成果報告(論文リスト2018.10 調査)

「2018年10月調べ」。2017年公開(35本)  2018年公開(34本)
「2019.1.28  2018年公開論文追加 1本」

2017年 published

名前 所属 論文名
岩崎　渉 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 A sodium binding system alleviates acute salt stress during seawater acclimation in eels
平野　雅規 名古屋大学大学院医学系研究科脳神経外科

Aberrant active enhancers associated with downregulation of RET finger prote in overcomes chemoresistance in glioblastoma. (学会発表)
廣岡　俊亮 国立遺伝学研究所、共生細胞進化 Acidophilic green algal genome provides insights into adaptation to an acidic environment
佐藤　賢二 金沢大学 理工研究域 電子情報学系 Combined Use of k-Mer Numerical Features and Position-Specific Categorical Features in Fixed-Length DNA Sequence Classification
松尾　隆嗣 東京大学大学院農学生命科学研究科 Comparative analysis of the brain transcriptome in a hyper-aggressive fruit fly, Drosophila prolongata
中村　保一 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室 Complete Genome Sequence of a Coastal Cyanobacterium, Synechococcus sp. Strain NIES-970
Ravinet　Mark Ecological Genetics Laboratory National Institute of Genetics Contrasting effects of environment and genetics generate a continuum of parallel evolution
ライ　メガ Chiba university graduate school of pharmaceutical science De Novo RNA Sequencing and Expression Analysis of Aconitum carmichaelii to Analyze Key Genes Involved in the Biosynthesis of Diterpene Alkaloids
今井　亮輔 国立遺伝学研究所 Density imaging of heterochromatin in live cells using orientation-independent-DIC microscopy
郷　康広 自然科学研究機構新分野創成センター Direct estimation of de novo mutation rates in a chimpanzee parent-offspring trio by ultra-deep whole genome sequencing
辰本　将司 自然科学研究機構 新分野創成センター ブレインサイエンス研究分野
福多　賢太郎 データサイエンス共同利用基盤施設ゲノムデータ解析支援センター
清水　徳朗 （独）農業・食品産業技術総合研究機構 果樹茶業研究部門 Draft Sequencing of the Heterozygous Diploid Genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) Using a Hybrid Assembly Approach
神沼　英里 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
中村　保一 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
望月　孝子 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
松波　雅俊 琉球大学医学部先端医学研究センター Draft genome sequence of Japanese wood mouse, Apodemus speciosus
保坂　碧 国立遺伝学研究所 総合遺伝研究系 育種遺伝研究部門 Evolution of sequence-specific anti-silencing systems in Arabidopsis
上田　真保子 東海大学医学部分子生命科学 Functional mutations in spike glycoprotein of Zaire ebolavirus associated with an increase in infection efficiency
小林　光智衣 岩手生物工学研究センター Genome analysis of the foxtail millet pathogen Sclerospora graminicola reveals the complex effector repertoire of graminicolous downy mildews
高木　宏樹 石川県立大学 Genome sequencing of the staple food crop white Guinea yam enables the development of a molecular marker for sex determination
夏目　俊 公益財団法人 岩手生物工学研究センター
清水　徳朗 （独）農業・食品産業技術総合研究機構 果樹茶業研究部門 Genome-wide association study and genomic prediction in citrus: Potential of genomics-assisted breeding for fruit quality traits
