TogoImputation (beta) チュートリアル3、hail を用いた PRS 計算

本チュートリアル3ではイ ンピューテーションサーバのインピューテーション結果を 🔗hail で解析するための環境構築方法を説明します。
Guacamole環境への接続
この作業は、遺伝研個人ゲノム解析区画Guacamole環境から行いますので、VPN接続を行いGuacamoleに接続してください。
次にguacamole デスクトップ環境の「アクティビティ」からターミナルを起動してください。
以下は上記で開いたターミナルの中で作業を行います。
事前準備
miniconda のインストール
もしすでに conda コマンドが使える場合、本節はスキップして、 conda-forge を用いた conda 環境の構築
に進んでください。
conda コマンドが使えない場合は、下記のコマンドを実行して miniconda のインストールを行います。
$ wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ chmod 755 ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
$ ./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
上記コマンドを実行した後に、下記のように使用許諾条件 (license terms) へと続くメッセージが表示されます。
Welcome to Miniconda3 py312_24.3.0-0
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
ENTER キーを押下すると、end user license agreement の文面が表示されます。 SPACE キーを複数回押下することにより、文面がスクロールし、下記の license terms を許諾するかどうかの確認の質問が表示されます。
7. Intellectual Property Notice. You acknowledge that, as between You and
Anaconda, Anaconda owns all right, title, and interest, including all
intellectual property rights, in and to Miniconda(R) and, with respect to
third-party products distributed with or through Miniconda(R), the applicable
third-party licensors own all right, title and interest, including all
intellectual property rights, in and to such products.
Do you accept the license terms? [yes|no]
>>>
yes
とタイプしてから、ENTER キーを押下し、先に進んでください。
次に、Miniconda3 will now be installed into this location: /home/<username>/miniconda3:
と表示されるのでインストール場所が問題なければそのまま ENTER キーを押下してください。
別の場所にインストールする場合には、別のパスを指定してください。
続いて、Do you wish to update your shell profile to automatically initialize conda? ... [yes|no]
と表示されるので
yes
か no
をタイプしてから ENTER キーを押下し、先に進んでください。(no
を推奨します)
下記コマンドを実行して、conda コマンドへのパスを通してください。
$ PATH=$PATH:~/miniconda3/bin
その後一旦、作業環境ターミナルやSSHから抜けて、入り直します。
最後に、下記コマンドを実行し、conda コマンドが使えることを確認してください。
$ which conda
$ conda --version