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Database

遺伝研スパコンからアクセスできるデータセット​

遺伝研スパコンからさまざまなデータセットにアクセスすることができます。公開データはユーザ端末にダウンロードすることも可能です。制限公開データはデータ利用方法を確認の上、データ利用申請システムから利用申請が可能です。

データセットアクセス区分概要
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)制限公開個人の遺伝型と表現型に関する情報を共有するための制限公開データベース。利用可能な研究データ一覧からデータセット一覧を閲覧可能。データ利用方法を確認の上、データ利用申請システムから利用申請が可能
Japanese Genotype-phenotype Archive Metadata (JGA-metadata)公開JGAメタデータのレポジトリ。リンク先からダウンロード可能
public-human-genomes公開公的に利用可能な全ゲノムシーケンスデータセット（1000Genomes、HGDP、KPGP、SGDP）の再解析結果。GRCh38 assemblyに基づく再解析結果と、CHM13 assemblyに基づく再解析結果が公開されている。リンク先からダウンロード可能
TogoVar-repository公開ヒトのバリアントと頻度情報のための公的データベース。リンク先からダウンロード可能
MetaboBank公開メタボロミクスデータの登録を受付ける公共リポジトリ。リンク先からダウンロード可能
DDBJ, Linked Data (DDBJ-LD)公開DDBJ センターのlinked data。リンク先からダウンロード可能

DDBJ関連データベースサービス​

DDBJのデータベースは、さまざまなバイオインフォマティクス研究やゲノム解析に役立つ情報を提供しています。 https://www.ddbj.nig.ac.jp/services/index.html?tag=DDBJ,database

データベース概要
BioProjectプロジェクトに由来する生物学的データをとりまとめ、関連するデータへのリンクを提供
BioSample実験で使われた生物学的サンプルに関する情報を収集
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)アノテーションが付与されたゲノム、遺伝子、転写産物の塩基配列
DDBJ Sequence Read Archive (DRA)高性能シークエンス機器からの生シークエンスデータとアライメント情報を格納
Genomic Expression Archive (GEA)MIAME に準拠したアレイとシークエンスベースの機能ゲノミクスデータのレポジトリ
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)個人の遺伝型と表現型に関する情報を共有するための制限公開データベース
MetaboBankメタボロミクスデータの登録を受付ける公共リポジトリ
TogoVar-repositoryヒトのバリアントと頻度情報のための公的データベース

DDBJ関連データベースミラーサービス​

遺伝研スパコンから次のミラーデータにアクセスすることができます。ユーザ端末にダウンロードすることも可能です。

データベースミラーオリジナルサービス提供者概要
Europian Nucleotide Archive (ENA) mirrorEBI塩基配列情報の包括的なデータベース
NCBI mirror (GenBank, BioProject, BioSample, RefSeq, Taxonomy)NCBINCBIの提供する各種データベース
The Reference Sequence (refseq) mirrorNCBI遺伝子発現、エピジェネティクスやジェノタイピング SNP アレイ等の機能ゲノミクスデータのための公的データベース
h-invitation (h-inv) mirror産業技術総合研究所ヒト完全長 cDNA データセットの機能アノテーション
Uniprot mirrorELIXIRタンパク質配列と機能情報のリソース
Protein Data Bank Japan (PDBj) mirror大阪大学蛋白質研究所生体高分子の構造データベース
World Wide Protein Data Bank (wwPDB) mirrorwwPDB生体高分子（タンパク質、DNA、RNA）の3次元構造データのアーカイブ
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