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2016 年 12 月 08 日

重要なお知らせ

公開日 表題
2014年9月10日 【スパコンユーザ会】会議報告
2014年3月4日 2014年3月5日からのスパコンPhase2システムご利用方法について

cautionディスク容量に余裕がないためホームディレクトリ内のデータについて当研究所ではバックアップを取っておりません。
   免責事項の通り、利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。

国立遺伝学研究所 スーパーコンピュータシステムとは

大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所は、2012年3月にスーパーコンピュータシステムを更新しました。新しいスーパーコンピュータシステムはゲノム解析を主な目的とした大規模計算機利用拠点として 最新鋭の大規模クラスタ型計算機、大規模メモリ共有型計算機、および大容量高速ディスク装置で構成されたスーパーコンピューティングシステムサービスを提供しています。

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本サイトは国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムが提供する計算機リソース、各種アプリケーション、それらの利用方法についての各種情報を提供します。DDBJセンターとして提供する各種サービスについてはDDBJセンターのホームページからご参照ください。

ディスク利用状況

 
lustreのsize,file項目は、現在のディスク使用量(全ユーザ合計)/ディスク容量で表現しています。
quotaのsize項目は、申請ディスク使用量(全ユーザ合計)/ディスク容量で表現しています。
sizeの単位は、Tbyteです。

    
lustre1 size: 100%     lustre1 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre2 size: 100%     lustre2 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre3 size: 100%     lustre3 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre4 size: 100%     lustre4 file: 100%
quota size: 100%    
  
lustre5 size: 100%     lustre5 file: 100%
quota size: 100%    


UGEキュー利用状況概要

現在のUGEキューの利用状況概要です。データは10分置きに更新されます。

Phase 1

ジョブ管理システムに投入されるジョブが利用可能な仮想メモリ容量は、デフォルトでは4GBに制限されています。
ジョブの使用メモリ量を指定してジョブを投入する方法

研究用fat/medium計算ノード

queue name# of nodes slot (スロット数) memory (GB)
in use / totaldisabled in use required / total

研究用thin計算ノード

※month_gpu.qとshort.qは実ノードが同じため、in use(使用メモリ量)が同じ値となります。
queue name# of nodes slot (スロット数) memory (GB)
in use / totaldisabled in use required / total

研究用UGEノード

棒グラフでは、各キューの利用状況をスロット数、および各キューの持つリソース量をスロット100%とした割合で表しています。
(赤色:使用中、緑色:空き、青色:待ち、紫色:エラー)
折れ線グラフでは、ジョブの処理速度を表すために、20分間で空いたスロット数の推移を表しています。
データは20分おきに更新されます。

Phase 2

ジョブ管理システムに投入されるジョブが利用可能な仮想メモリ容量は、デフォルトでは3.1GBに制限されています。
ジョブの使用メモリ量を指定してジョブを投入する方法

研究用medium計算ノード

queue name# of nodes slot (スロット数) memory (GB)
in use / totaldisabled in use required / total

研究用thin計算ノード

※month_gpu.qとshort.qは実ノードが同じため、in use(使用メモリ量)が同じ値となります。
queue name# of nodes slot (スロット数) memory (GB)
in use / totaldisabled in use required / total

研究用UGEノード

棒グラフでは、各キューの利用状況をスロット数、および各キューの持つリソース量をスロット100%とした割合で表しています。
(赤色:使用中、緑色:空き、青色:待ち、紫色:エラー)
折れ線グラフでは、ジョブの処理速度を表すために、10分間で空いたスロット数の推移を表しています。
データは10分おきに更新されます。

業務用thin計算ノード

queue name# of nodes slot (スロット数) memory (GB)
in use / totaldisabled in use required / total

システムからのお知らせ



引用文献

Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D25-9. doi: 10.1093/nar/gks1152. Epub 2012 Nov 24.

DDBJ new system and service refactoring.

Ogasawara O, Mashima J, Kodama Y, Kaminuma E, Nakamura Y, Okubo K, Takagi T.