ソフトウェア

各ソフトウェアの使い方についてはソフトウェア名のリンク先を参照してください。

ジョブスケジューラ

ジョブスケジューラは、多数のユーザーが利用している環境で各ユーザに自動的に計算リソース（CPU コアやメモリ）を割り当てるものです。 クラスタ計算機全体を一つの計算機と見たときの Operating System に相当する働きをします。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Grid Engine	インストール済み	要申請
Slurm	☓	要申請

パッケージマネージャ

以下のパッケージマネージャはユーザ権限だけで利用可能です。開発・解析環境の構築が容易になります。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Environmental Modules	X	X (CentOS 7 環境のみ）
Spack	利用可能	利用可能

コンテナ

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Apptainer (Singularity)	インストール済み	インストール済み
BioContainers Apptainer (Singularity) Images	インストール済み	インストール済み

解析パイプライン

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
DFAST	利用可能	利用可能
NBDC-DDBJ インピュテーションサーバ (beta)	利用不可(※デモ利用機能準備中)	要申請
NVIDIA Parabricks	☓	要申請
Rhelixa RNAseq パイプライン	インストール済み	要申請

データ転送・データ共有

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Archaea tools(旧 HCPtools)	☓	利用可能
Aspera	利用可能	☓

開発環境・ライブラリ

開発環境の多くはシステムにプリインストールされていますが、 解析の再現などの目的で特定のバージョンが必要な場合、 (1)ユーザー自身で tarball からインストールする(2)ユーザ権限で利用可能なパッケージマネージャを利用する(3)Singularity コンテナを利用する、といった方法があります。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Python	利用可能	利用可能
R	利用可能	利用可能
Jupyter Notebook	利用可能	利用可能
Jupyter Lab	利用可能	利用可能
R Studio Server	利用可能	利用可能
Java	利用可能	利用可能
Node.JS, TypeScript	利用可能	利用可能
Rust	利用可能	利用可能
C/C++ (GCC)	インストール済み	インストール済み
C/C++ (Intel Compiler)	インストール済み	☓
C/C++ (PGI Compiler)	インストール済み	☓
CUDA	インストール済み	インストール済み
OpenMP	利用可能	利用可能
MPICH	利用可能	利用可能