレンスパネルを使う場合",
      "content_text": "前提 このチュートリアルは制限公開レファレンスパネルを使うため、JGAへのデータ利用申請が必要です。 利用申請していない場合は、丸ごとスキップして次のチュートリアルに進んでください。 システム利用方法...",
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      "title": "ベンチマーク(dorado)",
      "content_text": "1. はじめに 本ベンチマークでは最新の NVIDIA H100 SXM 80GB GPU を8基搭載したハードウェア環境上でナノポアシークエンサーの波形データを塩基（ベース）配列に変換する Dora...",
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      "title": "ベンチマーク(NVIDIA Parabricks)",
      "content_text": "1. 概要 本ページでは、NVIDIA Parabricks (以降 Parabricks と呼ぶ) というゲノム解析ツールの性能を、最新の NVIDIA H100 SXM 80GB GPU を 8 ...",
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      "title": "NVIDIA BioNeMo",
      "content_text": "概略 BioNemo は、NVIDIA社が開発した創薬支援プラットフォームで、大規模な生成AIモデルを活用して分子設計や特性予測を効率的に行うことができます。BioNemo-framework は、こ...",
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      "title": "ユーザーによる解説",
      "content_text": "@nigytaさん - 遺伝研スパコンでJupyter Notebookを利用する方法 (Qiita 2020.04.20) - 遺伝研スパコンでSingularityとかcwlを使う上でのtips ...",
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      "title": "Experimental Services",
      "content_text": "- biocontainers_image - biocontainers の Apptainer イメージファイルを検索するプログラム",
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      "title": "NVIDIA Clara Parabricks",
      "content_text": "システム概要 NVIDIA Clara Parabricks は GATK 互換のゲノム解析パイプラインです。 GPU を利用することにより GATK の公式実装に比べて大幅に処理時間を短縮できます。...",
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      "title": "2022年以前のトピック",
      "content_text": "--- NBDC-DDBJ Imputation Server (beta) 2022.10.18 インピュテーションサーバ（Imputation Server） は、SNP アレイデータのインピュテ...",
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      "title": "2023年のトピック",
      "content_text": "--- オミクスデータグラフ化ツール 「RIAS®️ Visualization」の 提供を始めました :::danger Rhelixa Graphing Tool（RIAS Visualizati...",
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      "title": "2025年のトピック",
      "content_text": "--- PortablePipeline 2025.06.05 東京大学大学院農学生命科学研究科水圏生物科学専攻水圏生物工学研究室の吉武和敏先生により、NGS 解析パイプラインについて、Portabl...",
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      "title": "2026年のトピック",
      "content_text": "--- FireDucks Enterpriseの提供 2026.04.26 FireDucksはNECが開発しているpandas互換の高速データフレームライブラリです。NEC様のご厚意により遺伝研ス...",
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      "title": "誓約書に署名する方法",
      "content_text": "アカウントの新規登録の際には、責任者の方からの誓約書の提出が必要です。 誓約書には署名欄があり、電子サイン(Adobe Acrobat Sign)をお願いしております。 参考 - 「電子サインの作成方...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "署名の手順(国内居住者)",
      "content_text": "遺伝研スパコンのヘルプデスク()から、責任者と申請者へ、誓約書の署名に関するメールが届きます。 責任者 申請者 [署名依頼]のメールが届きます。 件名の例：[署名依頼]アカウント申請_遺伝太郎 責任者...",
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      "title": "署名の手順(非国内居住者または特定類型)",
      "content_text": "遺伝研スパコンのヘルプデスク()から、責任者と申請者へ、誓約書の署名に関するメールが届きます。 責任者 申請者 [署名依頼]のメールが届きます。 件名の例：[署名依頼]アカウント申請_遺伝太郎 責任者...",
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      "title": "課金サービスの利用方法",
      "content_text": "概要 遺伝研スパコンは大学共同利用機関の事業として運営されておりユーザーは遺伝研スパコンを基本的には無料で利用できることを原則としていますが、事業継続性、計算資源の効率的利用の促進の観点から特に下記の...",
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      "title": "アカウント情報の変更",
      "content_text": "所属などが変更になった場合は速やかに ログインページから申請内容の変更 をお願いいたします。 まず、アカウント申請システムのマイページにログインします。 以下のURLをクリックして、アカウント申請シス...",
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      "title": "個人情報の取り扱いについて",
      "content_text": "当施設のスーパーコンピューター利用に際して提供された個人情報（ユーザ名、連絡先情報等）は、以下の目的でのみ使用されます。 - 計算機システムへのアクセス管理：ユーザのアイデンティティの確認およびセキュ...",
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      "title": "利用料金の支払い方法",
      "content_text": "請求書の発行 請求につきましては４ヶ月ごと計３期、各期末日締めで翌月初旬に請求書を発行し、使用責任者あてに送付します。 ```` 第３期につきましては、１２月最終日にて金額確定、年度内に請求書発行予定...",
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      "title": "パスワード変更",
      "content_text": "手順 1. こちらのページをクリックし、ログインページに移動します。 2. 以下のログイン画面が表示されますので、アカウント名とパスワードを入力し、「Sign In」をクリックします。 「Sign I...",
