成果報告(論文リスト2019)

2019.1〜2019.12
名前 所属 論文名
牧野 能士 東北大学大学院生命科学研究科  Invasive invertebrates associated with highly duplicated gene content 
河田 雅圭
上田 真保子 東海大学医学部分子生命科学 Systematic survey of non-retroviral virus-like elements in eukaryotic genomes
松波 雅俊 琉球大学大学院医学研究科先進ゲノム検査医学講座 Caste-specific microRNA expression in termites: insights into soldier differentiation.
遠藤 明仁 東京農業大学生物産業学部食品香粧学科 Introduction of bifunctional alcohol/acetaldehyde dehydrogenase gene (adhE) in Fructobacillus fructosus settled its fructophilic characteristics
前野 慎太朗
黒田 真也 東京大学 大学院理学系研究科 Reconstruction of global regulatory network from signaling to cellular functions using phosphoproteomic data
加賀谷 祐輝 東北大学 COXPRESdb v7: a gene coexpression database for 11 animal species supported by 23 coexpression platforms for technical evaluation and evolutionary inference
遠野 雅徳 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構中央農業研究センター Reclassification of Paenibacillus thermophilus Zhou et al. 2013 as a later heterotypic synonym of Paenibacillus macerans (Schardinger 1905) Ash et al. 1994
谷澤 靖洋 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
片山 俊明 大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター TogoGenome/TogoStanza: modularized Semantic Web genome database
前田 安信 宮崎大学医学部寄生虫学教室 Secretome analysis of Strongyloides venezuelensis parasitic stages reveals that soluble and insoluble proteins are involved in its parasitism
遠野 雅徳 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構中央農業研究センター Lactobacillus salitolerans sp. nov., a novel lactic acid bacterium isolated from spent mushroom substrates
谷澤 靖洋 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室
平田 潤 大阪大学大学院医学系研究科 遺伝統計学 Genetic and phenotypic landscape of the major histocompatibilty complex region in the Japanese population.
根本 理子 岡山大学 Integrated transcriptomic and proteomic analyses of a molecular mechanism of radular teeth biomineralization in Cryptochiton stelleri.
吉田 健太郎 神戸大学農学研究科 Origin of wheat B-genome chromosomes inferred from RNA sequencing analysis of leaf transcripts from section Sitopsis species of Aegilops
坊農 秀雅 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター Comparative analysis of seven types of superoxide dismutases for their ability to respond to oxidative stress in Bombyx mori.
平野 雅規 名古屋大学大学院医学系研究科脳神経外科 Aberrant Active cis-Regulatory Elements Associated with Downregulation of RET Finger Protein Overcome Chemoresistance in Glioblastoma
諸橋 賢吾 東京理科大学理工学部応用生物科学科 Genome-wide analysis of MpBHLH12, a IIIf basic helix-loop-helix transcription factor of Marchantia polymorpha.
尾崎 遼 理化学研究所 情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット Possible cross-feeding pathway of facultative methylotroph Methyloceanibacter caenitepidi Gela4 on methanotroph Methylocaldum marinum S8
岩切 淳一 東京大学 新領域創成科学研究科 reactIDR: evaluation of the statistical reproducibility of high-throughput structural analyses towards a robust RNA structure prediction
佐藤 行人 琉球大学 研究推進機構 戦略的研究プロジェクトセンター Environmental DNA metabarcoding to detect pathogenic Leptospira and associated organisms in leptospirosis-endemic areas of Japan.
高松 壮 新潟大学農学部 Salt Tolerance Improvement in Rice through Efficient SNP Marker-Assisted Selection Coupled with Speed-Breeding
岩切 淳一 東京大学 新領域創成科学研究科 LncRRIsearch: a web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data
佐藤 行人 琉球大学 研究推進機構 戦略的研究プロジェクトセンター Evidence for frequency‐dependent selection maintaining polymorphism in the Batesian mimic Papilio polytes in multiple islands in the Ryukyus, Japan
大里 直樹 大阪大学 情報科学研究科 バイオ情報工学専攻 ゲノム情報工学講座 Improvement of Detection Performance of Fusion Genes from RNA-Seq Data by Clustering Short Reads
前田 太郎 基礎生物学研究所 A draft genome assembly of the solar-powered sea slug Elysia chlorotica.
久保 稔 熊本大学 Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation
佐藤 賢二 金沢大学 理工研究域 電子情報学系 Applying Deep Learning Models to Mouse Behavior Recognition
松波 雅俊 琉球大学大学院医学研究科先進ゲノム検査医学講座 A comprehensive reference transcriptome resource for the Iberian ribbed newt Pleurodeles waltl, an emerging model for developmental and regeneration biology.
