バイオインフォマティックス関連ツールの使い方

 

BioContainersの利用について

本システムでは従来提供していたバイオ系ツールをBioContainersプロジェクト が公開している Singularityコンテナイメージファイルをダウンロードさせて頂き、所定のディレクトリ(共有ファイルシステム上の(/usr/local/biotools/))に配置しております。 コンテナイメージの数が2019年2月時点で約9000程度とかなり多い為、当該ディレクトリ以下にはアルファベットのディレクトリを作成し、 アプリケーション名称ごとに分割して配置しております。

a  b  bioconductor  c  d  e  f  g  h  i  j  k  l  m  n  o  p  q  r  s  t  u  v  w  x  y  z

本システムで提供しているBioContainersのSingularityイメージファイルは、 BioContainersのSingularityイメージのレジストリ から取得させていただいております。BioContainersプロジェクトで提供されているコンテナ群は、BioCondaプロジェクトで提供されている レシピをもとにビルドされていますので、提供されているソフトウェア一覧については、

をご参照ください。ただし、ダウンロードのタイミングによってBIOCONDAの一覧にあるが、本サイト上にダウンロードしていないソフトウェアがあることはご了承ください。システム側による一括ダウンロードについては、システム開始以降 定期的(最低半年に一回を目安)に実施させて頂きます。 ディスク容量の無駄遣いを避けるため、システム上(/usr/local/biotools/)に目的のBioContainersイメージが用意されている場合はなるべくこちらをご利用ください。BioContainersイメージの動作保証、問い合わせ対応についてはご容赦頂けますよう お願いいたします。 

以下にBioContainers内のアプリケーションの本システム上での利用例について参考に示します。まず、Singularityを利用可能とする為に、 moduleコマンドでSingularity環境をロードします。Singularity環境のロードを忘れないでください。

$ module load singularity

環境を上記コマンドで読み込み、Singularityを使用可能とした後、例えば、blastのイメージファイルを利用して、blastを実行したい場合は、以下のようにSingularity execコマンドラインを組み立てて入力します。 イメージファイルは、/usr/local/biotoolsディレクトリ下に格納してあるものをご利用ください。

$ singularity exec コンテナイメージファイル名 実行したいコマンドライン 

実行したいコマンドラインは従来の通常のコマンドラインと変わりません。コンテナイメージファイル内環境で指定したコマンドラインが実行され、その結果が出力として返されます。 blastの場合の実際のコマンドラインは以下の例のようになります。(イメージファイル名=blast\:2.7.1--boost1.64_1)

$ singularity exec blast\:2.7.1--boost1.64_1 blastn -query ./sample.query -db ./db/16SMicrobial -out output.txt

これで、通常のblastのコマンド実行と同じようにoutput.txtに実行結果が出力されます。また、UGE経由のbatchジョブとして実行することも可能です。 
ジョブスクリプト例

#!/bin/sh
module load singularity
cd blast
singularity exec blast\:2.7.1--boost1.64_1 blastn -query ./sample.query -db ./db/16SMicrobial

その他のSingularityの使用例などはSingularityについてをご参照ください。