Software

各ソフトウェアの使い方についてはソフトウェア名のリンク先を参照してください。

ジョブスケジューラ

ジョブスケジューラは、クラスタ計算機を多数のユーザーが利用している環境で各ユーザに自動的に計算リソース（CPU コアやメモリ）を割り当てるものです。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Slurm	インストール済み	インストール済み

パッケージマネージャ

以下のパッケージマネージャはユーザ権限だけで利用可能です。開発・解析環境の構築が容易になります。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Spack	利用可能	利用可能

コンテナ

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Apptainer (旧Singularity)	インストール済み	インストール済み
Singularity CE (旧Singularity)	インストール済み	インストール済み
BioContainers Apptainer (旧Singularity) Images	インストール済み	インストール済み

解析パイプライン

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
DFAST	利用可能	利用可能
TogoImputation (beta)	利用不可(※デモ利用機能準備中)	要申請
Rhelixa RNAseq パイプライン	インストール済み	☓

商用解析パイプライン

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
NVIDIA Parabricks	☓	インストール済み
sentieon	☓	インストール済み
NVIDIA AI Enterprise	☓	インストール済み

データ転送・データ共有

AsperaおよびArchaeaはscp, sftp, ftpなどに比べて長距離の大規模データ転送に適したソフトウェアです。

AsperaはNCBI/EBI/DDBJなどからデータをスパコンやユーザのパソコンにダウンロードする際に利用できます。(合計10Gbps上限)
- 現在NCBIではAsperaが利用できません。SRA toolkitの利用が推奨されています。
Archaea toolsはスパコンのユーザホーム領域とユーザのパソコンとの間のデータ転送に利用できます。(帯域上限なし)

詳細はデータ転送(一般解析区画) およびデータ転送(個人ゲノム解析区画) をご参照ください。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Archaea tools	インストール済み	インストール済み
Aspera	利用可能	利用可能
scp, sftp, ftp（クライアント）	インストール済み	インストール済み

開発環境・ライブラリ

開発環境の多くはシステムにプリインストールされていますが、解析の再現などの目的で特定のバージョンが必要な場合、 (1)ユーザー自身で tarball からインストールする(2)ユーザ権限で利用可能なパッケージマネージャを利用する(3)Singularity コンテナを利用する、といった方法があります。

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
Python	インストール済み	インストール済み
R	インストール済み	インストール済み
Jupyter Notebook	利用可能	利用可能
Jupyter Lab	利用可能	利用可能
R Studio Server	利用可能	利用可能
Java	利用可能	利用可能
Node.JS, TypeScript	利用可能	利用可能
Rust	利用可能	利用可能
C/C++ (GCC)	インストール済み	インストール済み
AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC)	インストール済み	インストール済み
C/C++ (Intel Compiler)	インストール済み	☓
C/C++ (PGI Compiler)	インストール済み	☓
CUDA	インストール済み	インストール済み
Go	利用可能	利用可能

商用コンパイラ

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
C/C++ (Intel Compiler)	インストール済み	☓
AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC)	インストール済み	インストール済み
C/C++ (PGI Compiler)	インストール済み	☓

商用Pythonライブラリ

名称	一般解析区画	個人ゲノム解析区画
FireDucks Enterprise (pandas高速化ライブラリ)	利用可能	利用可能