瀬川 高弘 国立極地研究所、新領域融合研究センター Genomic analyses of Bifidobacterium moukalabense reveal adaptations to frugivore/folivore feeding behavior
清水 徳朗 (独)農業・食品産業技術総合研究機構 果樹茶業研究部門 Determining the parental combinations of the triploid acid citrus cultivars ‘Yellow Bell’ and ‘Tahiti lime’ using DNA marker analyses
清水 徳朗 (独)農業・食品産業技術総合研究機構 果樹茶業研究部門 Citrus Breeding 2.0: A Novel Approach Integrating Deciphered Parentage and Genomics-assisted Selection
大田 達郎 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター Accumulating computational resource usage of genomic data analysis workflow to optimize cloud computing instance selection
渡邊 美穂 筑波大学 Genomic Characteristics of Desulfonema ishimotonii Tokyo 01T Implying Horizontal Gene Transfer Among Phylogenetically Dispersed Filamentous Gliding Bacteria
野々山 朋信 東北大学生命科学研究科 Phenotypic determinism and contingency in the evolution of hypothetical tree-like organisms
松波 雅俊 琉球大学大学院医学研究科先進ゲノム検査医学講座 A comprehensive reference transcriptome resource for the Iberian ribbed newt Pleurodeles waltl, an emerging model for developmental and regeneration biology.
牛島 幸一郎 岡山大学 A Sequence Resource of Autosomes and Additional Chromosomes in the Peach Pathotype of Alternaria alternata
大田 達郎 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター Accumulating computational resource usage of genomic data analysis workflow to optimize cloud computing instance selection
矢原 耕史 国立感染症研究所 Analysis of genetic recombination and the pan-genome of a highly recombinogenic bacteriophage species
渡部 裕介 国立国際医療研究センター ゲノム医科学プロジェクト(戸山) Analysis of whole Y-chromosome sequences reveals the Japanese population history in the Jomon period
遠藤 明仁 東京農業大学生物産業学部食香粧化学科 Characterization of fructooligosaccharide-degrading enzymes in human commensal Bifidobacterium longum and Anaerostipes caccae
丹野 広貴 東京農業大学生物産業学研究科食品香粧学専攻食の化学研究室
沖 真弥 京都大学大学院 Cis-control of Six1 expression in neural crest cells during craniofacial development.
中尾 亮 北海道大学大学院獣医学研究院 Complete Genome Sequence of Rickettsia asiatica Strain Maytaro1284, a Member of Spotted Fever Group Rickettsiae Isolated from an Ixodes ovatus Tick in Japan.
渡邊 慧 北海道大学大学院農学院 Complete sequence of mitochondrial DNA of Gloiopeltis furcata (Postels & Ruprecht) J. Agardh
齋藤 裕 国立研究開発法人産業技術総合研究所 Comprehensive epigenome characterization reveals diverse transcriptional regulation across human vascular endothelial cells
上田 真保子 東海大学医学部分子生命科学 Comprehensive genomic analysis reveals dynamic evolution of mammalian transposable elements that code for viral-like protein domains
花田 耕介 九州工業大学 Contribution of Functional Divergence through Copy Number Variations to the Inter-species and Intra-species Diversity in Specialized Metabolites
齋藤 裕 国立研究開発法人産業技術総合研究所 Developing a codon optimization method for improved expression of recombinant proteins in actinobacteria
門田 有希 岡山大学大学院 環境生命科学研究科 Development of molecular markers associated with resistance to Meloidogyne incognita by performing quantitative trait locus analysis and genome-wide association study in sweetpotato
湯山 育子 筑波大学生命環境系 Differential gene expression in skeletal organic matrix proteins of scleractinian corals associated with mixed aragonite/calcite skeletons under low mMg/Ca conditions
瀬川 高弘 山梨大学 総合分析実験センター Draft Genome Sequence of Clostridium tagluense strain A121T isolated from a permafrost core in the Canadian High Arctic
平尾 章 福島大学共生システム理工学類 Draft genome sequence of novel Metschnikowia sp. strain JCM 33374, a nectar yeast isolated from a bumblebee
押木 守 北海道大学大学院工学研究院環境工学部門 水質変換工学研究室 Draft genome sequence of the plant-growth-promoting Streptomyces sp. strain 6-11-2
井関 洸太朗 国際農林水産業研究センター Effect of seed sett size on sprouting, shoot growth, and tuber yield of white guinea yam (Dioscorea rotundata)
笠原 浩太 立命館大学 生命科学部 Effects of ion–water Lennard-Jones potentials on the hydration dynamics around a monovalent atomic ion in molecular dynamics simulations
西原 昌宏 (公財)岩手生物工学研究センター Effects of knocking out three anthocyanin modification genes on the blue pigmentation of gentian flowers
田崎 啓介 学校法人 東京農業大学
中村 圭吾 東京大学大学院農学生命科学研究科獣医薬理学教室 Effects of miR-98 in intrauterine extracellular vesicles on maternal immune regulation during the peri-implantation period in cattle
草間 和哉 東京薬科大学
笠原 浩太 立命館大学 生命科学部 Effects of number of parallel runs and frequency of bias-strength replacement in generalized ensemble molecular dynamics simulations
浜端 朋子 東北大学大学院生命科学研究科 Endangered island endemic plants have vulnerable genomes
佐藤 行人 琉球大学 研究推進機構 戦略的研究プロジェクトセンター Environmental DNA metabarcoding to detect pathogenic Leptospira and associated organisms in leptospirosis-endemic areas of Japan
佐藤 行人 琉球大学 研究推進機構 戦略的研究プロジェクトセンター Evidence for frequency‐dependent selection maintaining polymorphism in the Batesian mimic Papilio polytes in multiple islands in the Ryukyus, Japan
大槻 朝 東北大学大学院生命科学研究科 Evolution of asexual Daphnia pulex in Japan: variations and covariations of the digestive, morphological and life history traits.
