遺伝研スーパーコンピュータ(2019 =>
2025)
国立遺伝学研究所は生命・医学系研究における情報処理のための大規模計算基盤として、大規模クラスタ型計算機・大規模メモリ共有型計算機・大容量高速ディスク装置を備えた最新鋭のスーパーコンピュータシステムサービスを提供しています。
新システム稼働開始のお知らせ
遺伝研スパコンは、2025年3月1日に新システムへとリプレースされました。
- 遺伝研スパコンからの重要なお知らせ : 2024年第3期(12~3月) (2025.02.10)
- 新スパコンへのリプレースに関するお知らせ (2024.12.05)
- 遺伝研スパコンからの重要なお知らせ : 2024年第2期(8~11月) (2024.11.11)
- 遺伝研スパコンからの重要なお知らせ : 2024年第1期(4~7月) (2024.06.24)
新スパコンでは基本的な構成は前システムを踏襲しつつ、SINET6とのネットワーク接続帯域 が100Gbpsに増強され、CPUコア当たりの演算性能は約二倍となりました。
またGPU搭載ノードについては最先端のAI解析を可能とするNVIDA DGX B200、ゲノム解析用に費用対効果の高いNVIDIA L40SおよびPEZY-SC3を搭載した計算ノードを導入します。 新スパコンの構成の詳細については、ハードウェア(2025)のページをご参照ください。
利用方法の変更点等
2025年3月1日 12:00より新スパコンのログインサービスを開始しました。
1. 新システムへのログイン方法
(1) 暫定的なログイン方法
新システムへのログイン方法は取り急ぎ暫定的に以下の通りとさせてください。 後で方法をホームページからお知らせします。
- 一般解析区画 : ゲートウェイノードへsshログイン後、インタラクティブノード
a001
,a002
,a003
のいずれかにsshログインしてください。例えばゲートウェイノード上で以下のコマンドを実行すればインタラクティブノードへsshログインできます。
[youraccount@gw ~]$ ssh a001
ジョブスケジューラがGrid EngineからSlurmに変更になっています。 Grid EngineのジョブスクリプトはSlurm用に書き換える必要があります。 お手数となりますが、Grid EngineとSlurmの対応については ソフトウェア > Slurm のページをご参照の上、書き換えをお願いいたします。
https://sc.ddbj.nig.ac.jp/guides/software/JobScheduler/Slurm
Slurmのパーティション構成(Grid Engineのキューに相当)は以下のとおりです。
- epyc
- short
- rome
- medium
GPUノードについては4/1以降追加になります。L40S搭載のGPUノードは4/1からのサービス開始になります。3/1~3/31の期間は、GPUノードは使えませんのでご理解のほどお願いいたします。B200搭載のGPUノードは6/1からのサービス開始予定です。
- 個人ゲノム解析区画 : これまで通りFortiClientを用いてSSL-VPNに接続したあと、ご自分の専有ノードにsshログインしてください。
-
個人ゲノム区画へのSSL-VPNについては接続先のIPアドレスとパスワードが変更されているため、FortiClientに設定した接続先IPアドレスを変更する必要があります。これまで 133.39.24.254 でしたが、 133.39.233.30 に変更して下さい。
-
パスワードはこれまで利用していたVPNパスワードではなく、ログインパスワー ドを指定して下さい。 鍵のパスフレーズではないので、ご注意下さい。 ログインパスワードは、アカウント登録証に初期パスワードとして記載されています。変更している場合は、変更後のパスワードを指定して下さい。
-
(2) OSのアップデート
新スパコンの全計算ノードのOSは以前のUbuntu Linux 22.04からUbuntu Linux 24.04に更新となっています。 これに伴い、最初のログイン時にSSHのサーバなりすまし防止機能のために
@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED! @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
のようなエラーが表示されることがあります。 エラーの対処方法については、下記URLの内容に従って操作してください。
(3) 専有ノードへのアクセス方法
個人ゲノム解析区画、一般解析区画でノード占有のサービスを利用しておられるユーザには、新しい計算ノードへのアクセス方法を別途ご連絡いたします。
2. 前スパコンからの移行に関する注意点
以前メールおよびホームページでお知らせした内容を再掲します。
(1) ホームディレクトリの移行
ユーザのホーム領域は最終的には2025年2月14日17:00時点のデータが新スパコンのディスクにコピーされています。
(2) 課金サービスの料金変更
課金サービスの料金は、ストレージ、メモリ最適化ノード、アクセラレータ最適化ノード(GPUノード)は事業継続性の観点からリース料金の按分を基本に料金が設定されており、リプレースに伴い料金は改定となります。改定内容はスパコン(2025)利用規程をご確認ください。
ディスク容量が逼迫しているためユーザーホームディレクトリ内のデータについて 当研究所ではバックアップを取っておりません。利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。
重要なお知らせ
- (復旧) 2025年5月22日(木) 一般解析区画のslurm障害発生のお知らせ (2025.05.22) \ 🆕 /
- (終了) 2025年5月24日(水) SINET6への切替作業による通信断のお知らせ (2025.04.10)
- 2025年4月7日(月)停電の発生について (2025.04.07)
- 遺伝研スパコンからの重要なお知らせ : 2024年第3期(12~3月) (2025.02.10)
- 新スパコンへのリプレースに関するお知らせ (2024.12.05)
- アカウント申請システムのメンテナンス期間を延長します (2024.12.05)
- 遺伝研スパコンからの重要なお知らせ : 2024年第2期(8~11月) (2024.11.11)
- アカウント申請システムのメンテナンスを行います (2024.10.25)
- 遺伝研スパコンからの重要なお知らせ : 2024年第1期(4~7月) (2024.06.24)