(終了)2017年7月24日~7月27日【定期メンテナンス:2】定期メンテナンスに伴うOSSのバージョン更新のお知らせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2017年7月14日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム(以下 スパコン)を ご利用いただき誠に有難うございます。

7月24日~7月27日のスパコン定期メンテナンス作業にて、OSSのバージョン更新を実施致します。

 

     
  1. 詳細
    • 日時:2017 年 7 月 24 日 (月) 9:00 ~ 7 月 27 日 (木) 24:00 (予定)
    •    (スパコン定期メンテナンス作業期間と同じ)
    • 作業内容:OSSのバージョン更新作業
    •   
  2. OSSのバージョン更新と標準パスへの変更詳細
    • 下記表のOSSのバージョン更新と標準パスへの変更を行います。
    • フルパス指定をせず、環境変数パスをご利用の方は、バージョンの差異により意図しない動作が
    • 起こる可能性がございますのでご注意ください。
    •  
    • バージョン更新および標準パスへの変更
      名称 パス バージョン ← 旧バージョン
      ライフサイエンス関連
      augustus /usr/local/pkg/augustus/current 3.2.3       ←    3.2.1
      bamtools /usr/local/pkg/bamtools/current 2.4.1            ←    2.4.0
      Bowtie
      /usr/local/pkg/bowtie/current
      /usr/local/bin
      1.2               ←    1.1.2
      Bowtie2
      /usr/local/pkg/bowtie2/current
      /usr/local/bin
      2.3.2             ←    2.2.8
      BWA
      /usr/local/pkg/bwa/current
      /usr/local/bin
      0.7.15           ←    0.7.13
      circos /usr/local/pkg/circos/current 0.69-5           ←    0.69
      Edena /usr/local/pkg/edena/current 3.131028      ←    3DEV110920
      FASTA
      /usr/local/pkg/fasta/current
      /usr/local/bin
      36.3.8e         ←    36.3.8c
      gmap /usr/local/pkg/gmap/current 2017-05-08   ←    2015-12-31
      IGV /usr/local/pkg/IGVviewer/current 2.3.94           ←   2.3.69
      MAFFT
      /usr/local/pkg/mafft/current
      /usr/local/bin
      7.310            ←   7.273
      MEME
      /usr/local/pkg/meme/current
      /usr/local/bin
      4.11.4           ←   4.11.1
      NCBI-BLAST+ /usr/local/pkg/ncbi_blast+/current 2.6.0+           ←   2.3.0+
      NCBI-CXXX-toolkit /usr/local/pkg/ncbi_cxx_toolkit/current 18.0.0           ←   12.0.0
      RAxML
      /usr/local/pkg/RAxML/current
      /usr/local/bin
      8.2.10           ←   8.2.7
      RSEM /usr/local/pkg/rsem/current 1.3.0             ←   1.2.22
      SAMtools
      /usr/local/pkg/samtools/current
      /usr/local/bin
      1.4.1             ←   1.3
      sprai /usr/local/pkg/sprai/current 0.9.9.23        ←   0.9.9.10
      SRA-Tools
      /usr/local/pkg/sra-tools/current
      /usr/local/bin
      2.8.2             ←   2.5.7
      STAR /usr/local/pkg/STAR/current 2.5.2b           ←   2.5
      Trinity /usr/local/pkg/Trinity/current 2.4.0             ←   2.1.1

       

      現在インストール中のOSSのパスはこちらをご覧ください。
      利用可能オープンソースソフトウェア

    •  
 

 

--- 
国立遺伝学研究所 スパコン管理チーム 
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/
address.png