(終了)2013年11月15日 ソフトウェアアップデートのお知らせ
国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位
2013年11月15日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム
平素より、国立遺伝学研究所 スーパーコンピュータシステムをご利用いただき誠に有難うございます。
11月8-11日のメンテナンスの際に、以下のソフトウェアのバージョンアップを 実施しました。
各最新ソフトウェアは標準パスに設定してありますのでパスを 指定しなくても実行可能です。
なお、Intel CompilerとGCCとopenmpiはアップデートによりユーザの実行ファイルに影響が
でることがありますので ご注意ください。
ご連絡が遅れまして大変申し訳ございませんでした。今後は情報の提供を迅速に行い、ユーザ皆様が
お困りにならない環境を提供できるようにいたします。
- アップデート対象ソフトウェア
- ●Intel Compire (Intel Compose XE Linux)
バージョン:12.1.0 から 14.0.0 へのバージョンアップ
インストール先: /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/
旧バージョン : /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233 - ●PGI Compire (PGI Accelerator CDK Cluster Development Kit)
バージョン:11.10 から 13.9 へのバージョンアップ
インストール先: /opt/pgi/linux86-64/current
旧バージョン : /opt/pgi/linux86-64/2011 - ● Gnu Compiler
バージョン:4.6.2 から 4.8.1 へのバージョンアップ
インストール先: /usr/local/bin/
旧バージョン: /usr/local/pkg/gcc/4.6.2 - ● openmpi
バージョン:1.4.4 から 1.6.5 へのバージョンアップ
インストール先: /usr/local/pkg/openmpi/current_icc/ (Intel Compire用)
/usr/local/pkg/openmpi/current_pgcc (PGI Compire用)
/usr/local/pkg/openmpi/current_gcc/ (GCC用)
旧バージョン : /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_icc
/usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_pgcc
/usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_gcc
- ●Intel Compire (Intel Compose XE Linux)
- Intel Compilerのアップデートについて
- Intel Compiler 12.1.0→14.0.0 によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
実行ファイルは新しいバージョンの環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンのライブラリ
環境でで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には
そのまま実行可能です。
1) 新しいバージョン環境で利用される場合
新しいバージョンのコンパイラ で再コンパイルしてください。新しいバージョンは標準パスに設定
されています。
コンパイル・実行例)% icc test.c -o test % ./test
2) 旧バージョン環境で利用される場合
標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が
あります。
旧バージョン設定スクリプト)--- bsh系 --- source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 --- csh系 --- source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.csh intel64
実行スクリプト例)#!/bin/sh #$ -S /bin/sh source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 ./test
- Intel Compiler 12.1.0→14.0.0 によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
- Gnu Compilerのアップデートについて
- Gnu Compiler 4.6.2→4.8.1によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
実行ファイルは新しいバージョンの環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンのライブラリ
環境でで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には
そのまま実行可能です。
1) 新しいバージョン環境で利用される場合
新しいgccで再コンパイルし てください。新しいバージョンは標準パスに設定
されています。
コンパイル・実行例)% gcc test.c -o test % ./test
実行スクリプト例)#!/bin/sh #$ -S /bin/sh #$ -cwd ./test
2) 旧バージョン環境で利用される場合
標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が
あります。
実行スクリプト例)#!/bin/sh #$ -S /bin/sh export GCC_HOME=/usr/local/pkg/4.6.2 export PATH=$GCC_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$GCC_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH ./test
- Gnu Compiler 4.6.2→4.8.1によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
- openmpiのアップデートについて
- openmpi 1.4.4→1.6.5によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
実行ファイルは新しいバージョンのopenmpi環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンの
mpirunで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には
そのまま実行可能です。
1) 新しいバージョン環境で利用される場合
新しいmpicc で再コンパイルしてください。新しいバージョンは標準パスに設定
されています。
コンパイル・実行例)% mpicc mpitest.c -o mpitest % mpirun -machinefile machines -np 24 mpitest
実行スクリプト例)#!/bin/sh #$ -S /bin/sh #$ -pe mpi 2-24 #$ -cwd /usr/local/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \ ./mpitest
2) 旧バージョン環境で利用される場合
標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が
あります。
実行スクリプト例)#!/bin/sh #$ -S /bin/sh #$ -pe mpi 2-24 export MPI_HOME=/usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_icc export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH $MPI_HOME/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \ ./mpitest
- openmpi 1.4.4→1.6.5によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた