qsub_beta の使い方

ツールの概要

qsub_beta は Grid Engine でバッチジョブを実行する際に、ジョブの要求リソースに誤りがないか、事前にチェックし Grid Engine にサブミットするツールです。

要求リソースをどの計算ノードでも満たせない値を指定しサブミットした場合、そのジョブは qw 状態 (待ち状態) となりますが、実行可能な計算ノードがないため要求リソースを修正しない限り実行されません。

qsub_beta を介してジョブを Grid Engine にサブミットすることで、バッチジョブ実行時点で要求リソース指定の誤りに気が付くことができ、無用な待ち時間を減らすことができます。

使い方

qsub_betaを介したバッチジョブの実行

サブミット方法は以下の通りで、Grid Engine オリジナルの qsub と同様です。

$ qsub_beta –l intel,s_vmem=8G,mem_req=8G job.sh
Your job XXXXXXX ("job.sh") has been submitted

エラー時の出力

要求リソースに誤りがあった場合は、エラー原因と要求リソースを修正する際に参考となるURLを表示します。 この時、終了ステータスは 1 でエラー終了します。

以下の例では、オプション -pe def_slot 40 で同一計算ノード上に 40 個の CPU コアを確保するよう指定し、オプション -l intel.q で intel.q の計算ノードでジョブを実行するよう指定しています。 しかし、 intel.q の計算ノードのCPUコア数は32コアであるため、ジョブは実行されず、エラーとなります。

$ qsub_beta -pe def_slot 40 -l intel job_script.sh
Unable to run job: resource "def_slot" is out of range.
Refer to : https://sc.ddbj.nig.ac.jp/ja/guide/usage-for-general-analysis-environment/uge
Exiting.

チェック対象のリソース

要求リソースのチェック対象は以下の通りです。なお、現在は mpi ジョブのチェックには対応していません。

チェック対象	説明
スロット数	指定されたスロット数が各ノードで許容された範囲内か判定する。
メモリサイズ	指定された要求メモリサイズが許容された範囲内か判定する。
実行可能時間	指定された実行可能時間が許容された範囲内か判定する。
GPU数	指定されたGPU数が許容された範囲内か判定する。
メモリサイズ不整合	要求メモリサイズ（mem_req）とメモリサイズ上限値（s_vmem）が一致するか確認する。
キュー指定	qsubのhardオプションに複数のキューが指定されていないか、また、hardおよびsoftの何れにもキューが指定されていないか判定する。