神沼　英里 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
中村　保一 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
曽田　貞滋 京都大学大学院理学研究科 Genomic regions and genes related to inter-population differences in body size in the ground beetle Carabus japonicus
山田　和範 東北大学大学院 Identification of the sequence determinants of protein N-terminal acetylation through a decision tree approach
河田　雅圭 東北大学大学院生命科学研究科 Inferring evolutionary responses of Anolis carolinensis introduced into the Ogasawara archipelago using whole genome sequence data
華表　友暁 浜松医科大学 Insertionally polymorphic sites of human endogenous retrovirus-K (HML-2) with long target site duplications
中村　保一 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室 Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome
山田　洋一 金沢大学 Intestinal cancer progression by mutant p53 through the acquisition of invasiveness associated with complex glandular formation
有田　正規 国立遺伝学研究所 Lactobacillus silagincola sp. nov. and Lactobacillus pentosiphilus sp. nov., isolated from silage
花田　耕介 九州工業大学 Light controls protein localization through phytochrome-mediated alternative promoter selection
花野　滋 かずさDNA研究所技術応用研究部 Mechanism underlying rapid responses to boron deprivation in Arabidopsis roots
高橋　裕里香 公立大学法人富山県立大学 Microbial diversity in methane hydrate-bearing deep marine sediments core preserved in the original pressure. (学会発表)
畠山　剛臣 University of Zurich Multiple hybrid de novo genome assembly of finger millet, an orphan allotetraploid crop
吉津　祐貴 岩手大学農学部植物育種学研究室 QTL-seq analysis identifies two genomic regions determining the heading date of foxtail millet, Setaria italica (L.) P.Beauv
吉田　聡子 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 Quinone oxidoreductase 2 is involved in haustorium development of the parasitic plant Phtheirospermum japonicum
有田　正規 国立遺伝学研究所 Revealing the genomic differences between two subgroups in Lactobacillus gasseri
谷内江　望 東京大学先端科学技術研究センター Robotic crowd biology with Maholo LabDroids
今　鉄男 大阪大学蛋白質研究所 Samd7 is a cell type-specific PRC1 component essential for establishing retinal rod photoreceptor identity
谷内江　望 東京大学先端科学技術研究センター Systematic analysis of Ca2+ homoeostasis in Saccharomyces cerevisiae based on chemical-genetic interaction profiles
谷内江　望 東京大学先端科学技術研究センター Yeast genetic interaction screen of human genes associated with amyotrophic lateral sclerosis: identification of MAP2K5 kinase as a potential drug target
成瀬　孝史 かずさDNA研究所 Co-expressed Pathways DataBase for Tomato: a database to predict pathways relevant to a query gene
寺内 良平 京都大学農学研究科応用生物科学専攻栽培植物起原学分野 Genome sequencing of the staple food crop white Guinea yamenables the development of a molecular marker for sex determination