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      "title": "問い合わせ先",
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      "title": "アカウントの新規登録",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 現在、セキュリティ向上のためにアカウント申請システムのリプレース作業をしております。 本ドキュメントは古いアカウントシステムに関するものです。 アカウン...",
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      "title": "年度末アカウント継続申請",
      "content_text": "- 1月4日から、その年度の年度末アカウント継続申請を受け付けます。 - 3月31日までに年度末アカウント継続申請を行わなかった場合は、 - 4月1日からログインできなくなります。 - 4月1日以降で...",
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      "title": "利用計画表の提出",
      "content_text": "利用計画表 - 利用可能な高速ストレージ領域の拡張を希望する場合、および、課金サービスの利用を希望する場合は、利用計画表をダウンロードし、ご記入頂いた上、問い合わせ先までご送付ください。 - 30TB...",
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      "title": "SSH公開鍵の設置方法",
      "content_text": "遺伝研スパコンではSSHログインは公開鍵暗号方式を使用しています。 以下の手順で公開鍵を遺伝研スパコンにアップロードしてください。 公開鍵のアップロードにはユーザーの計算機上のターミナルエミュレータ(...",
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      "title": "SSH公開鍵の作成方法",
      "content_text": "遺伝研スパコンではSSHログインは公開鍵暗号方式を使用しています。 現在、公開鍵暗号方式では一般にED25519の使用が推奨されています。 以下の手順で公開鍵・秘密鍵を作成してください。 鍵の作成には...",
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      "title": "関連法規等",
      "content_text": "外為法関係 1. 外国為替及び外国貿易法 第二十五条 2. キャッチオール規制の範囲 - 輸出令別表第３の地域(2024年7月3日現在) : アルゼンチン、オーストラリア、オーストリア、ベルギー、ブル...",
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      "title": "スパコン(2025)利用規程",
      "content_text": "利用規程 - 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用規程 (令和7年3月10日改正） - 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用規程...",
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      "title": "ユーザーアカウント発行基準",
      "content_text": "遺伝研スパコンの対象ユーザー 国立遺伝学研究所は大学共同利用機関の一員として遺伝学を中心としたライフサイエンス系の研究・教育のためのリソース提供を目的としてスーパーコンピュータシステムの運営を行ってい...",
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      "title": "アカウント登録システム",
      "content_text": "アカウント登録フォームからログアウトしたいが、ログアウトボタンが見つかりません。 以下の赤枠部分がログアウトボタンです。 クリックすると、ログアウトできます。 責任者のアカウント名とグループ名に何を入...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "誓約書に署名する方法",
      "content_text": "テキスト形式のみ受信可能なメーラーで署名できない場合は、どのようにしたらよいのでしょうか。 恐れ入りますが、Acrobat Sign の署名依頼メールは、HTML 形式で送付されるため、受信が可能な設...",
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      "title": "ストレージ容量変更について",
      "content_text": "割り当てられているストレージ容量を変更したいです。 ストレージの大規模利用の申請が必要です。 申請に関しては一般解析区画の使い方 > ストレージの大規模利用をご参照ください。 現在どのような配分でスト...",
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      "title": "FAQ: 年度末アカウント継続申請",
      "content_text": "現状論文等の成果物についてはまだ出ておりません。論文発表などに至っていないのですが、どのようにしたら良いでしょうか？ 成果報告がない場合は、下記のように「無し」と記入していただけば手続きは可能です。 ...",
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      "title": "利用計画表",
      "content_text": "利用計画表をダウンロードしようとすると、Webブラウザが起動して、以下の画面が表示されます。 以下の画面のようにWebブラウザでExcelが表示された場合は、「ファイルのダウンロード」をクリックすると...",
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      "title": "ログイン",
      "content_text": "公開鍵による認証ができません。 ホームディレクトリの group,other に write 権限が付与されている場合、公開鍵による認証は失敗します。 また、およびに、owner 以外の権限が付与され...",
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      "title": "SSH公開鍵登録の詳細(Macの場合)",
      "content_text": "と入力して実行すると、と出力されました。 OpenSSHクライアントがインストールされていない状態ですので、まず、以下のコマンドを実行して、インストールしてください。 `````` 実行したあとに、以...",
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      "title": "SSH公開鍵登録の詳細(Windowsの場合)",
      "content_text": "最新バージョンのPowerShellをインストールする方法 Windowsに標準搭載されているPowerShellを最新バージョンにアップデートする方法をご説明します。 バージョンの確認方法: 詳細は...",
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      "title": "FAQ：Linux Knowledge",
      "content_text": "遺伝研スパコンを利用するにあたり、Linuxに関する前提知識は、どの程度必要でしょうか。 以下のような資料に書かれている内容は、下記リンクをご参照ください。 1．Linux documentation...",
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      "title": "FAQ：OS 移行に伴うご質問",
      "content_text": "このページでは、2023 年度の定期メンテナンス時のOS移行に伴って寄せられたご質問をまとめています。 各項目の詳細は、以下のリンクをご参照ください。 - login 時の挙動に関するご質問 - 解析...",
