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Jupyter Labの使い方

Jupyter Labのインストール#

Minicondaをインストールしているのであれば、以下のコマンドでJuypter Labをインストールできます。

conda install -c conda-forge jupyterlab

以下のコマンドにてconfigファイルを生成します。

jupyter server --generate-config

以下のコマンドにてパスワードを設定します。

jupyter server --generate-config

Jupyter Labサーバーの起動#

まず最初に、qloginにより割り当てられたインタラクティブノードのローカルIPアドレスを調べます。

$ ip a | grep ib0 10: ib0: <BROADCAST,MULTICAST,UP,LOWER_UP> mtu 1500 qdisc mq state UP group default qlen 256  inet 172.19.7.186/20 brd 172.19.15.255 scope global ib0

この例の場合はqloginにより割り当てられたインタラクティブノードのローカルIPアドレスは172.19.7.186です。

次にインタラクティブノード上でJuypter Labサーバーを起動します。

$ jupyter lab --no-browser --ip "*"

起動すると最後に以下のようなメッセージが出ます。(プロンプトは返ってきません。このままつないでおきます。Ctrl-Cで終了します。)

$ jupyter lab --no-browser --ip "*"[I 2021-08-13 09:55:43.340 ServerApp] jupyterlab | extension was successfully linked.[I 2021-08-13 09:55:43.707 ServerApp] nbclassic | extension was successfully linked.[W 2021-08-13 09:55:44.145 ServerApp] WARNING: The Jupyter server is listening on all IP addresses and not using encryption. This is not recommended.[I 2021-08-13 09:55:44.245 ServerApp] nbclassic | extension was successfully loaded....[I 2021-08-13 09:55:44.250 ServerApp] Jupyter Server 1.10.2 is running at:[I 2021-08-13 09:55:44.250 ServerApp] http://at139:8888/lab[I 2021-08-13 09:55:44.250 ServerApp]  or http://127.0.0.1:8888/lab[I 2021-08-13 09:55:44.250 ServerApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).

ここでインタラクティブノード上のJupyter Labのポート番号(この例の場合8888)を覚えておきます。

SSHポートフォワード#

ユーザーのクライアントマシンで新しい端末を起動し、以下のコマンドを実行します。(プロンプトは返ってきません。何もせずこのままつないでおきます。Ctrl-Cで終了します。)

$ ssh -N gw.ddbj.nig.ac.jp -L 3001:172.19.7.186:8888 Enter passphrase for key '/home/youraccount/.ssh/id_rsa': 

ここで-Lオプションの意味は以下の通りです。

-L <(1)アクセス時のポート番号>:<(2)インタラクティブノードのIPアドレス>:<(3)Jupyter Labのポート番号>

  • (1)については適当に決めて良いです。

  • (2)は上記の「インタラクティブノードのローカルIPアドレス」です。

  • (3)は上記の「インタラクティブノード上のJupyter Labのポート番号」です。

Webブラウザからのアクセス#

ユーザーのクライアントマシンのWebブラウザを用いて以下のURLにアクセスします。

http://localhost:3001

  • ポート番号は、上記(1)アクセス時のポート番号とします。

  • アクセスするとパスワードを聞かれるので、上記で設定したパスワードを入力します。

これでJupyter LabのWeb画面が表示されます。 figure

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