遺伝研スパコン変更点

遺伝研の新スパコンの利用方法は基本的には旧スパコンの利用方法を踏襲しておりますが、以下の点が大きく変更になりますので、必要に応じてプログラムの変更をお願いいたします。
 
 
 1. バイオインフォマティックス関連ツールの提供方法について
 
  • 旧スパコンでは、バイオインフォマティックス関連ツールを遺伝研SEが個別にコンパイルしてスパコンにインストールしていましたが、新スパコンではスパコン用のLinuxコンテナシステムであるSingularity(https://www.sylabs.io/)を採用し、Galaxy project(https://galaxyproject.org/)が公開しているすべてのSingularityコンテナイメージ(https://depot.galaxyproject.org/singularity/ ) を提供する形にします。
  • これにより利用可能なツールの種類が飛躍的に増え解析ソフトとOSのバージョン等との相性の問題が大幅に緩和されます。
  • Singularityコンテナによるバイオツールの利用イメージは、以下のようになります。

    • (例)
      旧: samtools --version
           samtools 1.3
           Using htslib 1.3
           Copyright (C) 2015 Genome Research Ltd.
       
      新: singularity exec /usr/local/biotools/s/samtools\:1.3--1 samtools --version
            samtools 1.3
            Using htslib 1.3
            Copyright (C) 2015 Genome Research Ltd.
 
  • 使用方法の詳細につきましては、ホームページなどで別途ご案内いたします。
  • なお、C, Java, python, R等の解析環境・コンパイラ・開発用ライブラリなどはこれまで通りの使い方となります。
 
 
 
 2. キュー構成の変更について
 
  • 新スパコンではThin計算ノードの3分の2がAMD EPYCプロセッサ、3分の1がIntel Xeonプロセッサとなります。
  • また新スパコンは個人ゲノム解析区画と、一般解析区画の2つの区画に別れ、個人ゲノム解析区画はノード貸しのみの提供、一般解析区画はUniva Grid Engineによる構成とノード貸しの両方による運用となります。
  • この変更に伴い、キュー構成が以下のようになります。
  • 新スパコンと旧スパコンはCPUコア数ではほぼ同等であり、新スパコン公開開始時点のキュー構成(一般解析区画)は 旧スパコンのキュー構成と近くなるように設定します(下表参照)。
  • ただし計算需要の変化に応じて、全計算ノードの2分の1以上を無料枠として確保しつつキューに割り当てられる計算機の台数を順次見直す予定です。
 
 
キュー名
ジョブスロット数
(全体)
ジョブスロット数
(ノード当たり)
メモリ
(全体)
メモリ
(ノード当たり)
実行時間の上限 備考
login.q 384 64 / node 3.072TB 512GB / node 無期限  
login_gpu.q 48 24 / node 768GB 384GB / node 無期限 GPU数はノード当たり4GPU、全体で8GPUです
epyc.q 4224 64 / node 33.792TB 512GB / node 2か月 qsub時にリソース指定を行わなかった場合はこちらが投入先となります。
intel.q 1472 32 / node 17.664TB 384GB / node 2か月 epyc.qが飽和している場合にはこのキューに投入されます。
gpu.q 112 8 / node 2.688TB 192GB / node 2か月 epyc.qおよびintel.qのどちらも飽和している場合にはこのキューに投入されます。GPU数はノード当たり4GPU、全体で56GPUです。
short.q 224 16 / node 2.688TB 192GB / node 3日  
medium.q 800 80 / node 30TB 3TB / node 2か月  
 
 
 以上

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