2017年6月22日　UGE設定変更のおしらせ

国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム利用者各位

2017年6月22日
国立遺伝学研究所 DDBJセンター スーパーコンピュータシステム管理チーム

平素より、国立遺伝学研究所スーパーコンピュータシステム（以下 スパコン）を ご利用いただき誠に有難うございます。

以前、遺伝研スーパーコンピュータ アドバンスドリザベーションサービス開始のお知らせでお知らせしておりました
ジョブの標準実行上限時間について、先日お知らせいたしましたスパコンの定期メンテナンス
(【定期メンテナンス】7月24日 ~ 7月27日 定期メンテナンスに伴うサービス停止のお知らせ)時に、
変更作業を実施いたします。

 

  1. 変更内容
    • ① Phase1システムおよびPhase2システムのすべてのジョブの標準実行上限時間を3日に変更
      　 qsubコマンド実行時に、ユーザはジョブの実行時間を指定する運用に変更する。
      　 詳細は、2.留意事項 を参照してください。
    • ② Phase1システムおよびPhase2システムのdebug.qおよびshort.qのキューの実行上限時間を3日に変更
    • ③ Phase1システムおよびPhase2システムのweekキューをmonthキューに変更
      　 week_hdd.q は month_hdd.qに、week_ssh.q は month_ssd.qにキュー名が変更となる。
      　 また、キューの実行上限時間は62日に変更となる。

    Phase1システム
    キュー名 ジョブの標準実行上限時間 キューの実行上限時間
    変更前 変更後 変更前 変更後
    week_hdd.q
    ↓
    month_hdd.q    		 14日 3日 14日 62日
    month_gpu.q 62日 3日 62日 62日
    month_medium.q 62日 3日 62日 62日
    month_fat.q 62日 3日 62日 62日
    debug.q 24時間 3日 24時間 3日
    login.q 無期限 3日 無制限 無制限
    short.q 24時間 3日 24時間 3日

    Phase2システム
    キュー名 ジョブの標準実行上限時間 キューの実行上限時間
    変更前 変更後 変更前 変更後
    week_hdd.q
    ↓
    month_hdd.q    		 14日 3日 14日 62日
    week_ssd.q
    ↓
    month_ssd.q    		 14日 3日 14日 62日
    month_phi.q 62日 3日 62日 62日
    month_gpu.q 62日 3日 62日 62日
    month_medium.q 62日 3日 62日 62日
    debug.q 24時間 3日 24時間 3日
    login.q 無期限 3日 無制限 無制限
    short.q 24時間 3日 24時間  3日
  2. 留意事項
    • スパコンの定期メンテナンス終了後は以下の対応をお願いいたします。
    • (1)　
    • 　　ジョブを投入する際はqsubコマンドの -l d_rt オプションおよび、 -l s_rt オプションに
      　　ジョブの実行上限時間を指定して実行してください。　　
      　　-l d_rt オプションおよび、-l s_rt オプションには同じ値を指定してください。
    • 　　なお、-l d_rt オプションおよび  -l s_rt オプションに指定できる上限値はキューの実行上限時間までです。
    • 　　-l d_rt オプションおよび  -l s_rt オプションを指定しなかった場合、ジョブは3日で終了します。
      　　
    • 　　コマンド実行例
    • 　　ジョブの投入時にジョブの実行上限時間に192時間(8日×24時間)を指定して実行する。
      　　( -l d_rt オプション、 -l s_rt オプションを指定して実行する。)
    •  　qsub -l d_rt=192:00:00 -l s_rt=192:00:00 test.sh
       
      　　詳細は、アドバンスドリザベーションサービスの開始に伴うジョブ投入時の注意事項を参照してください。

    • (2)
      　　qloginコマンドを実行する際に -l d_rt オプションおよび、 -l s_rt オプションを指定しない場合、
      　　qloginコマンドは3日で終了し、スパコンからログアウトされます。
      　　4日以上ログイン状態を維持する場合は、qloginコマンドに-l d_rt オプションおよび、
      　　-l s_rt オプションを指定して実行してください。　　
    • 　　-l d_rt オプションおよび、-l s_rt オプションには同じ値を指定してください。

    • 　　コマンド実行例
    • 　　qlogin時に、ログイン時間240時間(10日×24時間)を指定してスパコンにログインする。
      　　( -l d_rt オプション、 -l s_rt オプションを指定して実行する。)
    •  　qlogin -l d_rt=240:00:00 -l s_rt=240:00:00

    • (3)
      　　weekキューの廃止に伴い、キューの指定方法が以下のように変更となります。
      　　monthキューを指定する際の -l month オプションは、指定あり / 指定なし どちらの場合も同じ意味となります。
      　　また、デフォルトキューは、week_hdd.qからmonth_hdd.qに変更となります。
    •  キュー名   キューの指定方法 
       変更前  変更後
       week_hdd.q  指定なし
       (デフォルトキュー)      		  week_hdd.q の廃止に伴い month_hdd.qに変更
       week_ssd.q  -l ssd   week_ssd.q の廃止に伴い month_ssd.qに変更
       month_hdd.q -  指定なし　または　-l month
       (デフォルトキュー) 
       month_ssd.q -  -l month -l ssd　または　-l ssd 
       mont_gpu.q  -l month -l gpu  -l month -l gpu　または　-l gpu
       month_phi.q  -l month -l phi  -l month -l phi　または　-l phi 
       month_medium.q  -l month -l medium  -l month -l medium　または　-l medium
       month_fat.q  -l month -l fat  -l month -l fat　または　-l fat
       short.q  -l short  -l short
       debug.q  -l debug  -l debug
       login.q  指定なし  指定なし
 
 

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国立遺伝学研究所 スパコン管理チーム 
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