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      "title": "解析環境の再インストールに関するご質問",
      "content_text": "OS移行に伴って解析環境を再インストールしたいのですが、どのようにしたらよいでしょうか。(Ubuntu Linux 22.04 の場合) これは解析環境をどのように構築されたかに依存するので、一概には...",
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      "title": "login 時の挙動に関するご質問",
      "content_text": "2023 年度のメンテナンス後、qlogin をしようとすると、というエラーが表示されます。 このエラーは無視して問題ありません。 OS が CentOS 7 から Ubuntu に変わった一方で、ユ...",
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      "title": "FAQ: SSL-VPN, FortiClient",
      "content_text": "SSL-VPNクライアントソフトウェア FortiClientのダウンロード方法がわかりません。 以下のURLをクリックして、ForiClientの公式サイトのページにアクセスしたら、表示されたページ...",
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      "title": "SSL-VPNへの接続方法(Linuxの場合)",
      "content_text": "Linuxの場合は、openfortivpn CUIを使ってSSL-VPNに接続します。 1. 設定ファイルを引数に指定して、以下のコマンドを実行します。 ```````` SSL-VPN接続を終了す...",
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      "title": "SSL-VPNへの接続方法(Macの場合)",
      "content_text": "Macの場合は、FortiClient GUIを使ってSSL-VPNに接続します。 1. 「ユーザ名」と「パスワード」を入力します。 - 「ユーザ名」：アカウント登録証の「利用区分：個人ゲノム解析区画...",
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      "title": "SSL-VPNへの接続方法(Windowsの場合)",
      "content_text": "Windowsの場合は、FortiClient GUIを使ってSSL-VPNに接続します。 1. 「ユーザ名」と「パスワード」を入力します。 - 「ユーザ名」：アカウント登録証の「利用区分：個人ゲノム...",
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      "title": "SSL-VPNクライアントソフトウェアのインストール(Linuxの場合)",
      "content_text": "LinuxやWindows Subsystem for Linux 2(WSL2)の場合は、CUIのopenfortivpnを使います。 openfortivpn の最新バージョンは、以下のリンクをご...",
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      "title": "SSL-VPNクライアントソフトウェアのインストール(Macの場合)",
      "content_text": "SSL-VPN クライアントソフトウェア「FortiClient」のダウンロード方法 1. 以下のURLをクリックして、ForiClientの公式サイトのページにアクセスします。いくつかソフトウェアが...",
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      "title": "SSL-VPNクライアントソフトウェアのインストール(Windowsの場合)",
      "content_text": "SSL-VPN クライアントソフトウェア「FortiClient」のダウンロード方法 1. 以下のURLをクリックして、ForiClientの公式サイトのページにアクセスします。いくつかソフトウェアが...",
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      "title": "SSL-VPNクライアントの設定方法(Linuxの場合)",
      "content_text": "Linuxの場合は、openfortivpn CUIを使って設定ファイル「configファイル」を作成して保存することにより、SSL-VPNクライアントの設定をします。 configファイルは、以下の...",
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      "title": "SSL-VPNクライアントの設定方法(Macの場合)",
      "content_text": "Macの場合は、FortiClient GUIを使ってSSL-VPNクライアントの設定をします。 1. FortiClientを起動し、メニューからリモートアクセスを選択し、[VPN設定]をクリックし...",
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      "title": "SSL-VPNクライアントの設定方法(Windowsの場合)",
      "content_text": "Windowsの場合は、FortiClient GUIを使ってSSL-VPNクライアントの設定をします。 1. FortiClientを起動し、メニューからリモートアクセスを選択し、[VPN設定]をク...",
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      "title": "FAQ: Archaea tools(旧HCPtools)",
      "content_text": "ファイル転送のとき、転送元と転送先は、必ず絶対パスで指定しなければいけないのでしょうか。 ユーザの計算機のパスには、絶対パスでも相対パスでも、指定することができます。 しかし、個人ゲノム解析区画のパス...",
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      "title": "FAQ: Aspera",
      "content_text": "通信ができません。 データ転送に複数のポート(ssh のポートの他に 33001 番ポート等)を用いるので大学・研究機関などのネットワーク設定でそのポートが空いている必要があります。 通信速度が十分に...",
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      "title": "FAQ: bash",
      "content_text": "などのシェル設定ファイルの読み込み順について教えてください 読み込み順についての正式な情報源は、マニュアルです。(コマンドで表示できます。) 以下 4 つの場合でシェル設定ファイルの読み込み順が異なり...",
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      "url": "http://localhost/guides/FAQ/faq_software/faq_scp/",
      "title": "FAQ: scp等",
      "content_text": "個人のノートパソコンに保存されているファイルを転送する方法がわかりません。 WindowsのPowerShellを使ってscpする方法は以下のとおりです。 1. まずPowerShellを起動します。...",
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      "url": "http://localhost/guides/FAQ/faq_software/faq_slurm/",
      "title": "FAQ: Slurm",
      "content_text": "128コアを使用したいと申し込みましたが、実際に使われているのは32コアに見えます。 Slurmマスターデーモン側で何も設定しないと、一人のユーザがジョブをたくさん流した場合すべての計算ノードのすべて...",
