個人ゲノム解析環境におけるデータ転送の方法

このページでは、スーパーコンピュータシステム(個人ゲノム解析環境)に対するファイル転送方法について説明します。

現在以下の方法が利用可能です。

・SCP

 

一般解析環境のファイル転送方法についてはこちらをご覧ください。

 

 

SCPの利用方法

本システムのゲートウェイサーバ(gwa.ddbj.nig.ac.jp)に対してSCPで接続が可能です。
SCPとは、リモートマシンとその他のマシンでファイルをコピーする際に、初回のシステムログイン時に作成した公開鍵情報を用いたSSHで暗号化された安全なデータ通信方法です。
ゲートウェイサーバに対してSCPで接続し、スーパーコンピュータシステムに対してファイル転送を行って下さい。
 
安全のため、検疫サーバーを介してデータを送受信しています。そのため、サーバーへのコピーに5分間隔のcron(多重起動なし)で対応しておりますので、各ユーザーのデータ量が多い場合には、少々お待ちいただく必要がございます。ご了承ください。
 

1-1. ファイル送信

VPN接続を行った後、コマンドラインからscpコマンドを使ってアップロードディレクトリにファイルを転送します。
$scp test.txt your-account@qgwa.ddbj.nig.ac.jp:/home/your-account/Upload
Enter passphrase for key 'C:\~/id_rsa':

 

ファイル転送の際にid_rsaのパスフレーズを確認されます。
id_rsaファイルを個人ゲノム解析環境用に変更していただき、専用のパスフレーズを入力してください。

1-2. アップロード完了

下記のようにファイル転送が完了します。

test.txt      100%    0     0.0KB/s   00:00

 

アップロードが完了した場合、アップロードディレクトリに即時反映されませんのでご注意ください。

アップロードファイルに対してウイルスチェックなどのテストが行われ、問題のないファイルは自動的に解析システムのストレージにコピーされます。このコピーに関してユーザーがコマンドを実行するなどの操作は必要ありませんが、お時間がかかる場合がございます。

 

2-1. ファイル受信

VPN接続を行った後、コマンドラインからscpコマンドを使って検疫用サーバからファイルを転送します。
※ダウンロードディレクトリから、検疫用サーバにファイルをコピーすることに時間がかかる場合がございます。ご了承ください。
$scp your-account@qgwa.ddbj.nig.ac.jp:/home/your-account/Download/test.txt ./
Enter passphrase for key 'C:\~/id_rsa':

 

ファイル転送の際にid_rsaのパスフレーズを確認されます。
id_rsaファイルを個人ゲノム解析環境用に変更していただき、専用のパスフレーズを入力してください。

2-2. ダウンロード完了

下記のようにファイル転送が完了します。

test.txt      100%    0     0.0KB/s   00:00