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2017 年 12 月 12 日

スパコンユーザ会 会議報告

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

日頃は、遺伝研スーパーコンピュータをご利用いただき誠にありがとうございます。
7/22(三島),31(東京)、で開催いたしました、遺伝研スパコンユーザ会についてご報告いたします。

ご参加いただいた皆様へはたくさんのご意見をいただきありがとうございました。
お寄せ頂いたご意見は今後の遺伝研スパコン運用の参考にさせていただきます。

 

【 日程  】

   - 三島開催-
   日時:  7月22日(火)13:30~16:30
   会場: 国立遺伝学研究所 本館2F 大会議室
            静岡県三島市谷田1111
          http://www.nig.ac.jp/

   - 東京開催 -
      日時:7月31日(木)13:30~16:30
      会場:国立情報学研究所(学術総合センター)  12F 1208会議室
         東京都千代田区一ツ橋2-1-2
          http://www.nii.ac.jp/

【 プログラム 】

  遺伝研スパコンの紹介 (1時間)
     1. 遺伝研スーパーコンピュータの概要
     2. INSDの構築(DDBJ登録業務、DRA, JGAの紹介)
     3. 検索・解析サービス(DDBJ pipelineとMiGAPの紹介)
     4. 計算機資源の貸出に関する話題
     ・NGS関係の活用法, GPUなどの使い方
     ・共同研究について

  意見交換 (1時間)
     ・各種サービス、DDBJ登録運用への意見
     ・次期スパコンに望むこと
     ・課金を含めたシステムの効率化
     ・運用方法についての意見
     ・使い方の質疑応答  など

【 ご要望一覧 】
   ・スパコンユーザ会意見・要望一覧

【 議事録 】
   ・三島開催議事録
   ・東京開催議事録

【 ユーザからの事例・要望発表資料】
   -  三島開催 -

     1) 大田達郎 DBCLS
          「大量NGSデータの並列処理と共用スパコンにおける環境構築の今後について」

     2) 辰本将司  国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 比較ゲノム解析研究室
          「NGS解析における遺伝研スパコンの活用事例について」

     3) 徳田直子  名古屋大学 大学院工学研究科 計算理工学専攻 計算生物物理グループ(笹井研究室)
          「Hi-Cデータに基づくゲノム動力学シミュレーション」

     4) 笠原浩太  大阪大学蛋白質研究所
          「共用スパコンを用いた分子動力学シミュレーション研究」

     5) 長崎英樹  国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝研究室
          「NIGスパコンでのNGSデータ処理 - 個人的にスパコン操作で悩ましかったこと」

     6) 大柳一   国立遺伝学研究所 系統生物研究センター 植物遺伝研究室
          「植物大規模オミックス解析に必須なNIGスパコンの明治大&遺伝研での活用事例」

     7) 三浦信一 東京工業大学 情報理工学研究科

   -  東京開催 -

     1) 安井康夫 京都大学農学研究科
          「どうしても避けて通れぬNGS ~ドライ初心者による遺伝研スパコン利用例~」

     2) 笠原雅弘 東京大学大学院新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻
          「遺伝研スパコンの『ここが困った!』事例集と今後への提言」

     3) 二階堂愛 理化学研究所情報基盤センター
          「DevOpsとcloudで達成する再現性のあるスーパーコンピューティング」

     4)亀田倫史 産総研・CBRC
         「分子動力学を活用した創薬研究」

     5) 森宙史 東京工業大学大学院生命理工学研究科
          「メタゲノム解析におけるスーパーコンピュータの利用例」

     6) 近藤伸二 国立極地研究所新領域融合研究センター
          「DDBJスーパーコンピュータを使用した大規模極限環境メタゲノム解析及び ハイブリッドマウス全トランスクリプトーム解析」

     7)山本希 東京工業大学大学院

     8)柚木克之  東京大学大学院理学研究科
          「遺伝研スパコンシステムによるシステム生物学研究の高速化・大型化」

 

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国立遺伝学研究所 スパコン管理チーム
http://sc.ddbj.nig.ac.jp/
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