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      "url": "http://localhost/guides/FAQ/faq_software/faq_ssh/",
      "title": "FAQ: SSH",
      "content_text": "SSH接続時の「Permission denied (publickey)」エラーの原因と対策 - ここでは、「クライアント」は、ユーザーのローカルコンピュータ(自分の計算機)を指します。 - ここで...",
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      "title": "アカウントの新規登録から利用開始までの流れ",
      "content_text": "遺伝研スパコンを利用するためには、事前にアカウントの新規登録が必要です。 利用規程等の確認 事前に「ユーザーアカウント発行基準」及び「利用規程」をご確認ください。 - スパコン(2025)利用規程 ア...",
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      "title": "Lustre FSの使い方",
      "content_text": "遺伝研スパコンの一般解析区画、個人ゲノム解析区画ともホーム領域はLustre File Systemで構成されています。 Lustre File Systemの構造 Lustreはスパコンで広く用いら...",
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      "title": "遺伝研スパコン(2025)ハードウェア",
      "content_text": "システム全体 機器分類 機器諸元 計算ノード HPC CPU最適化ノード 総 CPU コア数: 13,184 合計演算性能 241.644TFLOPS 総メモリ容量 91.136 TB Type 1 ...",
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    {
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      "title": "Rhelixa Graphing Tool",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです Rhelixa Graphing Tool（RIAS Visualization）は、2025年10月末をもちまして、サービス提供を終了いたしました。 ...",
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      "title": "Grid Engine キューの種類",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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    {
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      "url": "http://localhost/guides/old_docs/hardware/hardware2019/",
      "title": "遺伝研スパコン(2019)ハードウェア",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 ::: システム全体 機器分類 機器諸元 計算ノード ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
      "id": "http://localhost/guides/old_docs/personal_genome_division/Parabricks_old/",
      "url": "http://localhost/guides/old_docs/personal_genome_division/Parabricks_old/",
      "title": "GPUノード上でのParabricksの使い方",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです。参考のために残してあります。 ::: Apptainer による利用手順 以下の手順では Parabricks v4.0 を apptainer のイメ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
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      "url": "http://localhost/guides/old_docs/resource_extension/",
      "title": "利用計画表の提出",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 ::: 利用計画表 - 利用可能な高速ストレージ領域の...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
      "id": "http://localhost/guides/old_docs/software/CopyTool/CentOS/install_HCPtools_002/",
      "url": "http://localhost/guides/old_docs/software/CopyTool/CentOS/install_HCPtools_002/",
      "title": "HCPtools のインストール(CentOS 7 の場合)",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/old_docs/software/CopyTool/archaea_conf/",
      "title": "設定ファイルの書き方",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
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      "title": "Grid Engine の概要",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
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      "title": "アレイジョブ",
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      "title": "バッチジョブの実行例",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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    {
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      "url": "http://localhost/guides/old_docs/software/JobScheduler/grid_engine/batch_jobs/",
      "title": "バッチジョブ",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
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      "url": "http://localhost/guides/old_docs/software/JobScheduler/grid_engine/interactive_jobs/",
      "title": "インタラクティブジョブ",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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    {
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      "title": "その他のコマンド",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "パラレルジョブ",
