ソフトウェアアップデートのお知らせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2013年11月15日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所 スーパーコンピュータシステムをご利用いただき誠に有難うございます。

11月8-11日のメンテナンスの際に、以下のソフトウェアのバージョンアップを 実施しました。
各最新ソフトウェアは標準パスに設定してありますのでパスを 指定しなくても実行可能です。
なお、Intel CompilerとGCCとopenmpiはアップデートによりユーザの実行ファイルに影響が
でることがありますので ご注意ください。

ご連絡が遅れまして大変申し訳ございませんでした。今後は情報の提供を迅速に行い、ユーザ皆様が
お困りにならない環境を提供できるようにいたします。

     
  1. アップデート対象ソフトウェア
          
    • ●Intel Compire (Intel Compose XE Linux)
        バージョン:12.1.0 から 14.0.0 へのバージョンアップ 
        インストール先: /opt/intel/composer_xe_2013_sp1.0.080/
        旧バージョン : /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233
    • ●PGI Compire (PGI Accelerator CDK Cluster Development Kit)
        バージョン:11.10 から 13.9 へのバージョンアップ 
        インストール先: /opt/pgi/linux86-64/current
        旧バージョン : /opt/pgi/linux86-64/2011
    • ● Gnu Compiler
        バージョン:4.6.2 から 4.8.1 へのバージョンアップ
        インストール先: /usr/local/bin/
        旧バージョン: /usr/local/pkg/gcc/4.6.2
    • ● openmpi
        バージョン:1.4.4 から 1.6.5 へのバージョンアップ
        インストール先: /usr/local/pkg/openmpi/current_icc/ (Intel Compire用)
                                     /usr/local/pkg/openmpi/current_pgcc (PGI Compire用)
                                     /usr/local/pkg/openmpi/current_gcc/ (GCC用)
        旧バージョン : /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_icc
                                   /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_pgcc 
                                   /usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_gcc
  2. Intel Compilerのアップデートについて
    • Intel Compiler 12.1.0→14.0.0 によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた
      実行ファイルは新しいバージョンの環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンのライブラリ
      環境でで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には
      そのまま実行可能です。
      1) 新しいバージョン環境で利用される場合
          新しいバージョンのコンパイラ で再コンパイルしてください。新しいバージョンは標準パスに設定
          されています。
      コンパイル・実行例)
      % icc test.c -o test
      % ./test
      2) 旧バージョン環境で利用される場合
          標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が
          あります。
      旧バージョン設定スクリプト)
      --- bsh系 ---
      source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64
      --- csh系 ---
      source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.csh intel64
      
      実行スクリプト例)
      #!/bin/sh
      #$ -S /bin/sh
      source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.6.233/bin/compilervars.sh intel64 
      ./test
      
  3. Gnu Compilerのアップデートについて
    • Gnu Compiler 4.6.2→4.8.1によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた 
      実行ファイルは新しいバージョンの環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンのライブラリ 
      環境でで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には 
      そのまま実行可能です。 
      1) 新しいバージョン環境で利用される場合 
          新しいgccで再コンパイルし てください。新しいバージョンは標準パスに設定 
          されています。 
      コンパイル・実行例)
      % gcc test.c -o test
      % ./test
      
      実行スクリプト例)
      #!/bin/sh
      #$ -S /bin/sh
      #$ -cwd
      ./test
      
      2) 旧バージョン環境で利用される場合 
          標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が 
          あります。 
      実行スクリプト例)
      #!/bin/sh 
      #$ -S /bin/sh 
      export GCC_HOME=/usr/local/pkg/4.6.2 
      export PATH=$GCC_HOME/bin:$PATH 
      export LD_LIBRARY_PATH=$GCC_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH 
      ./test
  4. openmpiのアップデートについて
    • openmpi 1.4.4→1.6.5によりアップデート前にシェアードライブラリでコンパイルされた 
      実行ファイルは新しいバージョンのopenmpi環境で再度コンパイルされるか、旧バージョンの 
      mpirunで実行する必要があります。スタティックライブラリでコンパイルされた場合には 
      そのまま実行可能です。 
      1) 新しいバージョン環境で利用される場合 
          新しいmpicc で再コンパイルしてください。新しいバージョンは標準パスに設定 
          されています。 
      コンパイル・実行例)
      % mpicc mpitest.c -o mpitest
      % mpirun -machinefile machines -np 24 mpitest
      
      実行スクリプト例)
      #!/bin/sh
      #$ -S /bin/sh
      #$ -pe mpi 2-24
      #$ -cwd
      /usr/local/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \
      ./mpitest
      
      2) 旧バージョン環境で利用される場合 
          標準パスにインストールされておりませんので環境変数を指定して実行する必要が 
          あります。 
      実行スクリプト例)
      #!/bin/sh
      #$ -S /bin/sh
      #$ -pe mpi 2-24
      export MPI_HOME=/usr/local/pkg/openmpi/1.4.4_icc
      export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH
      export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
      $MPI_HOME/bin/mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines \
      ./mpitest