1. はじめに

DDBJ スパコンにおいてqloginし、そのまま利用できるjavaはOpenJDK JRE1.8.0_171です。

Oracle Javaを利用する場合はmodule loadコマンドを利用し、バージョンを指定して環境を設定してください。

 

2. 使用可能なバージョン

1.8.0_202(OracleJava)　 environmental modulesの配下
1.8.0_45(OracleJava)　 environmental modulesの配下
1.6.0_45(OracleJava)　environmental modulesの配下
11.0.3(OracleJava)　 environmental modulesの配下

 

利用可能なノード／キュー

ogin.q(AMD)
epyc.c(AMD)
intel.q(Intel)
login_gpu.q(Intel+Volta)
gpu.q(Intel+Volta)
short.q(Intel)
medium.q(Intel)

 

3. (参考)外部ドキュメント

製品情報・マニュアルなどのドキュメント類は以下から入手可能です。
java ORACLE(https://www.java.com/ja/)

 

4. 使用方法

qloginノードでmoduleをロードせずに実行できるJavaは、
OpenJDK1.8.0.171ベースのJRE(Java Runtime Environment)です。
RPMパッケージ名はjava-1.8.0-openjdk-headless-1.8.0.171-7です。

※使用時にはTipsのページを参照いただき、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定してください。

$ export MALLOC_ARENA_MAX=2
$ java -version
openjdk version "1.8.0_171"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_171-b10)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.171-b10, mixed mode)

 

バージョン11を使用する場合

モジュールファイルのロード

(1)環境（モジュールファイル）のロード

$ module load java/11.0.3

(2)javaコマンドをバージョン11で実行できることの確認

$ which java
/opt/pkg/java/11.0.3/bin/java

$ java -version
java version "11.0.3" 2019-04-16 LTS
Java(TM) SE Runtime Environment 18.9 (build 11.0.3+12-LTS)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 18.9 (build 11.0.3+12-LTS, mixed mode)

 

アンロードする

バージョン11をアンロードする場合は、以下のコマンドを実行してください。

$ module unload java/11.0.3

 

バージョン1.8を使用する場合

バージョン1.8のJavaはオプションを指定しないqloginの場合は
デフォルトで割り当てられるメモリが8GBのため、そのままでは
java -versionを実施してもErrorメッセージが表示されます。
そのためqloginノードでバージョン1.8のJavaを利用する場合は
以下を実行してください。

モジュールファイルのロード

(1)環境変更

①を実行してqloginする、または、qlogin後に②を実行してください。

 

①以下を実行し指定してqloginする

$ qlogin -l s_vmem=10G -l mem_req=10G

②qlogin後、以下を実行し、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定する（Tipsのページをご参照ください）。

export MALLOC_ARENA_MAX=2

arena機能を使わない場合は、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定する方法を推奨いたします。

 

(2)環境（モジュールファイル）のロード

1.8.0_202のモジュールの場合

$ module load java/1.8.0_202

1.8.0_45のモジュールの場合

$ module load java/1.8.0_45

 

(3)javaコマンドをバージョン1.8で実行できることの確認

1.8.0_202のモジュールの場合

$ java -version
java version "1.8.0_202"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_202-b08)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.202-b08, mixed mode)

1.8.0_45のモジュールの場合

$ java -version
java version "1.8.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_45-b14)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.45-b02, mixed mode)

 

アンロードする

1.8.0_202のモジュールの場合

$ module unload java/1.8.0_202

1.8.0_45のモジュールの場合

$ module unload java/1.8.0_45

 

バージョン1.6を使用する場合

モジュールファイルのロード

(1)環境（モジュールファイル）のロード

バージョン1.6を使う場合は、最大ヒープサイズを設定してご利用ください。

$ module load java/1.6.0_45

(2)javaコマンドをバージョン1.6で実行できることの確認

$ java -Xmx64m -version 
java version "1.6.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_45-b06)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.45-b01, mixed mode)

 

アンロードする

バージョン1.6をアンロードする場合は、以下のコマンドを実行してください。

$ module unload java/1.6.0_45