      "content_text": "CPU コアを複数同時に使用し、長時間実行するプログラムを少数実行する場合は、並列ジョブ(parallel job)として実行してください。（多数実行する場合は並列ジョブのアレイジョブを使ってください...",
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      "id": "http://localhost/guides/old_docs/terms_of_use_2019/",
      "url": "http://localhost/guides/old_docs/terms_of_use_2019/",
      "title": "スパコン(2019)利用規程",
      "content_text": ":::danger これは古いドキュメントです 本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。 ::: 利用規程 - 情報・システム研究機構 国立遺伝...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/overview/",
      "title": "システム構成概要",
      "content_text": "遺伝研スーパーコンピュータシステムは 2025年3月より第六期の稼働を開始しました。 同システムは、国際塩基配列データベースの構築のための計算基盤として用いられるとともに、遺伝学を中心としたライフサイ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/security_policy/",
      "title": "情報セキュリティ方針 (ISO27001)",
      "content_text": "情報セキュリティ宣言 国立遺伝学研究所 生命情報・ DDBJ センター（以下「当センター」）は遺伝学を中心としたライフサイエンス系の研究・教育のためのリソース提供を目的としてスーパーコンピュータシステ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "ISMS 認証証書",
      "content_text": "国立遺伝学研究所　生命情報・ DDBJ センター　システム管理部門及び国内連携部門は、遺伝研スーパーコンピュータ　個人ゲノム解析区画の構築・運用を対象範囲として、2023 年 11 月 19 日付けで...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
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      "url": "http://localhost/guides/software/",
      "title": "Software",
      "content_text": "各ソフトウェアの使い方についてはソフトウェア名のリンク先を参照してください。 ジョブスケジューラ ジョブスケジューラは、クラスタ計算機を多数のユーザーが利用している環境で各ユーザに自動的に計算リソース...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/AnalysisPipeline/",
      "title": "解析パイプライン",
      "content_text": "名称 一般解析区画 個人ゲノム解析区画 DFAST 利用可能 利用可能 TogoImputation (beta) 利用不可(※デモ利用機能準備中) 要申請 NVIDIA Parabricks ☓ 要...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
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      "url": "http://localhost/guides/software/Container/Apptainer/",
      "title": "Apptainer (Singularity)の使い方",
      "content_text": "(Singularity は Apptainer と改称されました。) 概要 遺伝研スパコンでは様々な解析ソフトウェアをユーザー権限でインストール出来るようにするため Apptainer (Sigul...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
      "id": "http://localhost/guides/software/Container/BioContainers/",
      "url": "http://localhost/guides/software/Container/BioContainers/",
      "title": "BioContainers Apptainer (Singularity) Images の使い方",
      "content_text": "概要 Biocontainers Singularity Images 遺伝研スパコンでは、解析ソフトウェアのインストールの手間を軽減するために、 BioContainers project が作成し...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
    },
    {
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      "url": "http://localhost/guides/software/Container/spack/install_spack/",
      "title": "spack 自体のインストール手順",
      "content_text": "Spack はユーザ権限で利用できるパッケージマネージャです。 例えば以下のような簡単なコマンドで、様々なパッケージをバージョン指定付きでインストールし使用することができます。 `````spack~...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/Container/spack/use_spack/",
      "title": "spack の使い方",
      "content_text": "Spack はユーザ権限で利用できるパッケージマネージャです。 参考資料 - Spack 公式ホームページ - Spack github レポジトリ - Spack packages (spack で...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/CopyTool/Archaea_tools/",
      "title": "Archaea toolsの使い方",
      "content_text": "遺伝研スパコンに対してファイルのアップロード、ダウンロードを行うには、一般的に広く用いられているファイル転送ソフトウェアであるやをつかうことができますが、これらは遠距離間で大量のファイルを転送する際に...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/CopyTool/aspera_client/",
      "title": "Aspera client(ascp)の使い方",
      "content_text": "概略 Asperaは高速データ転送ソフトウェアです。 NCBI, EBIその他有名なリポジトリから遺伝研スパコンへのデータダウンロードにAsperaを利用することができます。 本記事では、Aspera...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/CopyTool/sra_toolkit/",
      "title": "SraToolkitの使い方",
      "content_text": "概略 prefetch は、NCBIが提供するSRA Toolkit の一部で、配列データ（SRAアクセッション）を事前にローカルへダウンロードするためのコマンドラインツールです。本記事では、遺伝研ス...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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    {
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      "url": "http://localhost/guides/software/DevelopmentEnvironment/CUDA/",
