【2020/02 定期メンテナンス】スパコンシステム サービス再開のお知らせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

 

2020年2月20日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

 

平素より、国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム(以下 スパコン)を ご利用いただき誠に有難うございます。

定期メンテナンスのため、スパコンのサービスを停止しておりましたが、サービスを再開いたしました。

ご協力頂きありがとうございました。

 

 

  1. 詳細
    • 再開日時:2020 年 2 月 20 日 (木) 4:40 ~
    • 再開内容:スパコンログインサービスの再開 
  2. 留意事項
    • 投入されていたジョブは削除しました。削除されたジョブは再投入していただけますよう
      お願いいたします。
    • 投入していたジョブによっては、1度目の実行で出力されたファイルの存在により、
      2度目の実行時にエラーもしくは不適切になる場合があります。
      問題の発生が懸念される場合は、中間ファイルや結果ファイルを削除した上で、
      ジョブを再投入して頂けますようお願い致します。

 

 

       定期メンテナンスでの変更点

 

  • 本システムで利用可能なバイオツール一覧を更新しました。

     2020/2/7時点でBioContainersのSingularityイメージのレジストリに公開されていたイメージが利用可能です。

  利用方法の詳細については、以下のページをご参照下さい。

Singularityについて                https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ja/guide/software/singularity

                 利用可能なバイオツール一覧     https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ja/guide/software/bioinformatics-related-tools

  • environmental moduleで利用できるソフトウェアを一部更新しました。

 前後比較表は以下の通りです。

 

分類 名称

アップデート前

バージョン一覧

アップデート後

バージョン一覧

備考
パッケージ管理・環境管理 Singularity  ー 3.5.2 追加
 ー 3.4.1 追加
 ー 3.3.0 追加
 3.2.0 3.2.0 変更なし

 2.6.1

2.6.1 変更なし
コンパイラ・インタプリタ

Intel compiler

(Intel Parallel Studio XE)

 18.0.5 18.0.5 変更なし
 17.0.8 17.0.8
 16.0.4 16.0.4
PGI Professional Fortran/C/C++  18.4 19.4 アップデート
cuda  10 10 変更なし
 9.0 9.0
 8.0 8.0
gcc  ー 9.2.0 追加
 7.2.0 8.2.0 アップデート
 5.5.0 5.5.0 変更なし
java  11.0.3 11.0.3 変更なし
 1.8.0_202 1.8.0_202
 1.8.0_45 1.8.0_45
 1.6.0_45 1.6.0_45
ruby  2.6.5 2.6.5 変更なし
 2.6.0 2.6.0
 1.9.3 1.9.3
python  3.7.2 3.7.2 変更なし
R言語(r)  3.5.2 3.5.2 変更なし
ライブラリ FFTW  3.3.7 3.3.8 アップデート
 2.1.5 2.1.5 変更なし
LAPACK  3.8.0 3.8.0 変更なし
BLAS  3.8.0 3.8.0 変更なし
MKL  2018.4.274 2018.4.274 変更なし
 2017.8.262 2017.8.262
 2016.4.258 2016.4.258
hdf5  1.10.1 1.10.1 変更なし
 1.8.20 1.8.20
機械学習 chainer  ー 7.0.0 追加
 ー 6.5.0 追加
 3.5.0 削除
keras  2.1.5 2.3.1 アップデート
cntk  5 削除
torch  7 削除
mxnet  1.1.0 1.5.1 アップデート
theano  1.0.1 1.0.4 アップデート
pytorch  0.4.0a0 1.3.1 アップデート
tensorflow  1.7.0 1.14.0 アップデート

 

 ソフトウェア構成につきましては、こちらのページよりご確認ください。

 

以上、どうぞよろしくお願いいたします。

 

 

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国立遺伝学研究所 スパコン管理チーム
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/
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