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「お知らせ」タグの記事が20件あります

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· 約3分

初期画面

ログイン後の最初の画面

  • アカウントの新規登録がより簡単になりました。
  • アカウント登録システムのフォームで、SSH 公開鍵の登録ができるようになりました。
    • これまでの手順では、アカウントの新規登録後、おおよそ 1 週間程度でアカウント登録証を受け取り、ユーザご自身でログインした後に SSH 公開鍵の登録を行う 2 段階方式でした。
    • しかし今後は、アカウント登録システムのフォームの中で SSH 公開鍵の登録も行うことができます。
  • 年度末アカウント継続申請が容易になりました。
    • すべての項目を 1 つ 1 つ手入力する必要がなくなり、PubMedID を入力するだけで論文情報が取得・自動入力できるようになります。

注意事項​

  • 公開鍵などの設定直後は gw2.ddbj.nig.ac.jp からログインして頂けますようお願いします。
    • 現在、新しいアカウント登録システムへの移行作業を行っております。そのため、新しいゲートウェイ gw2.ddbj.nig.ac.jp への公開鍵登録については即時設定が反映されますが、古い方のゲートウェイ gw.ddbj.nig.ac.jp へ設定が反映されるまでに１日程度かかります。次回の定期メンテナンス（12 月）の際に、古いゲートウェイにも即時設定が反映されるようシステムを改修する予定です。
  • sc2.ddbj.nig.ac.jp サーバは閉鎖しました。

· 約1分

ホームページに ユーザ権限で使えるパッケージマネージャ Guix, spack, nix についてページを追加しました。

以下のパッケージマネージャはユーザ権限だけで利用可能です。開発・解析環境の構築が容易になります。

· 約3分

平素より、遺伝研スパコンをご利用いただき誠にありがとうございます。

現在、スパコンの計算リソースがCPU,ディスクとも非常に逼迫しているため、以下のユーザのアカウントの新規登録を一時停止させていただきます。

  • 一般解析区画の大規模利用ユーザのアカウントの新規登録
  • 個人ゲノム解析区画ユーザのアカウントの新規登録

以下の申請についてはこれまで通り受け付けます。

  • 現在すでに一般解析区画の大規模利用ユーザである方々、 個人ゲノム解析区画のユーザである方々に付きましては、利用計画表の変更による利用リソースの追加はこれまで通り受け付けます。
  • また、一般解析区画の通常のアカウント登録についてもこれまで通り受け付けます。その場合はディスクは初期設定の1TBまでの利用となります。
  • 講習会などでの利用ついてもこれまで通り受け付けます。

その場合も、ご希望に添えない場合がありますのでご了承いただけますようお願いいたします。

アカウントの新規登録の再開時期につきましては、計算リソースの空き状況を見ながら決めていくこととなります。４ヶ月ごとの空き状況の見通しを随時ホームページから公開しますので、利用を希望される方は空き状況の見通しを参考に、予め利用計画表を提出してください。ただし、空き状況は確定ではありませんのでご希望に添えない場合がありますのでご了承願います。

· 約1分

東京大学大学院農学生命科学研究科水圏生物科学専攻水圏生物工学研究室の吉武和敏先生により、NGS解析パイプラインについて、PortablePipelineというツールが開発されました。

「WindowsやMacから遺伝研のスパコンにお手軽にNGS解析ジョブを投げるツールとしてPortablePipelineを開発しました。」（水圏生物工学研究室のページより）

· 約1分

ホームページに データ転送ソフトウェア Aspera と HCP tools の利用方法のページを追加・更新しました。

遺伝研スパコンに対してファイルのアップロード、ダウンロードを行うには、一般的に広く用いられているファイル転送ソフトウェアであるscpやsftpをつかうことができますが、'scp'などでは遠距離間で大量のファイルを転送する際に転送速度が遅くなる性質があります。

遠距離の高速通信のために、遺伝研スパコンでは、一般解析区画では Aspera、個人ゲノム解析区画では HCP tools というファイル転送ソフトウェアが利用可能となっています。

· 約1分

DDBJグループクラウドの基本料金を1500万円から350万円に値下げしました。

DDBJグループクラウドは、個人ゲノムデータを含みアクセス制限を必要とするデータを、研究グループ内で共有するためのサービスです。

利用者数などの規模に応じて、NBDCグループ共有データベースの計算基盤として利用することも、 DDBJグループクラウド単独で利用することも可能です。

· 約1分

混雑対策およびハードウェア冗長化を目的として新しいゲートウェイノードを導入し公開しました。

  • 一般解析区画ゲートウェイノード
    • gw.ddbj.nig.ac.jp
    • gw2.ddbj.nig.ac.jp (新規)
  • 個人ゲノム解析区画ゲートウェイノード
    • gwa.ddbj.nig.ac.jp
    • gwa2.ddbj.nig.ac.jp（新規）

利用法は既存のゲートウェイノードと同じです。

· 約2分

掲載日 : 2022年03月16日

概要​

混雑対策およびハードウェア冗長化を目的として 個人ゲノム解析区画に新しいゲートウェイノードgwa2.ddbj.nig.ac.jpを導入し公開します。

作業日程​

2022年3月17日 (木) 13:00頃

  • 公開作業は終了し、利用可能となりました。

影響の範囲​

  • 本作業に伴うシステムの停止などの影響はありません。
  • 今までの個人ゲノム解析区画ゲートウェイgwa.ddbj.nig.ac.jpはこれまで通り利用可能です。
  • 新しいゲートウェイgwa2.ddbj.nig.ac.jpの利用方法は既設のgwa.ddb.nig.ac.jpと同じです。
  • ログインした際にプロンプトに表示されるサーバ名が変更になります。
    • いままでのゲートウェイについて : gwaからgwA1に変更になります。
    • 追加されたゲートウェイについて: gwA2と表示されます。

· 約2分

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2021年5月13日(木) 午前11:00より、一般解析区画Grid Engineの一部サービスの設定変更を行います。

遺伝研スパコンの混雑に伴いジョブが入りにくくなってきているため、short.qのジョブの回転率を上げることが目的です。

先日も同様の設定作業を行いましたが、先日の設定では意図した挙動をしなかったため、設定のやり直し作業をします。変更日時より前に投入されたジョブには、設定変更前の値が適用されます。

設定変更の内容は、下記のとおりです。

  • 遺伝研スパコンshort.qの設定変更をします
    • 対象キュー：short.q
    • 最長実行時間の制限：これまで3日間だったものを1時間に変更します。

2021年05月12日

国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム