2025年のトピック

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PortablePipeline

2025.06.05

東京大学大学院農学生命科学研究科水圏生物科学専攻水圏生物工学研究室の吉武和敏先生により、NGS 解析パイプラインについて、PortablePipeline というツールが新スパコン対応になりました。

ツールの実行手順等は、🔗 githubのPortablePipelineのページをご参照ください。

旧スパコン対応のPortablePipelineは、遺伝研スパコンホームページの活用方法に掲載している「PortablePipeline」をご参照ください。

「PortablePipelineは手元のコンピュータもしくはリモートのサーバ、スパコン上で、NGSの解析をGUIで行うことを可能にするソフトウェアです(Windows, Mac, Linuxクライアント対応)。Windows単体の場合はWSL+dockerで、Mac単体の場合はhomebrew+docker、Linuxサーバでグリッドエンジンを使う場合はSGEに対応しており、白金スパコン、遺伝研スパコンにジョブを分散実行可能です。また、本ソフトウェアの仕様に従って記述されたスクリプトは、CUIからも容易に呼び出せます。」（githubのPortablePipelineのページより）