MKL(Math Kernel Library)

1. はじめに

MKLとはIntelが開発しているIntel Math Kernel Library(Intel MKL)を指します。
科学・工学・金融アプリケーション向けに提供される最適化された数学ルーチンを含むライブラリです。
提供されている機能としてはBLAS、Sparse BLAS、LAPACK、ScaLAPACK等の機能を提供しています。
対応するCPUはIntel Xeonプロセッサです。

DDBJ スパコンでは、2019.0.3は/opt/pkg/intel配下にあります。

それ以外のバージョンはmodule loadをすることで利用できます。

 

2. 使用可能なバージョン

(1) 2019.0.3.199 /opt/pkg/intel/parallel_studio_xe_2019/update3/mkl/ 配下

(2) 2018.4.274 environmental modulesの配下
(3) 2017.8.262 environmental modulesの配下
(4) 2016.4.258 environmental modulesの配下

利用可能なノード/キュー

intel.q(Intel)
login_gpu.q(Intel+Volta)
gpu.q(Intel+Volta)
short.q(Intel)
medium.q(Intel)

 

3. (参考)外部ドキュメント

Intel MKLの詳細利用については、マニュアル等を参照してください。

Intel(R) Math Kernel Library Developer Reference

Intel MKL クックブック(2017)

Intel(R) Math Kernel Library (Intel(R) MKL) 2017 Getting Started

Intel(R) Math Kernel Library (Intel(R) MKL) 2018 Getting Started

Reference Manual for Intel(R) Math Kernel Library (Intel(R) MKL) 11.2

 

4. 使用方法

(1)intel MKL 2019のシェルスクリプトで、intel64を指定

   (sshで遺伝研スパコンにログイン後)、ゲートウェイノードからログインノードへ、ログイン

$ qlogin

シェルスクリプト/opt/pkg/intl/pallalel_studio_xe_2019/update3/mkl/bin/mklvars.shで、intel64を指定

引数の意味については、Developer Guideを参照下さい。

$ sh /opt/pkg/intel/parallel_studio_xe_2019/update3/mkl/bin/mklvars.sh intel64

 

(2)上記(1)の指定をしてから、次のいずれかを実行

i) intel/mkl/64/2018/4.274の場合

 (intel/mkl/64と同じ内容です。)

intel/mkl/64/2018/4.274のモジュールのロード

$ module load intel/mkl/64

intel/mkl/64/2018/4.274のモジュールのアンロード

$ module unload intel/mkl/64

 

ii) intel/mkl/64/2017/8.262の場合

intel/mkl/64/2017/8.262のモジュールのロード

$ module load intel/mkl/64/2017/8.262

intel/mkl/64/2017/8.262のモジュールのアンロード

$ module unload intel/mkl/64/2017/8.262

 

iii) intel/mkl/64/11.3.4/2016.4.258の場合

intel/mkl/64/11.3.4/2016.4.258のモジュールのロード

$ module load intel/mkl/64/11.3.4/2016.4.258

intel/mkl/64/11.3.4/2016.4.258のモジュールのアンロード

$ module unload intel/mkl/64/11.3.4/2016.4.258