Software
各ソフトウェアの使い方についてはソフトウェア名のリンク先を参照してください。
ジョブスケジューラ
ジョブスケジューラは、クラスタ計算機を多数のユーザーが利用している環境で各ユーザに自動的に計算リソース（CPU コアやメモリ）を割り当てるものです。
| 名称 | 2019システム | 2025システム | ||
|---|---|---|---|---|
| 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | |
| インストール済み | 要申請 | ☓ | （要申請） | |
| ☓ | 要申請 | インストール済み | インストール済み | |
パッケージマネージャ
以下のパッケージマネージャはユーザ権限だけで利用可能です。開発・解析環境の構築が容易になります。
| 名称 | 2019システム | 2025システム | ||
|---|---|---|---|---|
| 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | |
Environmental Modules | X | X (CentOS 7 環境のみ） | X | X |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
コンテナ
| 名称 | 2019システム | 2025システム | ||
|---|---|---|---|---|
| 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | |
| インストール済み | インストール済み | インストール済み | インストール済み | |
Singularity CE (旧Singularity) | インストール済み | インストール済み | インストール済み | インストール済み |
| インストール済み | インストール済み | インストール済み | インストール済み | |
解析パイプライン
| 名称 | 2019システム | 2025システム | ||
|---|---|---|---|---|
| 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| 利用不可(※デモ利用機能準備中) | 要申請 | 利用不可(※デモ利用機能準備中) | 要申請 | |
| ☓ | インストール済み | ☓ | インストール済み | |
| インストール済み | 要申請 | インストール済み | 要申請 | |
データ転送・データ共有
Archaea toolsおよびAsperaはscp, sftp, ftpなどに比べて長距離の大規模データ転送に適したソフトウェアです。
| 名称 | 2019システム | 20225システム | ||
|---|---|---|---|---|
| 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | |
| ☓ | インストール済み | インストール済み | イン ストール済み | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| インストール済み | ☓ | ☓ （DDBJ業務区画にインストールされています） | X （DDBJ業務区画にインストールされています） | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
scp, sftp, ftp（クライアント） | インストール済み | インストール済み | インストール済み | インストール済み |
開発環境・ライブラリ
開発環境の多くはシステムにプリインストールされていますが、 解析の再現などの目的で特定のバージョンが必要な場合、 (1)ユーザー自身で tarball からインストールする(2)ユーザ権限で利用可能なパッケージマネージャを利用する(3)Singularity コンテナを利用する、といった方法があります。
| 名称 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | ||
|---|---|---|---|---|
| 一般解析区画 | 個人 ゲノム解析区画 | 一般解析区画 | 個人ゲノム解析区画 | |
| 利用可能 | 利用可能 | インストール済み | インストール済み | |
| 利用可能 | 利用可能 | インストール済み | インストール済み | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |
| インストール済み | インストール済み | インストール済み | インストール済み | |
AMD Optimizing C/C++ and Fortran Compilers (AOCC) | インストール済み | ☓ | インストール済み | インストール済み |
| インストール済み | ☓ | インストール済み | ☓ | |
| インストール済み | ☓ | インストール済み | ☓ | |
| インストール済み | インストール済み | インストール済み | インストール済み | |
| 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | 利用可能 | |