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Rの使い方

R処理系のインストールはユーザー権限で可能なので、各自必要なバージョンを自分のホームディレクトリにインストールしてください。

Rのパッケージを動作させるためには最新のバージョンが必要となることが多いのでtarballからのインストール例を以下に示します。Rの最新のソースコードについてはThe Comprehensive R Archive Networkなどを参照してください。

mkdir -p ~/local/srccd ~/local/src
# Install PCRE2 (Perl-compatible regular expression library)wget https://ftp.pcre.org/pub/pcre/pcre2-10.36.tar.gztar zxvf pcre2-10.36.tar.gzcd pcre2-10.36./configure --prefix=$HOME/localmakemake installcd ~/local/src
# Install RR_VERSION=4.0.5R_MAJOR=4wget https://cran.ism.ac.jp/src/base/R-${R_MAJOR}/R-${R_VERSION}.tar.gztar xzvf R-${R_VERSION}.tar.gzcd R-${R_VERSION}
CPPFLAGS=-I$HOME/local/include LDFLAGS="-L$HOME/local/lib -Wl,-rpath=$HOME/local/lib" \        ./configure --prefix=$HOME/local \        --with-cairo \        --with-blas \        --with-lapack \        --x-includes=/usr/include/X11 \        --x-libraries=/usr/lib/X11 \        --enable-R-shlib
makemake checkmake install                                                        

遺伝研スパコンでmakeを並列化して高速化するには以下の例のように並列ジョブとして実行してください。

qsub -cwd -V -pe def_slot 8 -b y make -j 8


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