ログイン方法(一般解析区画)
概要
遺伝研スパコンの一般解析区画へのログインには ssh 接続を用います。
ゲートウェイノードは ２つあります
遺伝研スパコンの一般解析区画のゲートウェイノードは、以下の 2 つがあります。
gw.ddbj.nig.ac.jpgw2.ddbj.nig.ac.jp
ログインの手順
1, ターミナルエミュレータを開き、ssh アカウント名@ゲートウェイノード名 を入力し、enter を押下します。
（Windows PowerShell の SSH クライアントの場合も同じです。）
$ ssh youraccount@gw.ddbj.nig.ac.jp
または
$ ssh youraccount@gw2.ddbj.nig.ac.jp
秘密鍵の格納場所が~/.ssh/id_rsa以外の場合は以下のように秘密鍵のパスを指定します。
ssh -i ~/yourpath/id_rsa youraccount@gw.ddbj.nig.ac.jp
2, "Enter passphrase for key ..."のプロンプトに対し、SSH 鍵ペアのパスフレーズを入力し、enter を押下します。
※ 鍵のパスフレーズ入力後に以下のメッセージが出力された場合は、yes を入力してください。
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
3, qlogin コマンドを実行し、インタラクティブノードにログインします。
$ qlogin
パスワード入力後に以下のメッセージが出力された場合は、yes を入力してください。
Are you sure you want to continue connecting (yes/no)?
実行例
以下のように表示されれば成功です。
$ ssh youraccount@gw.ddbj.nig.ac.jp
Enter passphrase for key '/home/youraccount/.ssh/id_rsa':
Last login: Sun Sep 26 15:03:33 2021 from XXX.XXX.XXX.XXX
---------------------------------------------------------------------
Thank you for using NIG supercomputer system.
This is the gateway node, do not run program here.
Please use 'qlogin' to login to a interactive node.
---------------------------------------------------------------------
$ qlogin
Your job 13867668 ("QLOGIN") has been submitted
waiting for interactive job to be scheduled ...
Your interactive job 13867668 has been successfully scheduled.
Establishing /home/geadmin/UGER/utilbin/lx-amd64/qlogin_wrapper session to host at138 ...
Last login: Sun Sep 26 15:29:09 2021 from gw1
$
うまく行かない場合は、よくある質問(FAQ)を参照してください。
利用可能メモ リに関する注意
インタラクティブノードで利用可能なメモリはデフォルトでは 4GB です。
これを増やすには以下のようにqlogin時にメモリ量を指定してください。
qlogin -l s_vmem=10G -l mem_req=10G
参考
- Java の使い方 > 注意事項 Java プログラムを起動するとメモリが足りないとのエラーが出る
- Singularity の使い方 > スパコン上でのイメージのビルド : Docker コンテナイメージから Singularity イメージを生成する
GPU ノードの利用方法
GPU を用いたプログラムの開発や動作テストの目的で、GPU を搭載したインタラクティブノードを１台用意しています。
このインタラクティブノードを使うには、-l gpuオプションを付けてqloginしてください。
qlogin -l gpu
