Java

 

1.はじめに

DDBJ スパコンにおいてqloginし、そのまま利用できるjavaはOpenJDK JRE1.8.0_171です。

Oracle Javaを利用する場合はmodule loadコマンドを利用し、バージョンを指定して環境を設定してください。

2.使用可能なバージョン

1.8.0_202(OracleJava)  environmental modulesの配下
1.8.0_45(OracleJava)  environmental modulesの配下
1.6.0_45(OracleJava) environmental modulesの配下
11.0.3(OracleJava)  environmental modulesの配下

利用可能なノード/キュー
login.q(AMD)
epyc.c(AMD)
intel.q(Intel)
login_gpu.q(Intel+Volta)
gpu.q(Intel+Volta)
short.q(Intel)
medium.q(Intel)

3.(参考)外部ドキュメント

製品情報・マニュアルなどのドキュメント類は以下から入手可能です。
java ORACLE
https://www.java.com/ja/

4.使用方法

qloginノードでmoduleをロードせずに実行できるJavaは
OpenJDK1.8.0.171ベースのJRE(Java Runtime Environment)です。
RPMパッケージ名はjava-1.8.0-openjdk-headless-1.8.0.171-7です。

※使用時にはTipsのページを参照いただき、MALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定してください。

$ export MALLOC_ARENA_MAX=2
$ java -version
openjdk version "1.8.0_171"
OpenJDK Runtime Environment (build 1.8.0_171-b10)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 25.171-b10, mixed mode)

 

(1)バージョン11を利用する場合は以下のコマンドでモジュールをロードしてください。

$ module load java/11.0.3
$ which java
/opt/pkg/java/11.0.3/bin/java
$ java -version
java version "11.0.3" 2019-04-16 LTS
Java(TM) SE Runtime Environment 18.9 (build 11.0.3+12-LTS)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM 18.9 (build 11.0.3+12-LTS, mixed mode)

バージョン11をアンロードする場合は以下のコマンドを実行してください。

$ module unload java/11.0.3

(2)バージョン1.8を利用する場合

バージョン1.8のJavaはオプションを指定しないqloginの場合は
デフォルトで割り当てられるメモリが8GBのため、そのままでは
java -versionを実施してもErrorメッセージが表示されます。
そのためqloginノードでバージョン1.8のJavaを利用する場合は

$ qlogin -l s_vmem=10G -l mem_req=10G

を指定してqloginするか、
またはqlogin後

export MALLOC_ARENA_MAX=2

でMALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定してください(Tipsのページを参照ください)。
arena機能を使わない場合はMALLOC_ARENA_MAXに小さな値を設定する方法を推奨します。

$ module load java/1.8.0_202
$ java -version
java version "1.8.0_202"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_202-b08)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.202-b08, mixed mode)

1.8.0_202のモジュールをアンロードするときは以下のコマンドを実行してください。

$ module unload java/1.8.0_202

バージョン1.8.0_45を使う場合は以下の通りです。

$ module load java/1.8.0_45

$ java -version
java version "1.8.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_45-b14)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.45-b02, mixed mode)

$ module unload java/1.8.0_45

(3)バージョン1.6を使う場合

Javaのバージョン1.6を使う場合は、最大ヒープサイズを設定してご利用ください。

$ module load java/1.6.0_45

$ java -Xmx64m -version
java version "1.6.0_45"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_45-b06)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 20.45-b01, mixed mode)

$ module unload java/1.6.0_45