（終了）2013年11月15日 ソフトウェアアップデートのお知らせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2013年11月15日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所 スーパーコンピュータシステムをご利用いただき誠に有難うございます。

11月8-11日のメンテナンスの際に、以下のソフトウェアのバージョンアップを 実施しました。
各最新ソフトウェアは標準パスに設定してありますのでパスを 指定しなくても実行可能です。
なお、Intel CompilerとGCCとopenmpiはアップデートによりユーザの実行ファイルに影響が
でることがありますので ご注意ください。

ご連絡が遅れまして大変申し訳ございませんでした。今後は情報の提供を迅速に行い、ユーザ皆様が
お困りにならない環境を提供できるようにいたします。

    　
  1. アップデート対象ソフトウェア
      　　　　
    • ●Intel Compire (Intel Compose XE Linux)
      　　バージョン：12.1.0 から 14.0.0 へのバージョンアップ 
      　　インストール先： /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/
      　　旧バージョン ： /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233
    • ●PGI Compire (PGI Accelerator CDK Cluster Development Kit)
      　　バージョン：11.10 から 13.9 へのバージョンアップ 
      　　インストール先： /opt/pgi/linux86-64/current
      　　旧バージョン ： /opt/pgi/linux86-64/2011
    • ● Gnu Compiler
      　　バージョン：4.6.2 から 4.8.1 へのバージョンアップ
      　　インストール先： /usr/local/bin/
      　　旧バージョン： /usr/local/pkg/gcc/4.6.2
    • ● openmpi
      　　バージョン：1.4.4 から 1.6.5 へのバージョンアップ
      　　インストール先： /usr/local/pkg/openmpi/current_icc/ (Intel Compire用)
                                     /usr/local/pkg/openmpi/current_pgcc (PGI Compire用)
                                     /usr/local/pkg/openmpi/current_gcc/ (GCC用)
      　　旧バージョン ： /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_icc
                                   /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_pgcc 
                                   /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_gcc
  2. Intel Compilerのアップデートについて
    • Intel Compiler 12.1.0→14.0.0 によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
      実行ファイルは新しいバージョンの環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンのライブラリ
      環境でで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には
      そのまま実行可能です。
      1) 新しいバージョン環境で利用される場合
          新しいバージョンのコンパイラ で再コンパイルしてください。新しいバージョンは標準パスに設定
          されています。
      コンパイル・実行例） 
      % icc test.c -o test
% ./test
      2) 旧バージョン環境で利用される場合
          標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が
          あります。
      旧バージョン設定スクリプト） 
      --- bsh系 ---
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64
--- csh系 ---
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.csh intel64
      実行スクリプト例） 
      #!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 
./test
  3. Gnu Compilerのアップデートについて
    • Gnu Compiler 4.6.2→4.8.1によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた 
      実行ファイルは新しいバージョンの環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンのライブラリ 
      環境でで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には 
      そのまま実行可能です。 
      1) 新しいバージョン環境で利用される場合 
          新しいgccで再コンパイルし てください。新しいバージョンは標準パスに設定 
          されています。 
      コンパイル・実行例） 
      % gcc test.c -o test
% ./test
      実行スクリプト例） 
      #!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
#$ -cwd
./test
      2) 旧バージョン環境で利用される場合 
          標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が 
          あります。 
      実行スクリプト例） 
      #!/bin/sh 
#$ -S /bin/sh 
export GCC_HOME=/usr/local/pkg/4.6.2 
export PATH=$GCC_HOME/bin:$PATH 
export LD_LIBRARY_PATH=$GCC_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH 
./test
  4. openmpiのアップデートについて
    • openmpi 1.4.4→1.6.5によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた 
      実行ファイルは新しいバージョンのopenmpi環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンの 
      mpirunで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には 
      そのまま実行可能です。 
      1) 新しいバージョン環境で利用される場合 
          新しいmpicc で再コンパイルしてください。新しいバージョンは標準パスに設定 
          されています。 
      コンパイル・実行例） 
      % mpicc mpitest.c -o mpitest
% mpirun -machinefile machines -np 24 mpitest
      実行スクリプト例） 
      #!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
#$ -pe mpi 2-24
#$ -cwd
/usr/local/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \
./mpitest
      2) 旧バージョン環境で利用される場合 
          標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が 
          あります。 
      実行スクリプト例） 
      #!/bin/sh
#$ -S /bin/sh
#$ -pe mpi 2-24
export MPI_HOME=/usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_icc
export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
$MPI_HOME/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \
./mpitest