システム利用案内
遺伝研スーパーコンピュータシステムは 2019年3月にリプレースされ第五期の稼働を開始しました。
同システムは、国際塩基配列データベースの構築のための計算基盤として用いられるとともに、遺伝学を中心としたライフサイエンス系の研究・教育のための計算基盤として広く学内外の研究者に提供され、我が国の生命･医学系研究の基盤強化と新たな学術研究の展開に貢献します。
- 大規模ゲノムデータ解析のために合計43.8PBの大容量ストレージシステムを備え、高速なネットワークを介して国内外との大量のデータ転送が可能です。
- システムは一般解析区画と個人ゲノム解析区画の二つの区画からなり、需要に応じて計算リソースの割り当てを変更可能です。
- 基本的な構成や使い方は2012年3月導入の前スパコンを踏襲しつつ、ゲノム解析ソフトウェアのインストールを容易にし解析の再現性を担保するためにSingularityコンテナの運用を全面的に導入しました。現在約2,300種類を超えるゲノム解析ソフトウェアがSingularityコンテナで利用可能です。これにより環境構築の負荷を軽減し、ゲノム解析の効率化を支援します。
1. システム構成
2. 使い方
- ログイン方法と基本的な使い方
- データ転送の方法
- Univa Grid Engine (UGE)の使い方
- Singularityの使い方
- Python, JavaScript, Ruby, Perl, R, Java
- コンパイラ、デバッガ (GCC, Intel Compiler, PGI Compiler)
- 課金サービスの使い方