遺伝研スーパーコンピュータシステム

国立遺伝学研究所は生命・医学系研究における情報処理のための大規模計算基盤として、大規模クラスタ型計算機・大規模メモリ共有型計算機・大容量高速ディスク装置を備えた最新鋭のスーパーコンピュータシステムサービスを提供しています。

top_image2.png 

 

caution.png ディスク容量が逼迫しているためユーザーホームディレクトリ内のデータについて当研究所ではバックアップを取っておりません。免責事項の通り、利用者の責任においてバックアップを取っていただくようお願いいたします。 


新着情報

新スパコンの利用方法について 

2019年3月5日 遺伝研スパコンをリプレースし新スパコンの公開を開始しました。

  • 基本的な構成や使い方は2012年3月導入の前スパコンを踏襲しつつ、ゲノム解析ソフトウェアのインストールを容易にし解析の再現性を担保するためにSingularityコンテナの運用を全面的に導入しました。現在約2,300種類を超えるゲノム解析ソフトウェアがSingularityコンテナで利用可能です。
  • 新スパコンでは個人ゲノム解析に対応した区画を備えています。
  • データサイズの増加に対応するためディスク15PB、テープ15PBからなる合計30PBの階層ストレージシステムを備え、また国内外との大量のデータ転送に対応するためAspera, Grid FTP, sftp, scp等に対応したデータ転送用ノードを持ちます。(2019年6月から遺伝研スパコンのネットワーク帯域幅は30Gbpsに増強される予定です。10Gbpsは約100TB/dayに相当します。)
   2012年3月導入
前スパコン(第4期)
2019年3月導入
新スパコン(第5期)
 説明
計算ノード Thin計算ノード

554台
(約10,800コア)

NVIDIA Tesla M2090    64台
NVIDIA Tesla K20      64台

204台
(約11,000コア)

NVIDIA Tesla V100    64台

Thin計算ノード204台中1/3がIntel Xeon Gold 6130, 2/3がAMD EPYC7501を搭載。

204台中64台をDDBJの業務で使用。

課金枠は最大で残りの半数(70台)想定。

(注意)Fat計算ノードはUGEで制御できない仕様となったため課金によるノード貸しによる利用のみとなりました。

Medium計算ノード 2TBメモリ 10台 3TBメモリ 10台
Fat計算ノード 10TBメモリ1台 12TBメモリ 1台
ストレージ 高速ストレージ 合計7PB 合計13.6PB 一般計算用
アーカイブストレージ 5.6PB 30PB DDBJのデータベース、および課金による利用
ノード間相互結合網  InfiniBand 4xQDR (32Gbps)

InfiniBand 4xEDR (100Gbps)

 

 

 

ゲノム解析パイプラインシステムの移行について

 
MiGAP の後継・代替解析サービスとして DFAST をご案内しております。
ユーザーアカウントやデータ等は引き継がれませんので、ご利用を希望する方は下記ページから お願い致します。
https://dfast.nig.ac.jp/

 

DDBJ Pipeline の後継・代替解析サービスとして Maser をご案内しております。
ユーザーアカウントやデータ等は引き継がれませんので、ご利用を希望する方は下記ページよりユーザー登録をお願い致します。
http://cell-innovation.nig.ac.jp/public/contents/service.html 

 

ログインアカウントの年度末更新について

今年度のアカウント年度末申請は、スパコンリプレースに伴うシステム変更の都合で5/31まで受け付けます。

ログインアカウント年度末更新・停止申請

 

 Aspera利用可能帯域幅増強

 

遺伝研スパコンで利用可能なAsperaサーバーの帯域幅上限を2018年3月末に10Gbpsに増強しました。特に海外とのデータ転送など遠距離間の高速な通信が可能になりました。

 

 

 >> その他の新着情報


メンテナンス情報

 

【事前予告】台風19号によるスパコン障害発生時の対応について

 

2019年10月10日記載

本スパコンシステムは、台風19号の影響により停電が発生した場合にも、自家発電機への切り替えにより稼働継続いたします。

しかしながら、深刻な災害が発生し、万一自家発電機からの電源供給もたたれた場合には、本スパコンシステムは自動停止いたします。

その場合、復旧作業の着手は10/15(火)からとなります。

 

>> その他のメンテナンス情報 

 


謝辞について

遺伝研スーパーコンピュータシステムの活動は皆様の謝辞で評価されています。当スーパーコンピュータシステムを利用した論文が採択された際には以下の記載例を参考に謝辞への記載をお願いします。

記載例
==============================================
  <謝辞 英語>
  Computations were partially performed on the NIG supercomputer
  at ROIS National Institute of Genetics.
==============================================
  <謝辞 日本語>
  本研究は、情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所が
  有する遺伝研スーパーコンピュータシステムを利用しました。
================================================

その他

サイトポリシーと個人情報の取り扱いについて