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qsub_beta の使い方

ツールの概要#

qsub_betaUniva Grid Engine でバッチジョブを実行する際に、ジョブの要求リソースに誤りがないか、事前にチェックし UGE にサブミットするツールです。

要求リソースをどの計算ノードでも満たせない値を指定しサブミットした場合、そのジョブは qw 状態 (待ち状態) となりますが、実行可能な計算ノードがないため要求リソースを修正しない限り実行されません。

qsub_beta を介してジョブを UGE にサブミットすることで、バッチジョブ実行時点で要求リソース指定の誤りに気が付くことができ、無用な待ち時間を減らすことができます。

使い方#

qsub_betaを介したバッチジョブの実行#

サブミット方法は以下の通りで、UGE オリジナルの qsub と同様です。

$ qsub_beta –l intel,s_vmem=8G,mem_req=8G job.shYour job XXXXXXX ("job.sh") has been submitted

エラー時の出力#

要求リソースに誤りがあった場合は、エラー原因と要求リソースを修正する際に参考となるURLを表示します。 この時、終了ステータスは 1 でエラー終了します。

以下の例では、オプション -pe def_slot 40 で同一計算ノード上に 40 個の CPU コアを確保するよう指定し、オプション -l intel.q で intel.q の計算ノードでジョブを実行するよう指定しています。 しかし、 intel.q の計算ノードのCPUコア数は32コアであるため、ジョブは実行されず、エラーとなります。

$ qsub_beta -pe def_slot 40 -l intel job_script.shUnable to run job: resource "def_slot" is out of range.Refer to : https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ja/guide/usage-for-general-analysis-environment/ugeExiting.

チェック対象のリソース#

要求リソースのチェック対象は以下の通りです。なお、現在は mpi ジョブのチェックには対応していません。

チェック対象説明
スロット数指定されたスロット数が各ノードで許容された範囲内か判定する。
メモリサイズ指定された要求メモリサイズが許容された範囲内か判定する。
実行可能時間指定された実行可能時間が許容された範囲内か判定する。
GPU数指定されたGPU数が許容された範囲内か判定する。
メモリサイズ不整合要求メモリサイズ(mem_req)とメモリサイズ上限値(s_vmem)が一致するか確認する。
キュー指定qsubのhardオプションに複数のキューが指定されていないか、また、hardおよびsoftの何れにもキューが指定されていないか判定する。
に最終更新