      "title": "CUDAの使い方",
      "content_text": "参考資料 - 公式ドキュメント https://docs.nvidia.com/cuda/ :::info 現在、遺伝研スパコンでは、GPUを搭載した計算ノードの台数が限られていることから、NVIDI...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/DevelopmentEnvironment/R/",
      "title": "Rの使い方",
      "content_text": "この記事では、遺伝研スパコン上でのR環境のユーザ環境へのインストール方法、パッケージ管理の利用方法について説明します。 以下の項目について説明します。 1. OSディストリビューション付属のRを使う方...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/DevelopmentEnvironment/R/r_studio_server/",
      "title": "RStudio Serverの使い方",
      "content_text": "RStudio　Server環境のユーザ環境での利用方法 RStudio ServerはWebサーバベースのRStudio環境(IDE)です。 ここでは、Rstudio serverの遺伝研スパコン内...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "Rustの使い方",
      "content_text": "Rust処理系のインストール Rustのインストールはユーザー権限で可能なので、各自必要なバージョンを自分のホームディレクトリにインストールしてください。 公式ホームページ rustup.rs - T...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/DevelopmentEnvironment/TypeScript/typescript/",
      "title": "Node.js, TypeScript の使い方",
      "content_text": "TypeScript の使い方 Node.js 処理系のインストール サーバーサイド JavaScript 処理系である Node.js のインストールはユーザー権限で可能なので、各自必要なバージョン...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/DevelopmentEnvironment/gcc/",
      "title": "C/C++ の使い方(GCC: GNU Compiler Collection)",
      "content_text": "GCC バージョン: C 言語標準、C++言語標準への対応状況 GCC の各バージョンと、デフォルト状態での準拠言語仕様は以下のとおりです。 (オプションを付けることにより準拠する標準は変えることがで...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "url": "http://localhost/guides/software/DevelopmentEnvironment/go/",
      "title": "Goの使い方",
      "content_text": "Goは遺伝研スパコンにインストールされていないため各自で導入が必要です。インストール、および使用方法は次のとおりです。 Goのインストール 公式サイトGo All releasesから最新版をダウンロ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "C/C++の使い方 (Intel Compiler)",
      "content_text": "遺伝研スパコンでは、インテル oneAPI ベース & HPCツールキット　マルチノード　を導入しており以下のツールが利用可能となっています。各製品の詳細については以下のサイトを参照してください。 -...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "AIライブラリ",
      "content_text": "Intel OneCCL(コレクティブ・コミュニケーションズ・ライブラリ) 分散深層学習の為のハイパフォーマンスなコミュニケーションライブラリです。 - Intelの製品ページ - github上のド...",
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      "title": "数値計算",
      "content_text": "Intel oneMKL （マス・カーネル・ライブラリ） 遺伝研スパコンでは、Intel Math Kernel Libraryを利用可能です。MKLでは線形代数、高速フーリエ変換、ベクトル演算などの...",
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      "title": "他の言語",
      "content_text": "Intel Fortran コンパイラ IntelのFortranコンパイラです。 - Fortran 2023 標準規格サポートが追加されています。 - OpenMP5.0,5.1,5.2の対応が強...",
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      "title": "並列計算ライブラリ",
      "content_text": "Intel MPI Library IntelのMPI実装です。 |コマンド|説明| |------|----| |mpicc|gcc用のCコンパイララッパー| |mpiicx|Intel DCP/C...",
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      "title": "デバッガ",
      "content_text": "インテルディストリビューションのGDB 通常のgdbと比較して、IntelのCPU,GPU,FPGA上のデバッグに対して追加機能をしたGDBです。 |コマンド|説明| |-------|----| |...",
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      "title": "プロファイラ",
      "content_text": "Intel Advisor C,C++,C#,Fortranソフトウェア開発者向けの高性能ベクトル化／スレッド化プロトタイプ生成・チューニングツールです。ベクトル化を安全かつ効率的に行えるように、並列...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "Java の使い方",
      "content_text": "Java 処理系のインストール Java 処理系 (JDK)のインストールはユーザー権限で可能なので、各自必要なバージョンの JDK を自分のホームディレクトリにインストールしてください。 - Ora...",
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      "title": "Jupyter Labの使い方",
      "content_text": "Jupyter LabはJupyter Notebookに比べユーザビリティの向上や拡張機能の導入などエンハンスが行われています。標準ではインストールされていないため各自で導入が必要です。インストール...",
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      "title": "Jupyter Notebookの使い方",
      "content_text": "Jupyter Notebookはシステムにインストールされています。使用方法は次のとおりです。[^1] [^1]:ユーザビリティの向上や拡張機能の導入などエンハンスが行われているJupyter La...",
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      "title": "C/C++の使い方(NVIDIA HPC Compiler)",
      "content_text": "2024年2月現在、遺伝研スパコンシステムではNVIDIA HPC SDK 23.7をシステムに導入しています。旧PGI Compilerは、NVIDIA HPC SDK内のNVIDIA HPC Co...",
