HDF5

1.はじめに

HDF5とはHierarchical Data Format 5の略称です。
科学技術計算の分野で時系列データを記録する際に使われるフォーマットです。

DDBJ スパコンではmodule loadをすることで以下のバージョンが利用できます。

2.使用可能なバージョン

1.10.1 environmental modulesの配下
1.8.20 environmental modulesの配下

利用可能なノード/キュー
login.q(AMD)
epyc.c(AMD)
intel.q(Intel)
login_gpu.q(Intel+Volta)
gpu.q(Intel+Volta)
short.q(Intel)
medium.q(Intel)

3.(参考)外部ドキュメント

HDF5 Software Documentation
https://support.hdfgroup.org/HDF5/doc/

HDF5 User’s Guide
https://support.hdfgroup.org/HDF5/doc/UG/HDF5_Users_Guide-Responsive%20HTML5/index.html#t=HDF5_Users_Guide%2FHDF5_UG_Title%2FHDF5_UG_Title.htm

HDF5の詳細利用については、マニュアル等を参照してください。

4.使用方法

(1)1.10.1の場合

$module load hdf5/1.10.1
$module unload hdf5/1.10.1

(2)1.8.20の場合

$module load hdf5_18/1.8.20
$module unload hdf5_18/1.8.20