システム利用案内

遺伝研スーパーコンピュータシステムは 2019年3月にリプレースされ第五期の稼働を開始しました。

同システムは、国際塩基配列データベースの構築のための計算基盤として用いられるとともに、遺伝学を中心としたライフサイエンス系の研究・教育のための計算基盤として広く学内外の研究者に提供され、我が国の生命・医学系研究の基盤強化と新たな学術研究の展開に貢献します。

  • 大規模ゲノムデータ解析のために合計43.8PBの大容量ストレージシステムを備え、高速なネットワークを介して国内外との大量のデータ転送が可能です。
  • システムは一般解析区画と個人ゲノム解析区画の二つの区画からなり、需要に応じて計算リソースの割り当てを変更可能です。
  • 基本的な構成や使い方は2012年3月導入の前スパコンを踏襲しつつ、ゲノム解析ソフトウェアのインストールを容易にし解析の再現性を担保するためにSingularityコンテナの運用を全面的に導入しました。現在約2,300種類を超えるゲノム解析ソフトウェアがSingularityコンテナで利用可能です。これにより環境構築の負荷を軽減し、ゲノム解析の効率化を支援します。

 

※ 遺伝研スーパーコンピュータシステムは、2020年4月よりシステム増強され、計算ノードの総コア数が11,696コアから15,280コアへ増加しました。

 

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1. システム構成

2. 使い方

 遺伝研スパコンは基本的には無料で利用できることを原則としていますが、事業継続性および計算資源の効率的利用の促進の観点から付加的なサービスの利用に対して課金によるサービスを行っています。

  • 課金サービスの利用には利用計画表の提出が必要です。ユーザーの同意・確認なしに課金されることはありません。
一般解析環境

個人ゲノム解析環境

(個人ゲノム解析環境の利用はすべて課金サービスとなります)

  1. 一般解析環境の使い方(概要)
  2.  一般解析環境へのログインの方法
    1. Linux / Mac OSXの場合
    2. Windowsの場合
  3. インタラクティブノードを用いた対話的作業の方法
  4. バッチ処理の実行方法 : Univa Grid Engine (UGE)の使い方
  5. ファイル転送の方法
  6. 一般解析環境における課金サービスの利用方法
    1. ストレージの大規模利用
    2. 計算機の占有利用 (UGE Advanced Reservation)
  1. 個人ゲノム解析環境の使い方(概要)
  2.  個人ゲノム解析環境へのログインの方法
    1. Mac OSXの場合
    2. Linuxの場合
    3. Windowsの場合
  3. 対話的作業の方法
  4. バッチ処理の実行方法
    1. Univa Grid Engine (UGE)の使い方
    2. slurmの使い方
  5. ファイル転送の方法

 

 

3. 便利なサービス

 

 

 

4. よくある質問(FAQ)

5. その他