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Database

ヒトゲノム研究データセットアーカイブ​

データセット概要
Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)

日本やアジア等の研究者らが取得したヒト全ゲノムシークエンスデータ、エクソームシークエンスデータ、遺伝型インピュテーションパネル等のデータセットが登録されている。制限公開データベースであり、データセットにアクセスするためにはデータ利用申請が必要。利用可能な研究データ一覧からデータセット一覧を閲覧可能。データ利用方法を確認の上、データ利用申請システムから利用申請が可能

NCBIのカウンターパートサービス：The database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP)

EBIのカウンターパートサービス：European Genome-Phenome Archive (EGA)

Japanese Genotype-phenotype Archive Metadata (JGA-metadata)

JGAデータベースのメタデータのレポジトリ。メタデータは公開情報であり、データ利用申請の必要なくアクセス可能。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/jga/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/jga

公開ヒトゲノムデータセット再解析結果

公的に利用可能なヒト全ゲノムシーケンスデータセット（1000Genomes、HGDP、KPGP、SGDP）の再解析結果。GRCh38 assemblyに基づくアライメント結果(cram)・バリアント検出結果(gVCF, aggregate VCF)と、CHM13 assemblyに基づくアライメント結果(cram)・バリアント検出結果(gVCF)が公開されている。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/public-human-genomes/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/public-human-genomes/

ヒトゲノム多型データベース​

データセット概要
TogoVar-repository

TogoVar-repository はヒトのバリアント、アリル頻度、遺伝子型のための公的データベースです。ヒトのバリアントに対してアクセッション番号が発番され、データはNCBI dbSNP, NCBI dbVar, EBI European Variation Archiveと交換されています。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/togovar/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/togovar/

NCBIのカウンターパート(50bp以下の小さな多型 [1塩基多型、マイクロサテライト、短い挿入と欠失] が対象)：The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)

NCBIのカウンターパート(50bpを超える構造多型 [挿入、欠失、重複、逆位、転移因子、転座、複合多型] が対象)：The Database of Genomic Structural Variation (dbVar)

EBIのカウンターパート(ヒト以外の生物種も対象)：European Variation Archive (EVA)

注釈付き配列データベース​

データセット概要
DDBJ Annotated/Assembled Sequences

アノテーションが付与されたゲノム、遺伝子、転写産物の塩基配列のデータベース。DDBJ（DNA Data Bank of Japan）は国際塩基配列データベースを共同構築する INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration) の一員として、アノテーションが付与された/アセンブルされた塩基配列データを共有しています。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/ddbj/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

NCBIのカウンターパート：NCBI GenBank

NCBIのカウンターパート(非冗長なデータセット)：NCBI RefSeq

EBIのカウンターパート(アノテーションが付与された配列と生配列の両方が対象)：European Nucleotide Archive (ENA)

NCBI GenBank (mirror)

DDBJが提供する、NCBI GenBankデータミラー

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.ncbi.nih.gov/genbank/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

NCBI RefSeq (mirror)

DDBJが提供する、NCBI RefSeqデータミラー

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.ncbi.nih.gov/ncbi_refseq/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

ENA (mirror)

DDBJが提供する、ENAデータミラー

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.ebi.ac.uk/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

生配列データベース​

データセット概要
DDBJ Sequence Read Archive (DRA)

高性能シークエンス装置からの生配列データとアライメント情報を格納するデータベース

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/dra/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/dra/

NCBIのカウンターパート: NCBI Sequence Read Archive (SRA)

EBIのカウンターパート(アノテーションが付与された配列と生配列の両方が対象): European Nucleotide Archive (ENA)

機能ゲノミクスデータベース​

データセット概要
Genomic Expression Archive (GEA)

MIAME(the Minimum Information About a Microarray Experiment) に準拠したアレイと配列ベースの機能ゲノミクスデータのレポジトリ

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/gea/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/gea/

タンパク質配列と生体高分子立体構造データベース​

データセット概要
Uniprot mirror

DDBJが提供する、Uniprotのデータミラー

タンパク質配列と機能情報のリソース。ELIXERが提供。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.uniprot.org/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

Protein Data Bank Japan (PDBj) mirror

DDBJが提供する、PDBjのデータミラー

生体高分子の構造データベース。大阪大学蛋白質研究所が提供

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.pdbj.org/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

World Wide Protein Data Bank (wwPDB) mirror

DDBJが提供する、wwPDBのデータミラー

生体高分子（タンパク質、DNA、RNA）の3次元構造データのアーカイブ。wwPDB提供

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/pdb/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

メタボロミクスデータベース​

データセット概要
MetaboBank

メタボロミクスデータの登録を受付ける公共リポジトリ

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/metabobank/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/metabobank/

生物タクソノミーデータベース​

データセット概要
NCBI Taxonomy mirror

DDBJが提供する、NCBI Taxonomyデータミラー

GenBank、ENA (EMBL)、DDBJデータベースからなる国際塩基配列データベース共同体(INSDC)の標準命名・分類リポジトリ。INSDCのヌクレオチドおよびタンパク質配列データベースに登録されている各列の生物名と分類系統を含む。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.ncbi.nih.gov/ncbi_taxonomy/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

メタデータデータベース​

データセット概要
DDBJ BioProject

研究プロジェクトとプロジェクトに由来するデータをまとめるためのデータベース。データが BioProject アクセッション番号を引用することで、データがプロジェクト単位でまとめられる。DDBJ BioProject は登録されたプロジェクトに対してプレフィックス ‘PRJDB’ のアクセッション番号を発行している。公開されたプロジェクトデータは EBI と NCBI と共有される。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/bioproject/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/bioproject/

NCBIのカウンターパート: NCBI BioProject

NCBI BioProject (mirror)

DDBJが提供する、NCBI BioProjectのデータミラー

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.ncbi.nih.gov/ncbi_bioproject/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

DDBJ BioSsample

DDBJ の一次データベースに登録されている実験データを得るのに使われた生物学的な試料 (サンプル) についての情報を集中して管理するデータベース。BioSample の例としてはセルライン,組織の生検,生物個体や環境サンプルなどが挙げられる。サンプルデータは EBI と NCBI BioSample データベース間で共有される。

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/ddbj_database/biosample/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/biosample/

NCBIのカウンターパート: NCBI BioSample

NCBI BioSample mirror

DDBJが提供する、NCBI BioSampleのデータミラー

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/mirror_database/ftp.ncbi.nih.gov/ncbi_biosample/

遺伝研スパコンファイルパス: TBD

データ間の関連性データベース​

データセット概要
DDBJ, Linked Data (DDBJ-LD)

DDBJ センターのlinked data

ダウンロードURL: https://ddbj.nig.ac.jp/public/rdf/

遺伝研スパコンファイルパス: /usr/local/shared_data/rdf/

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