その他のコマンド
本ドキュメントは旧遺伝研スパコン(2019)のドキュメントであり、参考のため残しているものです。
現行遺伝研スパコン(2025)ではこのとおりには動作しませんのでご注意ください。
GPU の使い方
CUDA の使い方をご参照ください。
ジョブの実行状態の確認 (qstat)
ジョブの投入状況の確認
qsub で投入したジョブがジョブとして投入されたかを確認します。投入したジョブの状態確認には qstat コマンドを利用します。例えばジョブが 投入されていたとすれば以下のように表示されます。
[username@at027 ~]$ qstat
job-ID prior name user state submit/start at queue jclass slots ja-task-ID
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
80312 0.50000 QLOGIN username r 02/27/2019 17:42:00 login.q@at027 1
80313 0.25000 jobname username r 02/27/2019 17:44:30 epyc.q@at040 1
80314 0.25000 jobname username r 02/27/2019 17:44:35 epyc.q@at040 1
80315 0.25000 jobname username r 02/27/2019 17:44:40 epyc.q@at040 1
この時、"state"欄の文字の意味は以下のようになります。
| 文字 | 意味 |
|---|---|
| r | ジョブ実行中 |
| qw | ジョブはキューで待機中 |
| t | ジョブは実行ホストへ転送処理中 |
| E | ジョブにエラーが発生 |
| d | ジョブは削除処理中 |
また、キューの利用状況を確認したい場合は、"qstat -f"と入力します。以下のような出力が出力されます。
[username@at027 ~]$ qstat -f
queuename qtype resv/used/tot. np_load arch states
---------------------------------------------------------------------------------
medium.q@m01 BP 0/0/80 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
medium.q@m02 BP 0/0/80 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
medium.q@m03 BP 0/0/80 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
medium.q@m04 BP 0/0/80 0.00 lx-amd64
(中略)
---------------------------------------------------------------------------------
epyc.q@at033 BP 0/0/64 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
epyc.q@at034 BP 0/0/64 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
epyc.q@at035 BP 0/0/64 0.00 lx-amd64
(中略)
---------------------------------------------------------------------------------
intel.q@it003 BP 0/0/32 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
intel.q@it004 BP 0/0/32 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
intel.q@it005 BP 0/0/32 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
intel.q@it006 BP 0/0/32 0.00 lx-amd64
---------------------------------------------------------------------------------
(以下略)
これにより、どのノード(キュー)にジョブが投入されているかを判別することができます。
"qstat -j ジョブ ID"とすることで、ジョブの詳細情報を取得することができます。
[username@at027 ~]$ qstat -j 199666
==============================================================
job_number: 199666
jclass: NONE
submission_time: 02/27/2019 17:42:00.867
owner: username
uid: 9876
group: ddbj
gid: 9876
supplementary group: ddbj
sge_o_home: /home/username
sge_o_log_name: username
sge_o_path: /cm/local/apps/gcc/7.2.0/bin:/home/geadmin/UGER/bin/lx-amd64:/cm/local/apps/environment-modules/4.0.0//bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/ibutils/bin:/sbin:/usr/sbin:/cm/local/apps/environment-modules/4.0.0/bin:/home/username/.local/bin:/home/username/bin
sge_o_shell: /bin/bash
sge_o_workdir: /lustre8/home/username
sge_o_host: gw1
account: sge
stderr_path_list: NONE:NONE:/dev/null
hard resource_list: d_rt=259200,mem_req=8G,s_rt=259200,s_stack=10240K,s_vmem=8G
soft resource_list: epyc=TRUE,gpu=TRUE,intel=TRUE,login=TRUE
mail_list: username@gw1
notify: FALSE
job_name: QLOGIN
stdout_path_list: NONE:NONE:/dev/null
priority: 0
jobshare: 0
restart: n
env_list: TERM=xterm
department: defaultdepartment
binding: NONE
mbind: NONE
submit_cmd: qlogin
