設定ファイルの書き方

設定ファイルの種類

HCP toolsの各コマンドのそれぞれに対し、設定ファイルがあります。

設定ファイルがたくさんあるので、共通の設定を記載するための新しい設定ファイルを~/.hcp/hcp-common.confという名前で作成し、各設定ファイルからインクルード（読み込み）する方法を推奨します。~/.hcp/hcp.confなどの上記10個の設定ファイルの冒頭に以下の一行を記載して下さい。（パスは絶対パスで書く必要があります。）

Linuxの場合

Include /home/youraccountname/.hcp/hcp-common.conf

Windowsの場合

Include C:\Users\youraccountname\_hcp\hcp-common.conf

共通設定ファイル(~/.hcp/hcp-common.conf)の設定例

hcp-common.confの内容は、通常は以下の通りとして下さい。

PrivateKeyFile /home/youraccountname/.ssh/id_rsa    # 秘密鍵指定
AcceptableCryptMethod   PLAIN              　# 暗号化:なし
AcceptableDigestMethod  SHA256               # ダイジェスト方式: SHA256
DisableDataIntegrityChecking yes             # ダイジェスト方式なしを許可

(Windowsの場合は秘密鍵へのパスをC:\Users\youraccountname\.ssh\id_rsaとして下さい。)

秘密鍵指定

HCP toolsは、公開鍵・秘密鍵によりユーザ認証を行います。

この場合の公開鍵・秘密鍵は遺伝研スパコンのSSHログインに用いる公開鍵・秘密鍵ファイルで構いません。 これらを用いる場合は、クライアントマシンのユーザディレクトリ(Windowsの場合はC:\Users\youraccountname\.ssh)の下に秘密鍵ファイル(id_rsa)が置かれていることを確認してください。（SSHの公開鍵の設定方法に従うとすでに秘密鍵ファイルがここに置かれているはずです。）

暗号化

個人ゲノム解析区画はSSL-VPNを使っているので、HCPtoolsによる暗号化は通常は必要ありません。 したがって、以下の内容のファイルを作成し~/.hcp/hcp-common.confとして設置すれば通常問題ありません。

ダイジェスト方式

転送途中でデータの破損・改ざんがないことを確認するための設定です。通常はこの設定を有効にして下さい。 ファイルの完全性のチェックを行う場合は-yオプションをつけて下さい。

例

hcp --user youraccountname --hpfp -y  \
    gwa.ddbj.nig.ac.jp:/home/your_account-pg/some_directory/your_file.txt \
    C:\Users\youraccountname\your_file.txt