サイトポリシー サイトマップ
2017 年 08 月 17 日

スーパーコンピュータシステム 2014年3月5日からのスパコンPhase2システムご利用方法について

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2014年3月4日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムをご利用いただき誠に有難うございます。

2014年3月5日からのシステム増強フェーズ稼働に伴う、スパコンPhase2システムのご利用方法についてお知らせ致します。
(2012年3月稼働システムを Phase1システム 、システム増強分の2014年3月稼働システムを Phase2システムと記載)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

(1)システム構成概要

 2014年3月1日から稼働するスパコンシステム構成図になります。

  ・Phase1、Phase2システムはそれぞれ独立であり、一部のノードは両方のシステムにネットワーク接続されています。

  ・Phase1システムは従来通りの方法で使用可能です。

  ・Phase2システムでは計算ノードとしてThin計算ノード202ノード、Medium計算ノード8ノード、
       外部記憶装置として省電力領域2.5PB、高速領域5PB増強されます。

systemimage2014 v6

(2)アカウントについて

 ①Phase1 システムをご利用されていた方  : 新規アカウント申請は不要です。Phase2システムに自動的にホーム領域が割り当られているため、

                               Phase1ご利用時のアカウントでPhase2機器をご利用可能です。

                               なお、Phase1システムも従来通りに使用可能です。

 ②新規にスパコンシステムをご利用になる方 : 原則としてPhase2システムにホーム領域が割り当てられ、Phase2のゲートウェイからqloginして

                               頂く形となります。Fat計算ノードを使用される場合はPhase1のゲートウェイからqloginして頂く事で

                               利用可能です。

(3)ログイン方法について

 Phase2システムのゲートウェイはgw2.ddbj.nig.ac.jpとなります。Phase1システムのゲートウェイに変更はありません。

$ ssh このメールアドレスはスパムボットから保護されています。閲覧するにはJavaScriptを有効にする必要があります。
このメールアドレスはスパムボットから保護されています。閲覧するにはJavaScriptを有効にする必要があります。's password:
Last login: XXX XXX XX XX:XX:XX XXXX from XXX
---------------------------------------------------------------------
Thank you for using supercomputer system.
This node is in use for login service only. Please use 'qlogin'.
---------------------------------------------------------------------
[username@gw2 ~]$


 以下イメージ図になります。

 

 network image2
 

(4)Phase2 計算機ご利用時のデータ移行のお願い

 Phase1システムをご利用されていた方が、Phase2システムをご利用になるためには、Phase1システムからのデータ移行が必要となります。
 このデータ移行用に、Phase2システムの一部ThinノードにPhase1システムのInfiniBandと接続されたデータ移行専用ノードを用意しております。
 データ移行専用ノードでは、Phase1とPhase2両方の機器にアクセス可能となり、Phase1とPhase2のホーム領域間でのデータ移動が可能となります。
 Phase2システムのゲートウェイからログインしてご利用下さい。

 以下イメージ図になります。

network image

 Phase1、Phase2各ホーム領域を閲覧可能なノードが限定されます。詳しくは下記表をご確認下さい。

各ホーム領域参照ノードPhase1ホーム領域パスPhase2ホーム領域パス
Phase1-Thin計算ノード,Midium計算ノード /home/USER 参照不可
Phase2-Thin計算ノード,Midium計算ノード 参照不可 /home/USER
Phase2-GW,ログインノード,データ移行用ノード /home_ph1/USER /home/USER
Fat計算ノード /home/USER /home_ph2/USER

 データ移行方法

 Phase2システムゲートウェイにログイン後、"-l trans"のオプション付きでqloginを行って頂くとデータ移行用ノードへログイン可能となります。
 下記にコマンド実行例を記載します。

 ①データ移行用ノードへのqlogin

[username@gw2 ~]$ qlogin -l trans
Your job 82 ("QLOGIN") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...
Your interactive job 82 has been successfully scheduled.
Establishing /home/geadmin2/UGER/utilbin/lx-amd64/qlogin_wrapper session to host nt103i ...
username@nt103i's password:         ・・・この場合nt103がデータ移行用ノードになります。  
Last login: Wed Feb 19 16:27:01 2014 from nt091i
[username@nt103 ~]$                               

 ②cpコマンド実行例

[username@nt103]$ cp /home_ph1/username/(転送元ファイル名) /home/username/(転送先ファイル名)    

 ③rsyncコマンド実行例

[username@nt103]$ rsync -av /home_ph1/username/(転送元ファイル・ディレクトリ名) /home/username/(転送先ファイル・ディレクトリ名)    

 ※Phase2システムのゲートウェイ(GW2)、ログインノード(login.q)上においてもデータ移行は可能ですが、極力データ移行用ノードでデータ移行を実施して頂けます様ご協力お願い致します。

(5)キュー構成について

 Phase2システムにおいて、新たに並列演算処理に優れた month_phi.q キューが追加されました。
 下記、Phase1・Phase2 各キュー構成表になります。

 Phase1 システム(2012年3月~)

キュー名ジョブスロット数実行時間の上限用途キュー指定のオプション 
week_hdd.q 1600 14日 実行時間2週間で他にリソース要求が無い時      指定なし(デフォルト)
week_ssd.q 832 14日 SSDを利用したい場合に使用 -l ssd
month_hdd.q 96 62日 長期間ジョブ用 -l month
month_ssd.q 64 62日 長期間使用かつSSD使用 -l month -l ssd
month_gpu.q 992 62日 GPUを使用 -l month -l gpu
month_medium.q  160 62日 medium計算ノードを使用 -l month -l medium
month_fat.q 768 62日 fat計算ノードを使用 -l month -l fat
debug.q 64 1日 デバッグ、動作確認用 -l debug
login.q 192 無期限 ゲートウェイノードからqloginする際に利用

 Phase2 システム(2014年3月~)

キュー名ジョブスロット数実行時間の上限用途キュー指定のオプション 
week_hdd.q 1020 14日 実行時間2週間で他にリソース要求が無い時 指定なし(デフォルト)
week_ssd.q 640 14日 SSDを利用したい場合に使用 -l ssd
month_phi.q     600 62日 大量の並列計算を利用する場合に使用         -l month -l phi
month_gpu.q 1240 62日 GPUを使用 -l month -l gpu
month_medium.q 640 62日 medium計算ノードを使用 -l month -l medium
debug.q 80 1日 デバッグ、動作確認用 -l debug (-l gpu / -l phi)※
login.q 420 無期限 ゲートウェイノードからqloginする際に利用

 ※GPU搭載ノードのデバッグキューの場合 ⇒ -l debug -l gpu
   Xeon Phi搭載ノードのデバッグキューの場合 ⇒ -l debug -l phi

(6)OSについて

 Phase2システムでは、OSのバージョンがPhase1システムと異なります。
 このため、Phase1システムからデータ移行したプログラムについては、再コンパイルが必要となる場合があります。ご了承下さい。

システムOSバージョン
Phase1システム   Red Hat Enterprise Linux 6   6.1
Phase2システム Red Hat Enterprise Linux 6 6.4

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

 以上、Phase2システムのご利用方法になります。
 ご不便をおかけする点もございますがが宜しくお願い致します。