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2017 年 06 月 26 日

スーパーコンピュータシステム 利用可能DB

スーパーコンピュータシステムでは、各計算ノード、各ログインノードから各種バイオ系DBが利用可能です。

1.DDBJ,NCBI,EBI等の公共DBを利用したい場合

  スーパーコンピュータシステムにて利用可能なDBおよびパスは利用可能DB一覧をご覧下さい。

2.DRAを含むその他のDDBJ DBを利用したい場合

  上記利用可能DB以外のDDBJ DBについては下記方法にてデータをコピーしてご利用下さい。

 

利用可能DB一覧

DB名パス
(/usr/local/seq/)
設置されているファイルの詳細更新頻度
DDBJ-unified-all - ddbj-unified-all/ - 毎日
fasta/ ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/unified-all/fasta/以下を解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/unified-all/blastdb/以下を解凍したBLASTデータベース
DDBJ-unified-new - ddbj-unified-new/ - 毎日
fasta/ ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/unified-new/fasta/以下を解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/ddbj_database/ddbjnew/unified-new/blastdb/以下を解凍したBLASTデータベース
GenBank flat/ genbank/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/以下の*.seqファイル、およびWGSファイル 随時
fasta/ 上記のFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
GenBank-UPD flat/ genbank-upd/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genbank/daily-nc/以下の全ファイル 毎日
fasta/ 上記ファイルの内*.flatのFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
GenPept - genpept/ - 随時
fasta/ GenBankのseqファイル内の翻訳可能なエントリを翻訳したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
GenPept-UPD - genpept-upd/ - 毎日
fasta/ GenBank-UPDの*.flatファイル内の翻訳可能なエントリを翻訳したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
EMBL flat/ embl/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/release/以下の*.datファイルおよびWGSファイル 随時
fasta/ 上記のFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
EMBL-UPD flat/ embl-upd/ ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/embl/new/以下の全ファイル 毎日
fasta/ 上記ファイルの内、r*.datのFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
RefSeq-Genomic flat/ refseq/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/release/以下の全ファイル 随時
fasta/ /usr/local/seq/flat/refseq/以下の各ディレクトリに含まれる*.genomic.fnaをそれぞれ統合したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
RefSeq-RNA flat/ refseq/ RefSeq-Genomicと同様 随時
fasta/ /usr/local/seq/flat/refseq/以下の各ディレクトリに含まれる*.rna.fnaをそれぞれ統合したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
RefSeq-Protein flat/ refseq/ RefSeq-Genomicと同様 随時
fasta/ /usr/local/seq/flat/refseq/以下の各ディレクトリに含まれる*.protein.faaをそれぞれ統合したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
RefSeq-UPD-NA flat/ refseq-upd/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/refseq/daily/以下の全ファイル 毎日
fasta/ /daily以下のrsnc.*.*.fnaを統合したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
RefSeq-UPD-AA flat/ refseq-upd/ RefSeq-UPD-NAと同様 毎日
fasta/ /daily以下のrsnc.*.*.faaを統合したFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
UniProt flat/ uniprot/ ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/
uniprot/knowledgebase/以下の全ファイル
毎週
fasta/ Swiss-Prot、TrEMBLの対象FASTA形式ファイル
blast/ Swiss-Prot、TrEMBLのBLASTデータベース
Swiss-Prot
(UniProtの一部として設置)
flat/ uniprot/ UniProtと同様 毎週
fasta/ uniprot_sprot.fastaとuniprot_sprot_varsplicをflat/からコピーしたFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
TrEMBL
(UniProtの一部として設置)
flat/ uniprot/ UniProtと同様 毎週
fasta/ uniprot_trembl.fastaとuniprot_trembl_varsplicをflat/からコピーしたFASTA形式ファイル
blast/ 上記FASTA形式ファイルのBLASTデータベース
NCBI-nt - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nt.*.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-nr - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/nr.*.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-dbEST - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/est_*.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/est.*.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-dbGSS - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/gss.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/gss.*.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-HTGS - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/htgs.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/htgs.*.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-STS - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/sts.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/sts.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-patnt - ncbi/ - 毎週
fasta/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/patnt.gzを解凍したFASTA形式ファイル
blast/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/patnt.tar.gzを解凍したBLASTデータベース
NCBI-WGS - ncbi/ - 提供中止
fasta/ ncbiがftpでの提供を中止しているため、スパコンでの提供を中止します。
blast/ ncbiがftpでの提供を中止しているため、スパコンでの提供を中止します。
PDB flat/ pdb/ ftp://ftp.rcsb.org/pub/pdb/data/structures/
divided/pdb/以下の全ファイル
毎週
- -
- -
Pfam flat/ pfam/ ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/databases/Pfam/
current_release/以下の全ファイル
随時
- -
- -
NCBI-Taxonomy taxonomy/ ncbi-taxonomy/ ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/以下の全ファイル 毎日

     
   

List of available DB
   
   


DB update history

DRAを含むその他のDDBJ DBを利用したい場合

DDBJ FTPサイトにて公開しているDBは、以下の2つの方法で利用可能です。

・FTPサーバからご自身のホームディレクトリにコピーする。

InfiniBand経由でコピーできるのでこちらの方が多少高速です。40 MB/sec程度でコピー可能です。

ssh gw.ddbj.nig.ac.jp (or gw2.ddbj.nig.ac.jp) -l youraccount
ssh  ascp
cd /usr/local/ftp/public/ddbj_database/
cp some_file /home_ph1/youraccount/somewhere (※Phase2の場合は/home/youraccount/somewhere)

・FTPサイトからダウンロードする。

30 MB/sec程度でダウンロード可能です。

ssh gw.ddbj.nig.ac.jp (or gw2.ddbj.nig.ac.jp) -l youraccount
lftp ftp.ddbj.nig.ac.jp
cd ddbj_database
lcd /home/youraccount/somewhere
get some_file
bye