土松 隆志 千葉大学 Exploring Genetic Diversity and Signatures of Horizontal Gene Transfer in Nodule Bacteria Associated with Lotus japonicus in Natural Environments
曽田 貞滋 京都大学大学院理学研究科 Genetic basis of species-specific genitalia reveals role in species diversification
吉田 聡子 奈良先端科学技術大学院大学 先端科学技術研究科 Genome sequence of Striga asiatica provides insight into the evolution of plant parasitism.
門田 有希 岡山大学大学院 環境生命科学研究科 Genome-Wide Association Studies (GWAS) for Yield and Weevil Resistance in Sweet potato (Ipomoea batatas (L.) Lam)
吉田 健太郎 神戸大学農学研究科 Genome-wide polymorphisms from RNA sequencing assembly of leaf transcripts facilitate phylogenetic analysis and molecular marker development in wild einkorn wheat
瀬川 高弘 山梨大学 総合分析実験センター Genomic analyses of Bifidobacterium moukalabense reveal adaptations to frugivore/folivore feeding behavior
大田 達郎 情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター GWAS of mosaic loss of chromosome Y highlights genetic effects on blood cell differentiation
吉武 和敏 東京大学大学院農学生命科学研究科 HaCeD-Seq: a Novel Method for Reliable and Easy Estimation About the Fish Population Using Haplotype Count from eDNA
稲垣 宗一 東京大学 理学系研究科 Histone Acetylation Orchestrates Wound-Induced Transcriptional Activation and Cellular Reprogramming in Arabidopsis
粟津 暁紀 広島大学大学院統合生命科学研究科 Histone Tail Dynamics in Partially Disassembled Nucleosomes During Chromatin Remodeling
秋光 信佳 東京大学アイソトープ総合センター Identification of 2H phosphoesterase superfamily proteins with 2'-CPDase activity. Biochimie.
前野 慎太朗 東京農業大学生物産業学部食品香粧学科 Introduction of bifunctional alcohol/acetaldehyde dehydrogenase gene (adhE) in Fructobacillus fructosus settled its fructophilic characteristics
谷澤 靖洋 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室 Lactobacillus salitolerans sp. nov., a novel lactic acid bacterium isolated from spent mushroom substrates.
中村 保一 国立遺伝学研究所 情報研究系 大量遺伝情報研究室
谷澤 靖洋 国立遺伝学研究所 生命情報研究センター 大量遺伝情報研究室 Large-scale genome analysis of bovine commensal Escherichia coli reveals that bovine-adapted E. coli lineages are serving as evolutionary sources of the emergence of human intestinal pathogenic strains.
