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遺伝研スーパーコンピュータ(2019 => 2025)

国立遺伝学研究所は生命・医学系研究における情報処理のための大規模計算基盤として、大規模クラスタ型計算機・大規模メモリ共有型計算機・大容量高速ディスク装置を備えた最新鋭のスーパーコンピュータシステムサービスを提供しています。

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重要

新システム稼働開始のお知らせ​

遺伝研スパコンは、2025年3月1日に新システムへとリプレースされました。

新スパコンでは基本的な構成は前システムを踏襲しつつ、SINET6とのネットワーク接続帯域が100Gbpsに増強され、CPUコア当たりの演算性能は約二倍となりました。

またGPU搭載ノードについては最先端のAI解析を可能とするNVIDA DGX B200、ゲノム解析用に費用対効果の高いNVIDIA L40SおよびPEZY-SC3を搭載した計算ノードを導入します。 新スパコンの構成の詳細については、ハードウェア(2025)のページをご参照ください。

利用方法の変更点等​

2025年3月1日 12:00より新スパコンのログインサービスを開始しました。

1. 新システムへのログイン方法​

(1) 暫定的なログイン方法​

新システムへのログイン方法は取り急ぎ暫定的に以下の通りとさせてください。 後で方法をホームページからお知らせします。

  • 一般解析区画 : ゲートウェイノードへsshログイン後、インタラクティブノードa001, a002,a003のいずれかにsshログインしてください。例えばゲートウェイノード上で以下のコマンドを実行すればインタラクティブノードへsshログインできます。
[youraccount@gw ~]$ ssh a001

ジョブスケジューラがGrid EngineからSlurmに変更になっています。 Grid EngineのジョブスクリプトはSlurm用に書き換える必要があります。 お手数となりますが、Grid EngineとSlurmの対応については ソフトウェア > Slurm のページをご参照の上、書き換えをお願いいたします。

https://sc.ddbj.nig.ac.jp/guides/software/JobScheduler/Slurm

Slurmのパーティション構成(Grid Engineのキューに相当)は以下のとおりです。

  • epyc
  • short
  • rome
  • medium

GPUノードについては4/1以降追加になります。L40S搭載のGPUノードは4/1からのサービス開始になります。3/1～3/31の期間は、GPUノードは使えませんのでご理解のほどお願いいたします。B200搭載のGPUノードは6/1からのサービス開始予定です。

  • 個人ゲノム解析区画 : これまで通りFortiClientを用いてSSL-VPNに接続したあと、ご自分の専有ノードにsshログインしてください。

    • 個人ゲノム区画へのSSL-VPNについては接続先のIPアドレスとパスワードが変更されているため、FortiClientに設定した接続先IPアドレスを変更する必要があります。これまで 133.39.24.254 でしたが、 133.39.233.30 に変更して下さい。

    • パスワードはこれまで利用していたVPNパスワードではなく、ログインパスワードを指定して下さい。 鍵のパスフレーズではないので、ご注意下さい。 ログインパスワードは、アカウント登録証に初期パスワードとして記載されています。変更している場合は、変更後のパスワードを指定して下さい。

(2) OSのアップデート​

新スパコンの全計算ノードのOSは以前のUbuntu Linux 22.04からUbuntu Linux 24.04に更新となっています。 これに伴い、最初のログイン時にSSHのサーバなりすまし防止機能のために

@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@

のようなエラーが表示されることがあります。 エラーの対処方法については、下記URLの内容に従って操作してください。

https://sc.ddbj.nig.ac.jp/guides/FAQ/faq_general_analysis_division/faq_login_general/#error-ssh-login

(3) 専有ノードへのアクセス方法​

個人ゲノム解析区画、一般解析区画でノード占有のサービスを利用しておられるユーザには、新しい計算ノードへのアクセス方法を別途ご連絡いたします。

2. 前スパコンからの移行に関する注意点​

以前メールおよびホームページでお知らせした内容を再掲します。

(1) ホームディレクトリの移行​

ユーザのホーム領域は最終的には2025年2月14日17:00時点のデータが新スパコンのディスクにコピーされています。

(2) 課金サービスの料金変更​

課金サービスの料金は、ストレージ、メモリ最適化ノード、アクセラレータ最適化ノード（GPUノード）は事業継続性の観点からリース料金の按分を基本に料金が設定されており、リプレースに伴い料金は改定となります。改定内容はスパコン(2025)利用規程をご確認ください。

警告

ディスク容量が逼迫しているためユーザーホームディレクトリ内のデータについて当研究所ではバックアップを取っておりません。利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。

年度末アカウント継続申請について​

現在、アカウント申請システムのセキュリティー対策のためにシステムの書き換えを行っており、 再公開まで時間がかかっております。アカウント継続申請はアカウント申請システムの再公開後に行います。 2024年度に関しましては、スパコン(2025)へのアカウント継続は、申請なしでも、スパコン管理者側で行います。

2024 年度の定期メンテナンス等​

2024年度の定期メンテナンスは、2024年12月13日-12月19日に行いました。

2022 年 5 月 13 日(金) 個人ゲノム解析区画および一般解析区画大規模ユーザのアカウントの新規登録受付の一時停止​

平素より、遺伝研スパコンをご利用いただき誠にありがとうございます。

現在、スパコンの計算リソースが CPU,ディスクとも非常に逼迫しているため、以下のユーザのアカウントの新規登録を一時停止させていただきます。

  • 一般解析区画の大規模利用ユーザのアカウントの新規登録
  • 個人ゲノム解析区画ユーザのアカウントの新規登録

以下の申請についてはこれまで通り受け付けます。

  • 現在すでに一般解析区画の大規模利用ユーザである方々、 個人ゲノム解析区画のユーザである方々に付きましては、利用計画表の変更による利用リソースの追加はこれまで通り受け付けます。
  • また、一般解析区画の通常のユーザー登録についてもこれまで通り受け付けます。その場合はディスクは初期設定の 1TB までの利用となります。
  • 講習会などでの利用ついてもこれまで通り受け付けます。

その場合も、ご希望に添えない場合がありますのでご了承いただけますようお願いいたします。

アカウントの新規登録受付の再開時期につきましては、 計算リソースの空き状況を見ながら決めていくこととなります。４ヶ月ごとの空き状況の見通しを随時ホームページから公開しますので、利用を希望される方は空き状況の見通しを参考に、予め利用計画表を提出してください。ただし、空き状況は確定ではありませんのでご希望に添えない場合がありますのでご了承願います。

謝辞について​

遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。当スーパーコンピュータシステムを利用した論文が採択された際には以下の記載例を参考に謝辞への記載をお願いします。

記載例

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　　＜謝辞　英語＞
　　Computations were partially performed on the NIG supercomputer
　　at ROIS National Institute of Genetics.

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　　＜謝辞　日本語＞
　　本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が
    有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。

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に最終更新
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