Goの使い方

Goは遺伝研スパコンにインストールされていないため各自で導入が必要です。インストール、および使用方法は次のとおりです。

Goのインストール

公式サイトGo All releasesから最新版をダウンロードします。

$ wget https://go.dev/dl/go1.22.4.linux-amd64.tar.gz

古いバージョンのGoをインストールしていた場合は削除します。

$ rm -rf ~/local/go

警告

インストール済みのGoディレクトリにダウンロードしたアーカイブを展開しないでください。Goが正常に動作しなくなる場合があります。

ダウンロードしたアーカイブを展開します。

$ tar -C ~/local -zxf go1.22.4.linux-amd64.tar.gz

警告

アーカイブは$HOME直下に展開しないようにしてください。 $GOPATHのデフォルトが$HOME/goでありチェックアウトする外部のGoプロジェクトやツールと衝突が発生する場合があります。 $HOME/goにGoをインストールしたい場合は$GOPATHを別のパスに変更してください。

PATH環境変数に展開したGoのパスを追加します。

$ echo 'export PATH=$PATH:$HOME/local/go/bin' > ~/.profile

注記

ログイン中のシェルでは変更内容が反映されません。当該シェルで継続して作業する場合はインストールパスのコマンドを直接実行するか、Goを実行する前にsource $HOME/.profileを用いてプロファイルを読み込みます。

Goが正しくインストールされたか確認します。

$ go version
go version go1.22.4 linux/amd64

ジョブ実行

ジョブスクリプト内で任意のGoプログラムを実行します。

Grid Engine

$ cat launch_go.sh
#!/bin/bash
#$ -cwd
#$ -V
#$ -l short
#$ -l s_vmem=16G
#$ -l mem_req=16G
#$ -N user_go
#$ -S /bin/bash
s3_upload_objects
$ qsub launch_go.sh

Slurm

$ cat launch_go.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 1
#SBATCH -c 1
#SBATCH --mem-per-cpu=16G
#SBATCH -t 0-01:00:00
#SBATCH -J user_go
WORKDIR=${HOME}/s3-list
cd ${WORKDIR}
go run .
$ sbatch launch_go.sh

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ジョブ実行​

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Slurm​

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Grid Engine

Slurm