中村 保一 国立遺伝学研究所 情報研究系 大量遺伝情報研究室
神澤 秀明 国立科学博物館人類研究部 Late Jomon male and female genome sequences from the Funadomari site in Hokkaido, Japan
福永 津嵩 東京大学情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻 LncRRIsearch: A Web Server for lncRNA-RNA Interaction Prediction Integrated With Tissue-Specific Expression and Subcellular Localization Data
藤井 雅史 広島大学 Logical design of oral glucose ingestion pattern minimizing blood glucose in humans
黒田 真也 東京大学 大学院理学系研究科
岸田 拓士 京都大学野生動物研究センター Loss of olfaction in sea snakes provides new perspectives on the aquatic adaptation of amniotes
辰本 将司 自然科学研究機構 生命創成探究センター 認知ゲノム研究グループ
濱田 麻友子 岡山大学 理学部附属臨海実験所 Medusozoan genomes inform the evolution of the jellyfish body plan
近藤 伸二 情報・システム研究機構ゲノムデータ解析支援センター Monoallelic, antisense and total RNA transcription in an in vitro neural differentiation system based on F1 hybrid mice
笠原 浩太 立命館大学 生命科学部 Multidimensional Virtual-System Coupled Canonical Molecular Dynamics to Compute Free-Energy Landscapes of Peptide Multimer Assembly
安田 仁奈 宮崎大学 Multiplexed ISSR genotyping by sequencing distinguishes two precious coral species (Anthozoa: Octocorallia: Coralliidae) that share a mitochondrial haplotype
高木 宏樹 石川県立大学 Next-generation sequencing-based bulked segregant analysis for QTL mapping in the heterozygous species Brassica rapa
藤井 雅史 広島大学 NMDAR-Mediated Ca2+ Increase Shows Robust Information Transfer in Dendritic Spines.
新城 恵子 名古屋大学大学院医学系研究科 Pathogenic Epigenetic Consequences of Genetic Alterations in IDH-Wild-Type Diffuse Astrocytic Gliomas.
岩崎 渉 東京大学大学院理学系研究科生物科学専攻 Possible cross-feeding pathway of facultative methylotroph Methyloceanibacter caenitepidi Gela4 on methanotroph Methylocaldum marinum S8
稲垣 宗一 東京大学 理学系研究科 Primed histone demethylation regulates shoot regenerative competency
井戸川 雅史 札幌医科大学 Prognostic Effect of Long Noncoding RNA NEAT1 Expression Depends on p53 Mutation Status in Cancer.
遠藤 明仁 東京農業大学生物産業学部食香粧化学科 Pseudofructophilic Leuconostoc citreum strain F192-5, isolated from satsuma mandarin peel
前野 慎太朗 東京農業大学生物産業学部食品香粧学科
徳田 直子 名古屋大学 大学院工学研究科 Quantitative Analysis of Spatial Distributions of All tRNA Genes in Budding Yeast
上坂 将弘 国立研究開発法人理化学研究所 Recapitulation-like developmental transitions of chromatin accessibility in vertebrates
鈴木 啓道 The Hospital for Sick Children Recurrent non-coding U1-snRNA mutations drive cryptic splicing in Shh medulloblastoma.
柴原 一陽 北里大学医学部
西原 秀典 東京工業大学 Retrotransposons spread potential cis-regulatory elements during mammary gland evolution
清水 元樹 公益財団法人岩手生物工学研究センター RNA-Seq of in planta-expressed Magnaporthe oryzae genes identifies MoSVP as a highly expressed gene required for pathogenicity at the initial stage of infection
藤井 雅史 広島大学 Robustness against additional noise in cellular information transmission
黒田 真也 東京大学 大学院理学系研究科
伊藤 佑 John Innes Centre Seasonal Stability and Dynamics of DNA Methylation in Plants in a Natural Environment
前田 安信 宮崎大学医学部寄生虫学教室 Secretome analysis of Strongyloides venezuelensis parasitic stages reveals that soluble and insoluble proteins are involved in its parasitism
川上 広宣 山陽小野田市立山口東京理科大学 Specific basic patch-dependent multimerization of Saccharomyces cerevisiae ORC on single-stranded DNA promotes ATP hydrolysis
田中 龍聖 宮崎大学医学部 寄生虫学 Stage-specific transcriptome of Bursaphelenchus xylophilus reveals temporal regulation of effector genes and roles of the dauer-like stages in the lifecycle.
山口 雅也 大阪大学 大学院歯学研究科 口腔細菌学教室 Streptococcus pneumoniae Evades Host Cell Phagocytosis and Limits Host Mortality Through Its Cell Wall Anchoring Protein PfbA
矢野 大和 東北大学 The recombination-cold region as an epidemiological marker of recombinogenic opportunistic pathogen Mycobacterium avium
花田 耕介 九州工業大学 Tyr82 Amino Acid Mutation in PB1 Polymerase Induces an Influenza Virus Mutator Phenotype
橘 裕司 東海大学医学部 Whole genome sequencing of Entamoeba nuttalli reveals mammalian host-related molecular signatures and a novel octapeptide-repeat surface protein
神澤 秀明 国立科学博物館人類研究部 西北九州弥生人の遺伝的な特徴 ―佐世保市下本山岩陰遺跡出土人骨の核ゲノム解析―