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ソフトウェア

各ソフトウェアの使い方についてはソフトウェア名のリンク先を参照してください。

ジョブスケジューラ

ジョブスケジューラは、多数のユーザーが利用している環境で各ユーザに自動的に計算リソース(CPU コアやメモリ)を割り当てるものです。 クラスタ計算機全体を一つの計算機と見たときの Operating System に相当する働きをします。

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Grid Engine

インストール済み要申請

Slurm

要申請

パッケージマネージャ

以下のパッケージマネージャはユーザ権限だけで利用可能です。開発・解析環境の構築が容易になります。

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Environmental Modules

インストール済みインストール済み

Guix

インストール済み

Spack

利用可能利用可能

コンテナ

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Apptainer (Singularity)

インストール済みインストール済み

BioContainers Apptainer (Singularity) Images

インストール済みインストール済み

解析パイプライン

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

DFAST

利用可能利用可能

NBDC-DDBJ インピュテーションサーバ (beta)

利用不可(※デモ利用機能準備中)要申請

NVIDIA Parabricks

要申請

Rhelixa RNAseq パイプライン

インストール済み要申請

データ転送・データ共有

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Archaea tools(旧HCPtools)

利用可能

Aspera

利用可能

開発環境・ライブラリ

開発環境の多くはシステムにプリインストールされていますが、 解析の再現などの目的で特定のバージョンが必要な場合、 (1)ユーザー自身で tarball からインストールする(2)ユーザ権限で利用可能なパッケージマネージャを利用する(3)Singularity コンテナを利用する、といった方法があります。

名称一般解析区画個人ゲノム解析区画

Python

利用可能利用可能

R

利用可能利用可能

Jupyter Notebook

利用可能利用可能

Jupyter Lab

利用可能利用可能

R Studio Server

利用可能利用可能

Java

利用可能利用可能

Node.JS, TypeScript

利用可能利用可能

Rust

利用可能利用可能

C/C++ (GCC)

インストール済みインストール済み

C/C++ (Intel Compiler)

インストール済み

C/C++ (PGI Compiler)

インストール済み

CUDA

インストール済みインストール済み
OpenMP利用可能利用可能
MPICH利用可能利用可能