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ソフトウェア

各ソフトウェアの使い方についてはソフトウェア名のリンク先を参照してください。

ジョブスケジューラ#

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Univa Grid Engine

インストール済み要申請

Slurm

要申請

ジョブスケジューラを利用する際に、リソース量の指定が不適当なためにジョブがいつまで経っても実行されないというケースが見受けられます。そのためUniva Grid Engineへのジョブ投入時に予め警告を表示するqsub_betaというツールを用意しました。利用方法はこちらをご覧ください。

コンテナ・解析パイプライン#

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Singularity

インストール済みインストール済み
Rhelixa RNAseqパイプラインインストール済み要申請
DFAST利用可能利用可能

バイオインフォマティックスツール#

Biocontainers Singularity Images

BioContainers projectが作成したSingularityコンテナイメージ(2千種類を超える解析ソフトウェア、バージョンの違いを含め9万個を超えるSingularityイメージファイル)を、遺伝研スパコンの/usr/local/biotools/ディレクトリ以下に配置してあります。

各ソフトウェアの内容、使い方については BioContainersの公式サイトRegistoryのページをご参照ください。

データ転送・データ共有#

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Aspera

利用可能

HCPtools

要申請

開発環境・ライブラリ#

開発環境の多くはシステムにプリインストールされていますが、 解析の再現などの目的で特定のバージョンが必要な場合、 解析環境の多くはユーザー権限でインストール可能なのでユーザー自身でインストールするか、 Singularityコンテナを利用してください。

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Python

利用可能利用可能

R

利用可能利用可能

Jupyter Notebook

利用可能利用可能

Jupyter Lab

利用可能利用可能

R Studio Server

利用可能利用可能

Java

利用可能利用可能

Node.JS, TypeScript

利用可能利用可能

Rust

利用可能利用可能

C/C++ (GCC)

利用可能利用可能

C/C++ (Intel Compiler)

利用可能

C/C++ (PGI Compiler)

利用可能

CUDA

利用可能利用可能
OpenMP利用可能利用可能
MPICH利用可能利用可能
に最終更新