Java
1. はじめに
DDBJ スパコンにおいてqloginし、そのまま利用できるjavaはOpenJDK JRE1.8.0_171です。
Oracle Javaを利用する場合はmodule loadコマンドを利用し、バージョンを指定して環境を設定してください。
2. 使用可能なバージョン
1.8.0_202(OracleJava) environmental modulesの配下
1.8.0_45(OracleJava) environmental modulesの配下
1.6.0_45(OracleJava) environmental modulesの配下
11.0.3(OracleJava) environmental modulesの配下
利用可能なノード/キュー
ogin.q(AMD)
epyc.c(AMD)
intel.q(Intel)
login_gpu.q(Intel+Volta)
gpu.q(Intel+Volta)
short.q(Intel)
medium.q(Intel)
3. (参考)外部ドキュメント
製品情報・マニュアルなどのドキュメント類は以下から入手可能です。
java ORACLE(https://www.java.com/ja/)
4. 使用方法
qloginノードでmoduleをロードせずに実行できるJavaは、
OpenJDK1.8.0.171ベースのJRE(Java Runtime Environment)です。
RPMパッケージ名はjava-1.8.0-openjdk-headless-1.8.0.171-7です。
※使用時にはTipsのページを参照いただき、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定してください。
$ export MALLOC_ARENA_MAX=2
$ java -version
openjdk version "1.8.0_171"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_171-b10)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.171-b10, mixed mode)
バージョン11を使用する場合
モジュールファイルのロード
(1)環境(モジュールファイル)のロード
$ module load java/11.0.3
(2)javaコマンドをバージョン11で実行できることの確認
$ which java
/opt/pkg/java/11.0.3/bin/java
$ java -version
java version "11.0.3" 2019-04-16 LTS
Java(TM) SE Runtime Environment 18.9 (build 11.0.3+12-LTS)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 18.9 (build 11.0.3+12-LTS, mixed mode)
アンロードする
バージョン11をアンロードする場合は、以下のコマンドを実行してください。
$ module unload java/11.0.3
バージョン1.8を使用する場合
バージョン1.8のJavaはオプションを指定しないqloginの場合は
デフォルトで割り当てられるメモリが8GBのため、そのままでは
java -versionを実施してもErrorメッセージが表示されます。
そのためqloginノードでバージョン1.8のJavaを利用する場合は
以下を実行してください。
モジュールファイルのロード
(1)環境変更
①を実行してqloginする、または、qlogin後に②を実行してください。
①以下を実行し指定してqloginする
$ qlogin -l s_vmem=10G -l mem_req=10G
②qlogin後、以下を実行し、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定する(Tipsのページをご参照ください)。
export MALLOC_ARENA_MAX=2
arena機能を使わない場合は、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定する方法を推奨いたします。
(2)環境(モジュールファイル)のロード
1.8.0_202のモジュールの場合
$ module load java/1.8.0_202
1.8.0_45のモジュールの場合
$ module load java/1.8.0_45
(3)javaコマンドをバージョン1.8で実行できることの確認
1.8.0_202のモジュールの場合
$ java -version
java version "1.8.0_202"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_202-b08)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.202-b08, mixed mode)
1.8.0_45のモジュールの場合
$ java -version
java version "1.8.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_45-b14)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.45-b02, mixed mode)
アンロードする
1.8.0_202のモジュールの場合
$ module unload java/1.8.0_202
1.8.0_45のモジュールの場合
$ module unload java/1.8.0_45
バージョン1.6を使用する場合
モジュールファイルのロード
(1)環境(モジュールファイル)のロード
バージョン1.6を使う場合は、最大ヒープサイズを設定してご利用ください。
$ module load java/1.6.0_45
(2)javaコマンドをバージョン1.6で実行できることの確認
$ java -Xmx64m -version
java version "1.6.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_45-b06)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.45-b01, mixed mode)
アンロードする
バージョン1.6をアンロードする場合は、以下のコマンドを実行してください。
$ module unload java/1.6.0_45