（終了）【事前予告】2020年3月31日_Thin計算ノード計算リソースの増強ならびに入れ替え作業時の留意点について

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

 

2020年3月10日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

 

平素より、国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム（以下 スパコン）を ご利用いただき誠に有難うございます。

 

遺伝研スパコンシステムは、2020年4月1よりシステムが増強され、計算ノードの総コア数が11,696コアから15,280コアへ増加します。

追加されるサーバは、AMDの最新型CPU（AMD EPYC Rome）を搭載しており、スパコンシステム一般解析区画のThin計算ノードほぼ全て（epyc.qノード全体並びにGPUノードを除くlogin.qノード）がこれに入れ替わります。

これによりコア当たりの浮動小数点演算性能が倍増します（16GFLOPS/core → 32GFLOPS/core）。

 

入れ替え前後におけるThin計算ノードの詳細情報は以下の通りです。

 
 

計算ノード

プロセッサ名

変更前

Thin Type 1

AMD EPYC7501

変更後

Thin Type 1

AMD EPYC7702
コードネーム  Naples Rome
リリース時期 2017年第2四半期　　　 2019年第2四半期　　　
コア数 32（ノード当たり64コア） 64（ノード当たり128コア）
スレッド数 64 128
クロックスピード 2.0GHz 2.0GHz
理論演算性能(CPU当たり) 512GFLOPS 2048GFLOPS
boost最大周波数 3GHz 3.35GHz
Cache 64MB 256MB
台数内訳 epyc.q 45台、login.q 6台 epyc.q 25台、login.q 3台

 

 
 
入れ替え作業は以下の日程を予定しております。

 

 

  • 詳細
    • 日時：2020年 3 月 31 日 (火) 9:00　~　3 月 31 日 (火) 13:00
    • 作業内容：一般解析区画Thin計算ノード一部入れ替え作業
    • 影響範囲：一般解析区画におけるUGE epyc.qへのqsub不可
  • 入れ替え作業後の変更点
    • リソースを有効にご活用いただくため、ジョブ管理システムに投入されるジョブが利用可能な仮想メモリ容量のデフォルトを、現行の8GBから4GBへ変更いたします。4GBを超えた仮想メモリ容量を要求するジョブを投入する場合は、ジョブ投入時に明示的に必要な仮想メモリ容量を要求して投入してください（こちらをご参照ください）。
  • 留意事項
    • 入れ替え作業中のスパコンへのログインおよびUGEの使用は可能ですが、epyc.qへのジョブの投入はできません。
    • epyc.qにおいて稼働中のジョブは削除されます。
      投入していたジョブによっては、1度目の実行で出力されたファイルの存在により、2度目の実行時にエラーもしくは不適切になる場合があります。 問題の発生が懸念される場合は、中間ファイルや結果ファイルを削除した上で、ジョブを再投入して頂けますようお願い致します（epyc.q以外のキューに入っているジョブは削除対象ではありません）。

 

 

 

---
国立遺伝学研究所 スパコン管理チーム
http://sc.ddbj.nig.ac.jp/
address