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2014 年 07 月 25 日

重要なお知らせ

公開日 表題
2014年3月4日 2014年3月5日からのスパコンPhase2システムご利用方法について

国立遺伝学研究所 スーパーコンピュータシステム(NIG SuperComputer)とは

大学共同利用機関法人 情報システム研究機構 国立遺伝学研究所は、2012年3月にスーパーコンピュータシステムを更新しました。新しいスーパーコンピュータシステムはゲノム解析を主な目的とした大規模計算機利用拠点として 最新鋭の大規模クラスタ型計算機、大規模メモリ共有型型計算機、および大容量高速ディスク装置で構成されたスーパーコンピューティングシステムサービスを提供しています。

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本サイトは国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムが提供する計算機リソース、各種アプリケーション、それらの利用方法についての各種情報を提供します。DDBJセンターとして提供する各種サービスについてはDDBJセンターのホームページからご参照ください。

ディスク利用状況

 
lustreのsize,file項目は、現在のディスク使用量(全ユーザ合計)/ディスク容量で表現しています。
quotaのsize項目は、申請ディスク使用量(全ユーザ合計)/ディスク容量で表現しています。
sizeの単位は、Tbyteです。

    
lustre1 size: 100%     lustre1 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre2 size: 100%     lustre2 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre3 size: 100%     lustre3 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre4 size: 100%     lustre4 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre5 size: 100%     lustre5 file: 100%
quota size: 100%    


UGEキュー利用状況概要

現在のUGEキューの利用状況概要です。データは10分置きに更新されます。
下記表は、各計算ノードのスロット、メモリの使用率を表します。
ジョブ投入にあたり、混在状況の参考にして下さい。
利用状況により、新規ジョブは、待ち合わせ時間が発生する可能性があります。

Phase 1

研究用fat/medium計算ノード

qnamehost slot (スロット数) memory (GB)
use / all prcentdisabled in use req / all percent

研究用thin計算ノード

※一般ユーザの方は、dbcls.qの利用は出来ません。
qnamehost slot (スロット数) memory (GB)
use / all percentdisabled in use req / all percent

Phase 2

研究用medium計算ノード

qnamehost slot (スロット数) memory (GB)
use / all prcentdisabled in use req / all percent

研究用thin計算ノード

qnamehost slot (スロット数) memory (GB)
use / all percentdisabled in use req / all percent

業務用thin計算ノード

qnamehost slot (スロット数) memory (GB)
use / all percentdisabled in use req / all percent

slot
(単位:スロット数)
use 使用中のジョブスロット数です
all キューが保有する全ジョブスロット数です
percent 使用中ジョブのスロット使用率です
disabled メンテナンス等の理由で無効化されている、または高負荷等の理由で使用できないジョブスロットの数です
memory
(単位:GB)
in use 現在使用中のメモリ量の合計です
req 現在動作中のジョブによって確保されているメモリ量の合計です
all ホストが保有するメモリ量の合計です
percent 現在動作中ジョブのメモリ確保率です
percent
(スロット使用率
メモリ確保率)
0%~50%
51%~79%
80%~100%

システムからのお知らせ



引用文献

Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D25-9. doi: 10.1093/nar/gks1152. Epub 2012 Nov 24.

DDBJ new system and service refactoring.

Ogasawara O, Mashima J, Kodama Y, Kaminuma E, Nakamura Y, Okubo K, Takagi T.