BioContainers Apptainer (Singularity) Images の使い方

概要

Biocontainers Singularity Images 遺伝研スパコンでは、解析ソフトウェアのインストールの手間を軽減するために、 BioContainers project が作成した Singularity コンテナイメージ(2 千種類を超える解析ソフトウェア、バージョンの違いを含め 9 万個を超える Singularity イメージファイル）を、遺伝研スパコンの/usr/local/biotools/ディレクトリ以下に配置してあります。 各ソフトウェアの内容、使い方の詳細については BioContainers の公式サイトのRegistoryのページをご参照ください。

スパコン上に設置してある Apptainer (Sigularity) イメージを使う

使用例は以下の通りです。

# コマンドが長くなるのを防ぐため alias を設定するとよい。
$ alias singR="singularity exec /usr/local/biotools/r/r-base:3.5.1 R"

$ singR --no-save < example.R
> attach(mtcars)
> plot(wt, mpg)
> abline(lm(mpg~wt))
> title("Regression of MPG on Weight")
>

（引用）上記コード例は以下のサイトを参考にしました。

R Tutorial For Beginners

実行結果(Rplots.pdf)は以下の通りです。