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遺伝研スーパーコンピュータ(2019 => 2025)

国立遺伝学研究所は生命・医学系研究における情報処理のための大規模計算基盤として、大規模クラスタ型計算機・大規模メモリ共有型計算機・大容量高速ディスク装置を備えた最新鋭のスーパーコンピュータシステムサービスを提供しています。

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重要

次期遺伝研スパコンへのリプレースのお知らせ​

現行遺伝研スパコン(2019年3月1日稼働開始）は2025年3月1日に次期遺伝研スパコンへリプレースされます。

1. 次期スパコンの構成​

次期スパコンでは基本的な構成は現行のスパコンを踏襲しつつ、SINET6とのネットワーク接続帯域を100Gbpsに増強され、 CPUコア当たりの演算性能は約二倍となります。

またGPU搭載ノードについては最先端のAI解析を可能とするNVIDA DGX B200、ゲノム解析用に費用対効果の高いNVIDIA L40SおよびPEZY-SC3を搭載した計算ノードを導入します。

次期スパコンの構成の詳細については、ハードウェア(2025)のページをご参照ください。

2. 稼働開始までのスケジュール​

  1. 2024年12月下旬からユーザのホーム領域のデータ移行を開始しています。ユーザのホーム領域は最終的には2025年2月14日17:00時点のデータが新スパコンのディスクにコピーされます。 2025年2月14日以降のデータについては、必要に応じて各自でバックアップ等を取得し、各自で新スパコンに移行してください。
  2. 2025年2月21日9:00に現スパコンを停止し、現スパコンから次期スパコンへの切り替え作業を行います。2025年3月1日 12:00より新スパコンのログインサービスを開始します。 2025年2月21日9:00から3月1日12時まで遺伝研スパコンは使用できません。
  3. L40S搭載のGPU計算ノードは4/1からのサービス開始になります。3/1〜3/31の期間は、GPU計算ノードは使えませんのでご理解のほどお願いいたします。
  4. B200搭載のGPU計算ノードは6/1からのサービス開始予定です。

3. 次期スパコンへの移行に関する注意点​

(1) ジョブスケジューラがGrid EngineからSlurmに変更になります。 Grid EngineのジョブスクリプトはSlurm用に書き換える必要があります。 お手数となりますがGrid EngineとSlurmの対応については ソフトウェア > Slurm のページをご参照の上、書き換えをお願いいたします。

(2) 次期スパコンの全計算ノードのOSは現行のUbuntu Linux 22.04からUbuntu Linux 24.04に更新となります。

(3) 課金サービスの料金は、ストレージ、メモリ最適化ノード、アクセラレータ最適化ノード（GPUノード）は事業継続性の観点からリース料金の按分を基本に料金が設定されており、リプレースに伴い料金は改定となります。改定内容は近日中にホームページから公開します。

警告

ディスク容量が逼迫しているためユーザーホームディレクトリ内のデータについて当研究所ではバックアップを取っておりません。利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。

年度末アカウント継続申請について​

現在、アカウント申請システムのセキュリティー対策のためにシステムの書き換えを行っており、 再公開まで時間がかかっております。アカウント継続申請はアカウント申請システムの再公開後に行います。 今年度に関しましては、次期スパコンへのアカウント継続は、申請なしでも、スパコン管理者側で行います。

2024 年度の定期メンテナンス等​

2024年度の定期メンテナンスは、2024年12月13日-12月19日に行いました。

2022 年 5 月 13 日(金) 個人ゲノム解析区画および一般解析区画大規模ユーザのアカウントの新規登録受付の一時停止​

平素より、遺伝研スパコンをご利用いただき誠にありがとうございます。

現在、スパコンの計算リソースが CPU,ディスクとも非常に逼迫しているため、以下のユーザのアカウントの新規登録を一時停止させていただきます。

  • 一般解析区画の大規模利用ユーザのアカウントの新規登録
  • 個人ゲノム解析区画ユーザのアカウントの新規登録

以下の申請についてはこれまで通り受け付けます。

  • 現在すでに一般解析区画の大規模利用ユーザである方々、 個人ゲノム解析区画のユーザである方々に付きましては、利用計画表の変更による利用リソースの追加はこれまで通り受け付けます。
  • また、一般解析区画の通常のユーザー登録についてもこれまで通り受け付けます。その場合はディスクは初期設定の 1TB までの利用となります。
  • 講習会などでの利用ついてもこれまで通り受け付けます。

その場合も、ご希望に添えない場合がありますのでご了承いただけますようお願いいたします。

アカウントの新規登録受付の再開時期につきましては、 計算リソースの空き状況を見ながら決めていくこととなります。４ヶ月ごとの空き状況の見通しを随時ホームページから公開しますので、利用を希望される方は空き状況の見通しを参考に、予め利用計画表を提出してください。ただし、空き状況は確定ではありませんのでご希望に添えない場合がありますのでご了承願います。

謝辞について​

遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。当スーパーコンピュータシステムを利用した論文が採択された際には以下の記載例を参考に謝辞への記載をお願いします。

記載例

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　　＜謝辞　英語＞
　　Computations were partially performed on the NIG supercomputer
　　at ROIS National Institute of Genetics.

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　　＜謝辞　日本語＞
　　本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が
    有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。

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に最終更新