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spack 自体のインストール手順

Spack はユーザ権限で利用できるパッケージマネージャです。

例えば以下のような簡単なコマンドで、様々なパッケージをバージョン指定付きでインストールし使用することができます。

spack install r@4.0.5
spack load r@4.0.5

参考資料

spack のインストール手順概要​

spack 自体をインストールするには以下の手順が必要です。

  1. spack システムの入手
  2. 環境変数の設定
  3. 使用する C コンパイラの準備

これで spack を使用する準備は完了です。

1. spack システムの入手​

まず最初に spack システムを github からユーザのホームディレクトリにクローンしてください。

cd $HOME
git clone -c feature.manyFiles=true https://github.com/spack/spack.git

ホームディレクトリ上にspackというディレクトリが作られます。

2. 環境変数の設定​

以下を実行することで環境変数を設定してください。（次回ログイン時に自動的に呼ばれるよう~/.bashrcにも追加してください。）

export SPACK_ROOT=/home/your_account/spack
source $SPACK_ROOT/share/spack/setup-env.sh

3. 使用する C コンパイラの準備​

spack はパッケージをソースコードからコンパイルしてインストールします。 その際につかうコンパイラを spack に予め登録しておく必要があります。

この作業は以下の手順で行います。

  • i). スパコンに予めインストールされているコンパイラを spack に認識させる。
  • ii) 予めスパコンに存在しているコンパイラを用いて、今後デフォルトで使うコンパイラ (gcc がよい)を spack でインストールする。
  • iii). 今後デフォルトで使うコンパイラを spack に登録する。

i) スパコンに予めインストールされているコンパイラを spack に認識させる​

以下のコマンドを実行することで、スパコンに予めインストールされているコンパイラを spack が探します。

spack compiler find

これにより$HOME/.spack/linux/compilers.yamlファイルが作られ、そこに認識された情報が保存されます。

しかしこれらのコンパイラを直接用いると、spack install パッケージ名によりパッケージをインストールする際にエラーが出る場合が多いため、 次の ii) iii)の手順を行ってください。

ii) 今後デフォルトで使うコンパイラを spack でインストールする​

例えば以下のコマンドを実行することで、 予めスパコンに存在しているコンパイラを用いて、今後主に使うコンパイラを spack でインストールします。

spack install -j 4 gcc@8.5.0
spack load gcc@8.5.0

ここで-j 4はコンパイルを高速化するための make の並列プロセス数の指定です。

iii) 今後デフォルトで使うコンパイラを spack に登録する​

ii)でインストールしたコンパイラは、設定ファイルを編集して spack に登録する必要があります。

$HOME/.spack/linux/compilers.yamlの編集

以下のように- compiler: の項目を追加し、先程インストールしたコンパイラ（今の例の場合gcc@8.5.0)を spack に登録します。

  • ここで、cc:, cxx:, f77:, fc:に記載するパスは、which gcc, which g++, which gfortranの出力結果を記載します。
  • YAML 形式なのでインデントはタブ文字ではなくスペース文字で書いてください。
compilers:
- compiler:
    spec: gcc@8.5.0
    paths:
      cc: /lustre7/home/lustre4/youraccount/spack/opt/spack/linux-centos7-x86_64_v3/gcc-4.8.5/gcc-8.5.0-a4dcd4j7uq23aax4n6ri6amzt7hp4lxc/bin/gcc
      cxx: /lustre7/home/lustre4/youraccount/spack/opt/spack/linux-centos7-x86_64_v3/gcc-4.8.5/gcc-8.5.0-a4dcd4j7uq23aax4n6ri6amzt7hp4lxc/bin/g++
      f77: /lustre7/home/lustre4/youraccount/spack/opt/spack/linux-centos7-x86_64_v3/gcc-4.8.5/gcc-8.5.0-a4dcd4j7uq23aax4n6ri6amzt7hp4lxc/bin/gfortran
      fc: /lustre7/home/lustre4/youraccount/spack/opt/spack/linux-centos7-x86_64_v3/gcc-4.8.5/gcc-8.5.0-a4dcd4j7uq23aax4n6ri6amzt7hp4lxc/bin/gfortran
    flags: {}
    operating_system: centos7
    target: x86_64
    modules: []
    environment: {}
    extra_rpaths: []
- compiler:
    spec: dpcpp@2021.4.0
    paths:
      cc: /lustre7/software/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/linux/bin/icx
      cxx: /lustre7/software/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/linux/bin/dpcpp
      f77: /lustre7/software/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/linux/bin/ifx
      fc: /lustre7/software/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/linux/bin/ifx
    flags: {}
    operating_system: centos7
    target: x86_64
    modules: []
    environment: {}
    extra_rpaths: []
- compiler:
    spec: gcc@4.8.5
    paths:
      cc: /usr/bin/gcc
      cxx: /usr/bin/g++
      f77: /usr/bin/gfortran
      fc: /usr/bin/gfortran
    flags: {}
    operating_system: centos7
    target: x86_64
    modules: []
    environment: {}
    extra_rpaths: []

... (以下略)

$HOME/.spack/packages.yamlファイルの作成

以下の内容で$HOME/.spack/packages.yamlファイルを作成します。

packages:
  all:
    compiler: [gcc@8.5.0]

以上で spack 自体のインストールは終了です。

spack 自体のアンインストール​

以下のコマンドで spack 自体をアンインストールできます。

spack uninstall --all
に最終更新