 

2018年 published

名前 所属 論文名
大里　直樹 大阪大学 情報科学研究科 バイオ情報工学専攻 ゲノム情報工学講座 Characteristics of functional enrichment and gene expression level of human putative transcriptional target genes
川島　武士 国立遺伝学研究所生命情報研究センター Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis 'Somei-yoshino' across the Japanese archipelago
佐藤　行人 琉球大学 研究推進機構 戦略的研究プロジェクトセンター  
岩崎　渉 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻  
佐藤　行人 琉球大学 研究推進機構 戦略的研究プロジェクトセンター Comparing local- and regional-scale estimations of thediversity of stream fish using eDNA metabarcoding andconventional observation methods
中山　省悟 九州大学 生体防御医学研究所 Degradation of the endoplasmic reticulum–anchored transcription factor MyRF by the ubiquitin ligase SCFFbxw7 in a manner dependent on the kinase GSK-3
瀬川　高弘 国立極地研究所、新領域融合研究センター Demographic analysis of cyanobacteria based on the mutation rates estimated from an ancient ice core
山田　和範 東北大学大学院 Derivative-free neural network for optimizing the scoring functions associated with dynamic programming of pairwise-profile alignment
上田　真保子 東海大学医学部分子生命科学 Different effects of two mutations on the infectivity of Ebola virus glycoprotein in nine mammalian species
笠原　浩太 立命館大学 生命科学部 Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation
二階堂　雅人 東京工業大学生命理工学院 Evolution of vomeronasal receptor 1 ( V1R ) genes in the common marmoset (Callithrix jacchus)
孫　建強 産業技術総合研究所 High-Throughput Sequencing of the Expressed Torafugu (Takifugu rubripes) Antibody Sequences Distinguishes IgM and IgT Repertoires and Reveals Evidence of Convergent Evolution
前原　一満 九州大学 生体防御医学研究所 トランスオミクス医学研究センター トランスクリプトミクス分野 Histone H3.3 sub-variant H3mm7 is required for normal skeletal muscle regeneration
吉田　聡子 奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 Host lignin composition affects haustorium induction in the parasitic plants Phtheirospermum japonicum and Striga hermonthica
吉田　聡子  奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科  Regulation and functional diversification of root hairs
 吉田　聡子  奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科 Transcriptomic and metabolomic reprogramming from roots to haustoria in the parasitic plant, Thesium chinense
岩切　淳一 東京大学 新領域創成科学研究科 Identification of Transposable Elements Contributing to Tissue-Specific Expression of Long Non-Coding RNAs
小川　智久 東北大学 大学院生命科学研究科 The habu genome reveals accelerated evolution of venom protein genes
遠藤　明仁 東京農業大学生物産業学部食品香粧学科 In vitro and in silico characterisation of Lactobacillus paraplantarum D2-1, a starter culture for soymilk fermentation
白　汝嵐 東京大学 Induction of immune-related gene expression by seminal exosomes in the porcine endometrium
水口　洋平 国立遺伝学研究所  生命情報研究センター  比較ゲノム解析研究室 Mining of the Uncharacterized Cytochrome P450 Genes Involved in Alkaloid Biosynthesis in California Poppy Using a Draft Genome Sequence
山川　博幹 農研機構 中央農業研究センター 北陸研究拠点 MutMapPlus identified novel mutant alleles of a rice starch branching enzyme IIb gene for fine-tuning of cooked rice texture
飯田　哲史 東京大学定量生命科学研究所 Mutation in fission yeast phosphatidylinositol 4-kinase Pik1 is synthetically lethal with defect in telomere protection protein Pot1
瀬川　高弘 国立極地研究所、新領域融合研究センター Nitrogen Cycle Evaluation (NiCE) Chip for the Simultaneous Analysis of Multiple N-Cycle Associated Genes
高松　壮 新潟大学農学部 Optimized Method of Extracting Rice Chloroplast DNA for High-Quality Plastome Resequencing and de Novo Assembly
中村　司 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments
笠原　浩太 立命館大学 生命科学部 Phosphorylation of an intrinsically disordered region of Ets1 shifts a multi-modal interaction ensemble to an auto-inhibitory state
黒田　大祐 東京大学 Repertoire analysis of antibody CDR-H3 loops suggests affinity maturation does not typically result in rigidification
熊谷　洋平 東京大学 大気海洋研究所 Solar-panel and parasol strategies shape the proteorhodopsin distribution pattern in marine Flavobacteriia
岩崎　渉 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻  
中村　司 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命専攻 Template-based quaternary structure prediction of proteins using enhanced profile–profile alignments
加藤　毅 群馬大学工学部 Virus Particle Detection by Convolutional Neural Network in Transmission Electron Microscopy Images
原　雄一郎 理化学研究所 生命機能科学研究センター Madagascar ground gecko genome analysis characterizes asymmetric fates of duplicated genes
小柳　亮 沖縄科学技術大学院大学 マリンゲノミックスユニット Review of Schismatogobius (Gobiidae) from Japan, with the description of a new species
松前 ひろみ  東海大学医学部 The prehistoric peopling of Southeast Asia.
浜田　道昭   Beyond similarity assessment: selecting the optimal model for sequence alignment via the Factorized Asymptotic Bayesian algorithm.
北住愛  Texas Tech. Univ.  Potential of Oryza officinalis to augment the cold tolerance genetic mechanisms of Oryza sativa by network complementation  
中村　保一 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室