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      "title": "Pythonの使い方",
      "content_text": "Python処理系は遺伝研スパコンに最初からインストールされています。また、Python処理系のインストールは, などの仮想環境を用いてユーザー権限で行うことも可能です。 遺伝研スパコンにインストール...",
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      "title": "Slurm の使い方",
      "content_text": "Slurm はジョブスケジューラあるいはリソーススケジューラと呼ばれるプログラムの一種で、 多数のユーザーが利用している環境で、各ユーザに自動的に計算リソース（CPU コアやメモリ）を割り当てるもので...",
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      "title": "アレイジョブ",
      "content_text": "一度に多数のジョブ（バッチジョブまたは並列ジョブ）をシステムに投入したい場合はアレイジョブ機能を利用してください。 アレイジョブとして実行するには以下のように-a オプションを指定して sbatch ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "バッチジョブ",
      "content_text": "バッチジョブの使い方 CPU コアを 1 コアだけ使用し長時間実行するプログラムを少数実行する場合は、バッチジョブとして実行してください。Slurmではバッチジョブの投入にはsbatchコマンドを利用...",
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      "title": "インタラクティブジョブ",
      "content_text": "インタラクティブジョブが必要な場合とは、例えば、計算ノード上で、大量のメモリ、CPUを利用した計算もするがその結果をリアルタイムに確認したい 以下のような処理が必要になる場合です。 - デバッグ・テス...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "その他のコマンド",
      "content_text": "GPUの使い方 個人ゲノム解析区画では、GPU計算ノードはノード単位で占有してジョブを割り当てる運用としています。ノード内のGPUを分割して利用する環境設定はしていません。このため、GPUを利用するジ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "パラレルジョブ",
      "content_text": "CPU コアを複数同時に使用し、長時間実行するプログラムを少数実行する場合は、並列ジョブ(parallel job)として実行してください（多数実行する場合は並列ジョブのアレイジョブを使ってください。...",
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      "title": "Slurm の実行時間指定",
      "content_text": "概要   Slurmでは、ジョブの実行時間を自分で指定する必要があります。   - 実行時間を指定しない場合、つまり、を書かなかった場合、Slurmは、デフォルトの3日間を実行時間の上限として扱います...",
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      "id": "http://localhost/guides/software/software_update_info/",
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      "title": "ソフトウェア更新情報",
      "content_text": "ソフトウェア更新頻度 - 共用ノードの場合 - 年に2回、ソフトウェアの更新を行います。（毎年6月ごろ、および12月ごろの法定停電に伴う定期メンテナンス時。） - 占有ノードの場合 - 年に1回、定期...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "遺伝研スーパーコンピュータ(2025)",
      "content_text": "国立遺伝学研究所は生命・医学系研究における情報処理のための大規模計算基盤として、大規模クラスタ型計算機・大規模メモリ共有型計算機・大容量高速ディスク装置を備えた最新鋭のスーパーコンピュータシステムサー...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "一般解析区画の使い方",
      "content_text": "一般解析区画のシステム構成 遺伝研スパコンの一般解析区画は多数の計算機（これらをノードと呼びます）を束ねたクラスタ構成となっています。 ユーザーからの計算要求に対してクラスタ計算機システム上の適切な計...",
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      "title": "アドバンスリザベーション",
      "content_text": "概要 アドバンスリザベーションは予めGrid Engineキューのある範囲のリソースを予約しておき、その予約領域を専有して利用できるサービスです。 なお、本サービスは課金サービスであり、使用には事前に...",
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      "title": "利用の準備(一般解析区画)",
      "content_text": "アカウントの新規登録から利用開始までの流れ ユーザーアカウント発行基準につきましては、「ユーザーアカウント発行基準」をご参照下さい。 1. アカウントの新規登録手順に沿って、アカウント登録システムのフ...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "インタラクティブノードへのログイン方法(一般解析区画)",
      "content_text": "概要 :::caution 以下の手順は、新スパコンへの移行に伴う暫定的な手順です。 後で方法をホームページからお知らせします。 ::: インタラクティブノードへのログイン手順 ゲートウェイノードへs...",
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      "title": "ゲートウェイノードへのログイン方法(一般解析区画)",
      "content_text": "概要 遺伝研スパコンの一般解析区画へのログインには ssh 接続を用います。 ユーザーの計算機の用意 遺伝研スパコンの一般解析区画は、 ターミナルエミュレータ、SSH クライアントおよび Web ブラ...",
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      "title": "Slurmのパーティション(一般解析区画)",
      "content_text": "Slurmジョブスケジューラで管理された計算ノードはインタラクティブノードとバッチ計算ノードに大別されます。 - インタラクティブノード(interactive node)はユーザがプログラム開発や、...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "データ転送（一般解析区画）",
      "content_text": "遺伝研スパコンでは、通常広く使われている scp, sftpなどに加えて、 長距離の大規模データ転送に適したソフトウェアであるAsperaおよびArchaea toolsが利用可能です。 - Aspe...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "ストレージの大規模利用",
      "content_text": "サービス利用の際は、利用規程および利用規程別表（料金表）をご確認いただき、利用計画表をダウンロードし必要事項を記入の上、までメールにてお送りください。利用目的を審査の上、課金サービス利用許可の案内をお...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "個人ゲノム解析区画の使い方",
