ディスク容量に余裕がないためホームディレクトリ内のデータについて当研究所ではバックアップを取っておりません。
免責事項の通り、利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。
国立遺伝学研究所 スーパーコンピュータシステムとは
大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所は、2012年3月にスーパーコンピュータシステムを更新しました。新しいスーパーコンピュータシステムはゲノム解析を主な目的とした大規模計算機利用拠点として 最新鋭の大規模クラスタ型計算機、大規模メモリ共有型計算機、および大容量高速ディスク装置で構成されたスーパーコンピューティングシステムサービスを提供しています。
本サイトは国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステムが提供する計算機リソース、各種アプリケーション、それらの利用方法についての各種情報を提供します。DDBJセンターとして提供する各種サービスについてはDDBJセンターのホームページからご参照ください。
ディスク利用状況
UGEキュー利用状況概要
現在のUGEキューの利用状況概要です。データは10分置きに更新されます。
Phase 1
ジョブ管理システムに投入されるジョブが利用可能な仮想メモリ容量は、デフォルトでは
４GBに制限されています。
ジョブの使用メモリ量を指定してジョブを投入する方法
研究用fat/medium計算ノード
| queue name | # of nodes |
slot (スロット数) |
memory (GB) |
| in use / total | disabled |
in use | required / total |
研究用thin計算ノード
※month_gpu.qとshort.qは実ノードが同じため、in use(使用メモリ量)が同じ値となります。
| queue name | # of nodes |
slot (スロット数) |
memory (GB) |
| in use / total | disabled |
in use | required / total |
研究用UGEノード
棒グラフでは、各キューの利用状況をスロット数、および各キューの持つリソース量をスロット100%とした割合で表しています。
(赤色：使用中、緑色：空き、青色：待ち、紫色：エラー)
折れ線グラフでは、ジョブの処理速度を表すために、20分間で空いたスロット数の推移を表しています。
データは20分おきに更新されます。 |
 |
Phase 2
ジョブ管理システムに投入されるジョブが利用可能な仮想メモリ容量は、デフォルトでは
３．１GBに制限されています。
ジョブの使用メモリ量を指定してジョブを投入する方法
研究用medium計算ノード
| queue name | # of nodes |
slot (スロット数) |
memory (GB) |
| in use / total | disabled |
in use | required / total |
研究用thin計算ノード
※month_gpu.qとshort.qは実ノードが同じため、in use(使用メモリ量)が同じ値となります。
| queue name | # of nodes |
slot (スロット数) |
memory (GB) |
| in use / total | disabled |
in use | required / total |
研究用UGEノード
棒グラフでは、各キューの利用状況をスロット数、および各キューの持つリソース量をスロット100%とした割合で表しています。
(赤色：使用中、緑色：空き、青色：待ち、紫色：エラー)
折れ線グラフでは、ジョブの処理速度を表すために、20分間で空いたスロット数の推移を表しています。
データは20分おきに更新されます。 |
 |
業務用thin計算ノード
| queue name | # of nodes |
slot (スロット数) |
memory (GB) |
| in use / total | disabled |
in use | required / total |
システムからのお知らせ
引用文献
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D25-9. doi: 10.1093/nar/gks1152. Epub 2012 Nov 24.
DDBJ new system and service refactoring.
Ogasawara O, Mashima J, Kodama Y, Kaminuma E, Nakamura Y, Okubo K, Takagi T.
謝辞について
遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。当スーパーコンピュータシステムを利用した論文が採択された際には以下の記載例を参考に謝辞への記載をお願いします。
記載例
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＜謝辞 英語＞
Computations were partially performed on the NIG supercomputer
at ROIS National Institute of Genetics.
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＜謝辞 日本語＞
本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が
有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
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