遺伝研スーパーコンピュータシステム
国立遺伝学研究所は生命・医学系研究における情報処理のための大規模計算基盤として、大規模クラスタ型計算機・大規模メモリ共有型計算機・大容量高速ディスク装置を備えた最新鋭のスーパーコンピュータシステムサービスを提供しています。
ディスク容量が逼迫しているためユーザーホームディレクトリ内のデータについて当研究所ではバックアップを取っておりません。免責事項の通り、利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。
新着情報
遺伝研スパコンの計算ノード増設について
遺伝研スパコンシステムは、2020年4月1よりシステムが増強され、計算ノードの総コア数が11,696コアから15,280コアへ増加しました。
追加されるサーバは、AMDの最新型CPU（AMD EPYC Rome）を搭載しており、スパコンシステム一般解析区画のThin計算ノードほぼ全て（epyc.qノード全体並びにGPUノードを除くlogin.qノード）がこれに入れ替わります。
これによりコア当たりの浮動小数点演算性能が倍増します（16GFLOPS/core → 32GFLOPS/core）。
入れ替え前後におけるThin計算ノードの詳細情報は以下の通りです。
|
計算ノード プロセッサ名 |
変更前Thin Type 1 AMD EPYC7501 |
変更後Thin Type 1 AMD EPYC7702 |
|---|---|---|
| コードネーム | Naples | Rome |
| リリース時期 | 2017年第2四半期 | 2019年第2四半期 |
| コア数 | 32（ノード当たり64コア） | 64（ノード当たり128コア） |
| スレッド数 | 64 | 128 |
| クロックスピード | 2.0GHz | 2.0GHz |
| 理論演算性能(CPU当たり) | 512GFLOPS | 2048GFLOPS |
| boost最大周波数 | 3GHz | 3.35GHz |
| Cache | 64MB | 256MB |
| 台数内訳 | epyc.q 45台、login.q 6台 | epyc.q 25台、login.q 3台 |
Aspera利用可能帯域幅増強
遺伝研スパコンで利用可能なAsperaサーバーの帯域幅上限を2018年3月末に10Gbpsに増強しました。特に海外とのデータ転送など遠距離間の高速な通信が可能になりました。
メンテナンス情報
定期メンテナンスに伴うサービス停止のお知らせ
2020年2月14日～2月20日の期間中、定期メンテナンスのためサービスを停止いたします。
何卒ご理解とご協力を賜りますようよろしくお願い申し上げます。
詳細はこちらをご覧ください。
【事前予告】台風19号によるスパコン障害発生時の対応について
2019年10月10日記載
本スパコンシステムは、台風19号の影響により停電が発生した場合にも、自家発電機への切り替えにより稼働継続いたします。
しかしながら、深刻な災害が発生し、万一自家発電機からの電源供給もたたれた場合には、本スパコンシステムは自動停止いたします。
その場合、復旧作業の着手は10/15(火)からとなります。
謝辞について
遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。当スーパーコンピュータシステムを利用した論文が採択された際には以下の記載例を参考に謝辞への記載をお願いします。
記載例
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＜謝辞 英語＞
Computations were partially performed on the NIG supercomputer
at ROIS National Institute of Genetics.
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＜謝辞 日本語＞
本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が
有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
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その他