category_id: 4
request_dispatch_info: FALSE
start_time 1: 02/27/2019 17:42:00.884
job_state 1: r
exec_host_list 1: at027:1
granted_req. 1: mem_req=8.000G
usage 1: wallclock=01:00:01, cpu=00:00:00, mem=0.00000 GBs, io=0.00000 GB, iow=0.000 s, ioops=0, vmem=N/A, maxvmem=N/A
scheduling info: -
クラスタ全体の混雑状況の確認方法
各キューのジョブの投入状況、キューの負荷状況等、全体を把握するのには、"qstat -g c"として確認することが 出来ます。
[username@at027 ~]$ qstat -g c
CLUSTER QUEUE CQLOAD USED RES AVAIL TOTAL aoACDS cdsuE
--------------------------------------------------------------------------------
epyc.q 0.00 1 0 4159 4224 0 64
gpu.q 0.00 0 0 64 112 0 48
intel.q 0.00 0 0 1472 1472 0 0
login.q 0.00 4 0 380 384 0 0
login_gpu.q 0.00 0 0 48 48 0 0
medium.q 0.00 0 0 800 800 0 0
short.q 0.00 0 0 128 224 0 96
数値の意味は以下のとおりです。
- USED :現在使用中のスロット数
- RES :事前予約(Advance Reservation)のスロット数
- AVAIL :使用可能なスロット数
- TOTAL :スロット総数
- aoACDS:計算ノードが aoACDS のいずれかの状態にあるスロット数
- cdsuE :計算ノードが cdsuE のいずれかの状態にあるスロット数
詳細はman qstatで確認できます。
ジョブの削除(qdel)
ジョブの終了を待たずにジョブを削除したい場合は qdel コマンドを使用します。 "qdel ジョブ ID"とします。自分が投入しているジョブをすべて削除したい場合は、"qdel -u youraccountname"とすることで実行可能です。
| Parameter Description | Description |
|---|---|
| -f job_id(s) | Forces the deletion a job even if the responsible execution host does not respond. |
| job_id -t range | Deletes specific tasks of an array job. It is also possible to delete a specific range of array jobs. |
| -u user_list | Deletes all job of the specified user. |
ジョブの実行条件の変更 (qalter)
qalter で 待ち行列（キュー）に投入（サブミット）されたバッチジョブが使用するメモリ量等を変更することが出来ます。ジョブのメモリ要求量を 200GB から 100GB に変更する場合は、まず、qstat でジョブの hard_resource_list を確認します。qalter による hard_resource_list の変更は hard_resource_list 全体を上書きするため、メモリ要求量とメモリ以外の hard_resource_list も合わせて指定して変更します。
[username@at027 ~]$ qstat -j 25453855 |grep hard_resource_list
hard_resource_list: mem_req=100G,s_vmem=100G
[username@at027 ~]$ qalter -l d_rt=600,mem_req=100G,s_rt=600,s_stack=10240K,s_vmem=100G,short=TRUE 25453855
modified hard resource list of job 25453855
modified environment of job 25453855
[username@at027 ~]$ qstat -j 25453855 |grep hard_resource_list
hard_resource_list: d_rt=600,mem_req=100G,s_rt=600,s_stack=10240K,s_vmem=100G,short=TRUE
ジョブの結果の確認
ジョブの結果は 、qsub のコマンドラインオプションで特に何も指定しなければ、ファイル名がジョブ名.o ジョブ ID のファイルににジョブの標準出力、ホームディレクトリ上の下記のファイル名でジョブの標準エラー出力 が出力されています。ファイルをご確認ください。
ジョブ名.e ジョブ ID
実行したジョブがどのぐらいのリソースを利用したか等の詳細情報については、qreport コマンドで確認することができます。
[username@at137 ~]$ qreport -j 110488
==============================================================
owner okishinya
jobnumber 110488
taskid undefined
slots 1
pe_taskid NONE
granted_pe NONE
exit_status 0
failed 0
qname epyc.q
hostname at116
jobname TEST_intel
qsub_time 20190307-22:30:33
start_time 20190307-22:31:31
end_time 20190307-22:31:35
ru_wallclock 4.249
cpu 3.0
mem 0.0
maxvmem 0.0G
r_mem 8.000G
r_q NONE
r_cpu NONE
Grid Engine 実行に必要な環境変数などのセットアップ
Grid Engine の qsub などのコマンドを実行できるようになるためには一連の環境変数のセットアップが必要である。一般解析区画のゲートウェイノードにログインするとこれらの環境変数が自動的に設定されるので通常は自分で設定する必要はありません。
Singularity コンテナから qsub する場合など特殊 なケースでは明示的なセットアップが必要な場合があります。その場合には以下のコマンドを実行してください。
User’s Manual にあるとおり、以下のように Grid Engine が提供しているシェルスクリプトを実行すると必要な環境変数がセットアップされます。
export SGE_ROOT=/home/geadmin/UGER
export SGE_CELL=uger
source $SGE_ROOT/$SGE_CELL/common/settings.sh
