ソフトウェア構成
遺伝研スパコンにインストールされているソフトウェアは下表の通りです。
- 各ソフトウェアの基本的な使い方については下表の名称のリンクを参照してください。
- Environmental Modulesにより管理されているソフトウェアは、複数のバージョンをユーザー権限で切り替えて利用することが可能です。
- 下表に無いソフトウェアの利用を希望される場合は、システム利用案内の該当の項目、Singularityの利用、gentoo prefixの利用などを参考にしてユーザーのホームディレクトリ下にインストールするか、問い合わせ窓口までご連絡ください。
| 分類 | 名称 | バージョン | environmental modulesの配下であるかどうか(○×) |
| OS | CentOS | 7.5.1804 | ー |
| RedHat Enterprise Linux | 7.5 | ー | |
| ジョブスケジューラ | Univa Grid Engine | 8.6.4 | ー |
| パッケージ管理･環境管理 | Singularity | 2.6.1 | 〇 |
| Environmental Modules | 4.0.0 | ✖ | |
| コンパイラ･インタプリタ |
Intel compiler |
19.0.3 | ✖ |
| 18.0.5 | 〇 | ||
| 17.0.8 | 〇 | ||
| 16.0.4 | 〇 | ||
| PGI Professional Fortran/C/C++ | 18.4 | 〇 | |
| cuda | 10 | 〇 | |
| 9.0 | 〇 | ||
| 8.0 | 〇 | ||
| gcc | 7.2.0 | 〇 | |
| 5.5.0 | 〇 | ||
| 4.8.5 | ✖ | ||
| java | 1.8.0_202 | 〇 | |
| 1.8.0_45 | 〇 | ||
| 1.6.0_45 | 〇 | ||
| 11.0.3 | 〇 | ||
| ruby | 2.6.0 | 〇 | |
| 2.0.0p648 | ✖ | ||
| 1.9.3 | 〇 | ||
| python | 3.7.2 | 〇 | |
| 2.7.5 | ✖ | ||
| perl | 5.16.3 | ✖ | |
| R言語(r) | 3.5.2 | 〇 | |
| ライブラリ | FFTW | 3.3.7 | 〇 |
| 2.1.5 | 〇 | ||
| LAPACK | 3.8.0 | 〇 | |
| BLAS | 3.8.0 | 〇 | |
| MKL | 2018.4.274 | 〇 | |
| 2017.8.262 | 〇 | ||
| 2016.4.258 | 〇 | ||
| hdf5 | 1.10.1 | 〇 | |
| 1.8.20 | 〇 | ||
| gsl | 1.15 | ✖ | |
| バイオ系ツール : BioContainersから一式を取得 | 取得日：2019/06/26 | ー | |
| 機械学習 | caffe | 0.17 | 〇 |
| caffe2 | 0.8.1 | 〇 | |
| chainer | 3.5.0 | 〇 | |
| cntk | 5 | 〇 | |
| digits | 6.1.1 | 〇 | |
| keras | 2.1.5 | 〇 | |
| mxnet | 1.1.0 | 〇 | |
| pytorch | 0.4.0a0 | 〇 | |
| theano | 1.0.1 | 〇 | |
| torch7 | 7 | 〇 | |
| tensorflow | 1.7.0 | 〇 | |
| ファイル転送ソフト | Aspera Connect | ー | |
ファイル転送ソフトウェアについて
システム内と外部のデータ転送には、sftp,scpとasperaが利用可能です。具体的な転送方法については、ファイル転送をご参照ください。