      "content_text": "個人ゲノム解析区画について 遺伝研スパコンでは、個人ゲノムを取り扱うためにセキュリティーレベルを高めた、他のシステムとは独立した個人ゲノム解析区画を提供しています。 遺伝研スパコン個人ゲノム解析区画は...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "個人ゲノム区画のCPUノードの使い方",
      "content_text": "(作成中)",
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      "title": "アクセラレータ最適化ノード Type 2 (L40Sノード)の使い方",
      "content_text": "アクセラレータ最適化ノード Type 2は、NVIDIA L40Sを1台に8本搭載した計算ノードです。 NVIDIA L40Sは価格に対してFP32性能が高く、ゲノム解析に適したGPUです。 AI用に...",
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    {
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      "title": "Parabricksの使い方",
      "content_text": "概要 遺伝研スパコンのGPUノードでParabricksによるゲノム解析の実行方法を説明します。 ParabricksのプログラムはDockerコンテナイメージとしてNVIDIAから無償で配布されてい...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "Parabricksを用いたfq2bamの実行",
      "content_text": "NVIDIA Parabricksの公式のチュートリアル ( https://docs.nvidia.com/clara/parabricks/latest/tutorials/fq2bam_tuto...",
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      "title": "Parabricksを使用するための準備",
      "content_text": "利用申請について Parabricksの実行にはGPU計算ノードが必要です。 現在GPUノードは、計算機の台数が限られていることから、個人ゲノム解析区画に設置されています。 解析対象が個人ゲノムでない...",
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      "title": "DDBJ グループクラウド",
      "content_text": "DDBJ グループクラウドは、個人ゲノムデータを含みアクセス制限を必要とするデータを、研究グループ内で共有するためのサービスです。 - OwnCloud または MinIO を使って、データのアクセス...",
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      "title": "個人ゲノム解析区画でのジョブ投入時の注意事項",
      "content_text": "個人ゲノム解析区画でParabricks(GPUを利用するジョブ)を利用する場合、計算ノード上のGPUを全て占有してジョブが動作していても、CPUコア、メモリに空きがあると、他のジョブが 同じ計算ノー...",
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      "title": "利用の準備（個人ゲノム解析区画）",
      "content_text": "ユーザーの計算機の用意 遺伝研スパコン個人ゲノム解析区画は（一般解析区画と同様）SSH クライアントおよび Web ブラウザが動作する計算機があれば利用できます。 16 GB 以上のメインメモリを持っ...",
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      "title": "データ転送（個人ゲノム解析区画）",
      "content_text": ":::caution 個人ゲノム区画のArchaea tools serverは現在準備中です。 ::: 遺伝研スパコンでは、通常広く使われている scp, sftpなどに加えて、 長距離の大規模デー...",
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      "title": "ログイン方法（個人ゲノム解析区画）",
      "content_text": "概要 遺伝研スパコンの個人ゲノム解析区画へのログイン及びファイル転送には SSL-VPN 接続を用います。SSL-VPN 接続を行うためにはユーザーの計算機に専用のソフトウェアをインストールする必要が...",
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      "title": "個人ゲノム区画の利用方法概要",
      "content_text": "- 個人ゲノム解析区画は現在のところ他のユーザのジョブの状態などが見えないようにセキュリティー上の観点から基本的にはノード占有の形で利用していただくこととなっています。 - 一方で、L40S GPUノ...",
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      "title": "実行開始までの待ち時間",
      "content_text": "下図のqueueing timeが「実行開始までの待ち時間」の推定値です。 - 実行開始までの待ち時間は、キューにたまっているジョブの量を、一時間に捌けたジョブの量で割ることで推定しています。 - キ...",
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      "title": "遺伝研スパコンの使用電力の状況",
      "content_text": "このグラフは、遺伝研スパコンの使用電力の状況を示しています。 - 上(黄色)：Cooling System - 下(緑色)：IT Equipments 以下のリンクをクリックすると、最近一週間および一...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "利用機関ごとのアカウント数(2023年12月31日時点)",
      "content_text": "大学・国公立研究機関のみに関して集計(企業については非公開。) 機関名 機関番号 所属区分 アカウント数 北海道大学 10101 国内 71 帯広畜産大学 10105 国内 3 旭川医科大学 1010...",
      "date_published": "2026-04-30T08:15:18.968354307Z"
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      "title": "利用機関ごとのアカウント数(2024年12月31日時点)",
      "content_text": "大学・国公立研究機関のみに関して集計(企業については非公開。) 機関名 機関番号 所属区分 アカウント数 北海道大学 10101 国内 62 帯広畜産大学 10105 国内 5 旭川医科大学 1010...",
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      "title": "利用機関ごとのアカウント数(2025年12月31日時点)",
      "content_text": "大学・国公立研究機関のみに関して集計(企業については非公開。) 機関名 機関番号 所属区分 アカウント数 北海道大学 10101 国内 74 帯広畜産大学 10105 国内 5 旭川医科大学 1010...",
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      "title": "論文のリスト(2012)",
      "content_text": "2012.01.01 -- 2012.12.31にユーザによって発表された論文のリスト 2012年度の年度末アカウント継続申請時に集計した論文 Supercomputer users in autho...",
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      "title": "論文のリスト(2013)",
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