(終了)【定期メンテナンス:3】6月20日~6月23日 定期メンテナンスに伴うサービス停止のお知らせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2016年06月13日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム(以下 スパコン)を ご利用いただき誠に有難うございます。

以下の通り、スパコンの定期メンテナンスを実施致します。

メンテナンス作業期間中はスパコンのサービスが全面停止致します。また、今回はジョブスケジュールシステムの
アップデートを予定しており、それに伴い投入中のジョブは削除されますのでご了承下さい。
何卒ご理解とご協力を賜りますようよろしくお願い申し上げます。

     
  1. 詳細
    •     日時:2016 年 06 月 20 日 (月) 9:00 ~ 06 月 23 日(木) 24:00
    •     作業内容:スパコンメンテンナス作業
    •     影響範囲:すべてのスパコンサービス停止と投入中ジョブの削除
    •  
  2. 留意事項
          • (1) メンテナンス期間中はスパコンへのログイン、およびスパコン上での作業は出来ません。
          • (2) ジョブスケジュールシステムのアップデートに伴い、投入中のジョブは削除されます。
          •   メンテナンス作業完了後にジョブを再投入して頂けるようお願いします。
          •   投入しているジョブによっては1度目の実行で出力されたファイルの存在 により、
          •   2度目の実行がエラーもしくは不適切になる場合があります。問題の発生が懸念される場合は、
          •   中間ファイルや結果ファイルを削除した上で、ジョブを再投入して頂けるようお願いします。
          •  
  3. コンパイラ及びOSSのバージョン更新と標準パスへの変更
    •     下記表のコンパイラ及びOSSのバージョン更新と標準パスへの変更を行います。
    •     フルパス指定をせず、環境変数パスをご利用の方は、バージョンの差異により意図しない動作が
    •     起こる可能性がございますのでご注意ください。
    •  
    • バージョン更新および標準パスへの変更  
      名称 バージョン 旧バージョン
      コンパイラ
      Intel Compiler xe_2016 14.0.0
      PGI 16.4 13.9
      CUDA 7.5 5.5
      ツール
      Perl 5.22.1 5.14.2 
      Python 3.5.1 2.7.2 
      Ruby 2.3.0 1.9.3 
      ライフサイエンス関連
      ALLPATHS-LG 52488 49856
      augustus 3.2.1※ 3.0.3
      bamtools 2.4.0※ 2.3.0
      BEDTools 2.17.0 2.16.2
      Blat 35※ 34
      Bowtie 1.2.2 0.12.8
      Bowtie2 2.2.8 2.2.2
      BWA 0.7.13 0.6.1
      circos 0.69※ 0.67
      cutadapt 1.8.1 1.0
      Edena V3.131028※ Edena3DEV110920_linux64
      FASTA 36.3.8c 36.3.5c
      GATK 1.6-9-g47df7bb※ 1.6-5-g557da77
      gmap 2015-12-31 2014-06-10
      IGV 2.3.69※ 2.1.12
      Hmmer 3.1b2 3.0
      MAFFT 7.273 6.864
      Mothur 1.36.1 1.33.3
      NCBI-BLAST+ 2.3.0+※ 2.2.29+
      NCBI-CXX-toolkit 12.0.0※ 7.0.0
      Oases 0.2.08 0.2.06
      PHYLIP 3.696※ 3.69
      Picard 1.119※ 1.68
      RaxML 8.2.7 7.2.8-ALPHA
      RSEM 1.2.22※ 1.2.8
      SAMtools 1.3 0.1.18
      SRA-Tools 2.5.7 2.2.2a
      TopHat 1.4.0※ 1.0.11
      TopHat2 2.1.1※ 2.0.11
      Trinity 2.1.1※ r2012-04-27
      Velvetr 1.2.10 1.2.03

      (※は currentパスの変更)

      現在インストール中のOSSのパスはこちらをご覧ください。
      利用可能オープンソースソフトウェア

    •  
  4. UGEのバージョンアップに伴う、過去のジョブ実行履歴の参照方法変更について
          • 今回のメンテナンスで、以下の通り、UGEのバージョンアップを行います。
          •  ・Phase1: 8.0.1p17 から 8.4.0 にバージョンアップ
          •  ・Phase2: 8.1.7    から 8.4.0 にバージョンアップ
          • 8.4.0のマニュアルは以下をご参照ください。(ログインが必要です。)

          • マニュアル類-ジョブ管理システム(UGE)

          • また、UGEのバージョンアップに伴い、過去のジョブ実行履歴のリセットを行います。
          • 過去のジョブ実行履歴を参照される場合、qreportおよびqacctコマンドは
          • 以下のように発行していただくことになりますので、ご了承ください。
          • ---
            (qreport)
          • $ qreport-old (オプションは従来通り)
          • (qacct)
          • $ qacct-old (オプションは従来通り)
            ---
          • メンテナンス終了後に投入および実行を終了されたジョブの情報を
          • 閲覧する場合は、従来通りqreport, qacctをご利用ください。

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国立遺伝学研究所 スパコン管理チーム 
http://sc.ddbj.nig.ac.jp/
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