(終了)2014年12月3日【定期メンテナンス:3】国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム サービス再開のお知らせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2014年12月3日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所(以下 遺伝研)スーパーコンピュータシステム(以下 スパコン)をご利用いただき誠に有難うございます。

遺伝研全域停電に伴うメンテナンスのため、スパコンのサービスを停止しておりましたが、

下記の通りスパコンのサービスを再開いたしました。ご協力頂きありがとうございました。

なおメンテナンス後より追加でサービスの公開しておりますので以下をご参照の上ご利用ください。

     
  1. 詳細
      • 再開日時: 2014 年 12 月 3 日 (水) 19:20 ~
      • 再開内容: スパコンログインサービスの再開と停止したジョブの再開

     

  2. 留意事項
      • 停止中のジョブは、再開しました。
      • 再開されたジョブは、初めから実行されます。
      • 投入しているジョブによっては1度目の実行で出力されたファイルの存在により、2度目の実行がエラーもしくは不適切になる場合があります。
      • 問題の発生が懸念される場合は、中間ファイルや結果ファイルを削除した上で、ジョブを再投入して頂けるようお願いします。

     

  3. 追加サービス内容
    • 【短時間ジョブ向けキュー(short.q)の利用開始】

        スパコンシステムでは利用者のジョブ混雑解消のため、最大実行時間制限2時間の短時間ジョブ向け
        キュー(short.q)を新規に作成しました。小さいジョブは短時間キューで実行していただくことにより他の
        キューの混雑が緩和されると期待できます。Phase1システム、Phase2システム両方で利用可能です。

          キュー名: short.q(新規作成)
          ノード数: 62ノード(仮想ノード)
          各ノードスロット数: 12(Phase1), 15(Phase2)
          各ノードmem_req量: 32G
          ジョブ実行時間制限: 2時間

          - 利用方法 -
             $ qsub -l short (投入ジョブ)

        なお、short.qはGPUノード上の仮想サーバで作成しており、GPUノードの利用が以下に変更になります。

          キュー名: month_gpu.q
          ノード数: 62ノード(実機)
          各ノードスロット数: 4(Phase1), 5(Phase2)
          各ノードmem_req量: 32G
          GPU搭載
          ジョブ実行時間制限: 2ヶ月

        利用方法についてはこちらもご参照ください。

            ・スーパーコンピュータシステムの基本的な利用方法
            URL: http://sc.ddbj.nig.ac.jp/index.php/ja-howtouse

        不都合な点などご意見等ございましたらお知らせいただけますようお願いします。

       

    • 【SSH公開鍵認証登録ページ公開】

        スパコンシステムへのログインには、現在パスワード認証方式と公開鍵認証方式が利用可能です。
        今後2015年3月より、パスワード認証による接続を停止し、より安全な公開鍵認証のみが
        接続可能となります。

        - 平行運用期間 -
         2014年12月3日 ~ 2015年3月31日
        - SSH公開鍵認証のみ有効 -
         2015年4月1日 ~

        スパコンへのログイン利用者は、2015年3月末までに公開鍵認証方式への移行をお願いいたします。

       

    • 【大規模利用申請ページ公開】

        大規模利用申請のWEBによる受付を再開いたしました。

        ・Phase2の基本のホーム領域として全ユーザが1TBまで利用可能です。Phase2ホーム領域を1TB以上
          利用したい方は、大規模利用申請をしてください。
        ・Phase1ホーム領域の大規模利用申請はディスクに余裕が出来るまで引き続き停止とします。
        ・Phase1ホーム領域が現在逼迫しています。既に、Phase1ホーム領域を拡張済みで新たにPhase2
          ホーム領域を拡張される場合は、Phase1ホーム領域の縮小をしていただけるようご協力をお願い
          いたします。